Эту пятую книгу из печати получа уже на одре предсмертной своей болезни, смиренный иеросхимонах Иоанн из глубины сердца возблагодарил Господа Бога, удостоившего видеть ему и семена трудов своих насеянными на ниве Господней, и произнес сии достопамятные Евангельские слова: «Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко, с миром, яко видеша очи мои приятым скудное мое приношение Святой Соборной и Апостольской Церкви». Кроме отпечатанных оных книг осталось и еще несколько его записок о подобных предметах, но они не приведены в порядок. Из сочинений кроткого сего старца утешительно видеть в простом с прямою откровенностью слоге истинную преданность его к Православной Святой Церкви, Престолу и Отечеству, также и искреннее раскаяние о долговременном пребывании своем в заблуждении у раскольников, для душевной пользы коих и убеждения не утаил он даже и своих прежде в заблуждении бывших против Св. Церкви мудрований, но смиренно и с горячею любовью старался высказать оные в одном из сочинений своих («Дух мудрования…»).
Из этого подробного описания видно, что он родился 1763 года мая 2 дня от правоверных родителей Иоанна и Анны, по прозванию Малиновских, живших в экономической слободе Подновье в пяти верстах от Нижнего Новгорода. Крещен и святым миром помазан от православного священника, но по судьбам Божиим, оставшись по смерти родителей своих пяти лет круглым сиротою, воспитался и грамоте русской обучался у раскольников. Тогда-то они вливали в юное сердце пагубное свое учение, а на семнадцатом году, по склонности своей к пустынническому житию и по совету воспитателей, удалился в раскольнические скиты, в Керженских лесах находящиеся.
Оттуда перешел в Рымовские леса в раскольнический скит, называемый Высоковским, в коем пострижен в монашество на 22 году от роду, с наречением имени Исаакия. Потом продолжал он долгое время искать по разным раскольническим скитам лучшей веры и Церкви, но нигде и на одну минуту не находил в них душе своей спокойствия, по собственному его выражению – всегда чувствовал какой-то недостаток в рассуждении своей веры, сердечное томление и скуку, а между раскольниками в скитах встречал лишь одни бесполезные споры и раздоры о различных их сектах и толках, нередко доходившие до исступления и драки.
И так пришел в крайнее недоумение и размышление о религии: всё еще оставалось в душе его немалое сомнение о святости и непорочности Православной Святой Церкви вследствие внушаемых раскольниками неправых мудрований <…>.
Вскоре потом через прилежное чтение Св. Писания и смиренную его молитву благодать Божия, умудряющая младенцы и не хотящая смерти грешника, открыла ему умные очи в совершенное познание непорочности Православия, а к немедленному удалению из раскольнического Высоковского скита споспешествовало то, что Господь строением Своим попустил претерпеть незлобивому отцу Исаакию тяжкие и бесчеловечные побои от собратий оного скита, за обнаружение в собрании их убеждения своего в Православии <…>.
Присоединившись к Православной Св. Церкви, монах Исаакий поступил в 1808 году в Единоверческий Корсунский монастырь Екатеринославской епархии, где и рукоположен в 1810 г. декабря 25 во иеродиакона, а 26 того же месяца – во иеромонаха Преосвященным Платоном, Архиепископом Екатеринославским. В 1820 г. переместился в Православный Балаклавский монастырь оной же епархии, в число духовенства Черноморского флота. В летнее время отправляем был для священного служения на кораблях. В 1825 году уволен от флотской службы согласно прошению его по старости лет в Александро-Свирский монастырь Новгородской епархии. В 1828 году в июне месяце, по воле Высокопреосвященнейшего Серафима, митрополита Новгородского и С.-Петербургского, послан был вместе с единодушным своим сподвижником иеромонахом Симеоном и с прочими членами в Старорусскую Духовную Миссию для обращения из раскола военных поселян.