Из анализа соотношения естественного и общественного состояний в философии истории Локка видно, что в отличие от Гоббса он считает, что общество сложилось или складывалось до появления государства, государство же призвано не ограничивать социальную свободу и инициативу, а гарантировать их. Верховным сувереном в государстве является не правительство, а нация. Если правительство (правитель) поступает вопреки действующему праву и извращает законы или вообще не считается с ними, например отнимая собственность граждан и произвольно ею распоряжаясь, то подданные вправе расторгнуть соглашение с правительством и, используя право на самозащиту, подняться на насильственную революцию. Именно в этот кратковременный период народ реально использует свой суверенитет.
Важно иметь в виду, что в политической концепции Локка образование правительства и передача ему народом исполнительной власти не связаны с каким-то «вторым» общественным договором, который был бы договором уже не между всеми членами народного сообщества, но между этим сообществом и правящими лицами. Если здесь и может идти речь о «договоре», то только о «договоре-поручении» (trustship), или — что то же самое — об обязательстве правительства служить интересам нации и исполнять ее волю. С этим положением вполне согласуется та мысль Локка, что, строго говоря, первым правительствам не требовалось устанавливать никаких законов: право собственности на основе личного труда и неписаные правила общежития действовали уже в естественном состоянии, и оставалось только кодифицировать действующие и фактически утвержденные самим народом законы, а также создать те карательные органы, которые были бы способны гарантировать эти законы, а значит, «жизнь, личную свободу и собственность» (lives, liberties and estates) граждан (эта формула пришла к Локку от левеллеров и других левых индепендентов), причем Локк включил личную свободу в состав понятия «собственность гражданина». Всякое правительство само обязано подчиняться этим законам, что Локк и подкрепил требованием отделения исполнительной власти от законодательной.
Все эти мысли, изложенные во втором «Трактате о государственном правлении», по сути дела обосновывали необходимость свержения Якова II. А поскольку конституционная парламентарная монархия является, по Локку, наилучшим из государственных устройств, то выход революции за пределы требований ее установления он считал ошибочным и опасным, ведущим к страшным потрясениям и бедствиям. «Два трактата о государственном правлении» подводили теоретический фундамент под назревавший и вскоре совершившийся переворот 1688 г. Локк направлял своих читателей к выводу, что революция против монархического деспотизма — это верх гражданского разума и справедливости, но дальнейшие революционные преобразования для Англии бессмысленны. Получалось, что народ Англии, избавившись от королевского произвола, тем самым полностью исчерпывает свое право на революцию и принцип его суверенитета тем самым утрачивает практический смысл.
Компромиссная позиция между абсолютной монархией и республикой, которую отстаивает Локк в «Двух трактатах...», опиралась на реальные политические условия, вскоре завоеванные дворянско-буржуазным блоком. В своей политической программе Локк конкретизирует эту позицию как теорию разделения властей. Теория эта вполне соответствовала политической практике после 1688 г., когда к рулю правления пришли виги и затем исполнительная власть попеременно стала попадать в руки то торийских, то вигских министерских кабинетов. Согласно защищаемому Локком принципу разграничения прерогатив, верховная, законодательная власть принадлежит буржуазному парламенту, который решает вопросы «по воле большинства», подобно тому как в механике Ньютона движение тела происходит в сторону действия преобладающих сил. Эта «воля», по убеждению Локка, закрепляет буржуазно понимаемые свободы совести, слова, печати, собраний и, разумеется, частной собственности. Исполнительная власть, включающая в себя судебную, военную и федеративную (т. е. сношения с другими государствами), передается кабинету министров и лишь отчасти королю. Все эти полномочия четко определяются и регулируются законами, строго контролируются парламентом.