По возвращении оттуда в 1829 году о. Исаакий удостоился получить благословение и признательность митрополита Серафима и был оставлен в числе братства Александро-Невской Лавры, – находился в киновии той Лавры. Проживши там четыре года, смиренно просил митрополита Серафима уволить его по старости лет и по внутреннему влечению от юности к уединению в Козельскую Введенскую Оптину Пустынь, с желанием окончить последние дни жизни своей в уединенном Ските при оной Пустыни, устроенном Высокопреосвященным Филаретом, бывшим епископом Калужским, ныне митрополитом Киевским. Выслушав сие прошение, благосклонный владыка спросил у о. Исаакия, который ему год. – «70 лет», – отвечал он. Тогда митрополит Серафим милостиво сказать изволил: «Ну вот, какой же ты старик? Смотри, как мы изнежились, а я на днях получил письмо от одного Восточного митрополита, 95-тилетнего старца, но и тот пишет ко мне, что время уже приближается к старости; следовательно, не называет себя стариком, а только приближается к старости, чем и меня утешил, а я и себя уже считал стариком. Ну, Бог тебя благословит! Ступай, да меня не забывай в своих молитвах». С благоговением о сем случае старец пересказывал неоднократно.
По увольнении из Александро-Невской Лавры о. Исаакий прибыл на жительство в Скит Оптиной Пустыни в августе 1834 года; до принятия схимы (в 1836 году с наречением имени Иоанн) исправлял в скитской церкви священнослужение.
Иеросхимонах Иоанн был духовником некоторых духовных лиц, а в отсутствие общего духовника исповедовал некоторых из братии Оптиной Пустыни. Во всё свободное время, остававшееся от молитвенного правила, упражнялся уединенно в чтении душеполезных книг, из коих выписывал приличные доказательства к обличению раскольнических мудрований. В издании же составленных им книг удостоился милостивого покровительства и благосклонного принятия оных от Высокопреосвященнейшего Филарета, митрополита Московского.
Также и Калужский Архипастырь Преосвященный Николай обращал молитвенное внимание свое на благочестивую ревность сего старца, нередко присылал к нему на увещание закосневших раскольников и даже отправлял его в заштатный город Сухиничи для обращения находящихся там в расколе жителей.
Пребывая в Оптинском Ските, незлобивый сей старец с самого прибытия своего соблюдал крайнее нестяжание и смиренномудрие во всём: в келлии своей не только не имел денег или излишних одежд, но и необходимые келейные вещи употреблял самые малоценные. Потребные для прочтения книги брал из монастырской библиотеки, иногда у о. игумена и братии, по прочтении же возвращал каждую книгу с приклеенным к оной листочком, на коем означал по своему замечанию достойные особенного внимания статьи в той книге. Таково было внимательное его чтение книг – с желанием душевной пользы ближнему.
В благообразном лице его, украшенном сединами, выражалась утешительная радость – отпечаток внутреннего состояния души его. Тихое и миролюбивое его со всеми обращение заставляло всех уважать и любить его. Всегда он был готов подать добрый совет братиям, требующим духовной помощи в борьбе со страстями; но во всяком случае беседа его была исполнена великого смиренномудрия, с укорением себя, тихая и простая речь его с частым повторением любимой его поговорки: «Эдакая право-да!» – имела особенную силу и успех к убеждению и утешению братии. Неоднократно в разговорах выражал он желание своё, чтобы Господь по милосердию Своему попустил ему потерпеть за сколько-нибудь времени пред смертью болезнь, уверен будучи, что болезнями душа более возбуждается к приготовлению к смерти и чрез то облегчается участь ее в вечности.
С 1848 года чаще стали посещать старца болезни, особенно тяжелая последняя его болезнь. И он не выходил уже из келлии своей до кончины. По желанию его особорован елеосвящением и по чистосердечной исповеди неоднократно приобщался Св. Христовых Тайн. Молитвенного правила своего, которое вычитывал служащий при нем послушник, не оставлял до самой смерти. В день кончины, по причащении Святейших Тела и Крови Христовых, отец Иоанн почувствовал облегчение в болезни, с утешительным духом свободно разговаривал с бывшими при нем братиями <…>. В таковой душеполезной беседе на минуту умолк и, восклонившись на одр, тихо почил сном непробудным до общего Воскресения. На третий день, 6 сентября, о. игумен Моисей совершил в скитской церкви соборне Божественную Литургию и погребение. Монашествующая братия проводила утружденное подвигами тело искренно уважаемого ими старца в общее погребальное место в Скиту.
Мир тебе, незабвенный старец! Неленостно ты потрудился в изыскании спасительной истины, а обретши, ты ее принял и терпеливо нес благое и легкое иго Христово, оставив нам пример добродетелей: смиренномудрия и непритворной простоты с блаженною кротостью и незлобием, и уснул с спокойною совестью, в надежде исполнения непреложного обетования, данного Сладчайшим Искупителем нашим Иисусом Христом: «Приидите ко Мне, вси труждающиися и обремененнии, и Аз упокою вы…» (Мф. 11, 28).