На новом месте возникли большие трудности. Мало было толковых помощников, и он так писал в Оптину о. Исаакию, ставшему настоятелем после скончавшегося в 1862 году архимандрита Моисея: «Знаешь ли ты положение Коренной пустыни и ее жителей, в среду которых я попал? Хорошо тебе там при всём готовом хозяйстве распоряжаться людьми способными и честными, а мне каково было? И при всём том я никого, кроме Досифея, из Оптиной не звал, перемогался с помощью Глинских братии… Глинских я точно звал». Но в первый же год своего настоятельства о. Ювеналий привел обитель в порядок. В отчете о состоянии Курской епархии за 1862 год владыка Сергий писал: «Лучшей обителью в епархии продолжает быть Глинская пустынь, за ней следует Коренная, в которой архимандрит Ювеналий (Половцев) с примечательным успехом проводит в жизнь братии строгие правила иноческие. Он трудится для Бога и других учит тому же».
Через пять лет Св. Синод назначил о. Ювеналия наместником Александро-Невской Лавры. Но опять сказалось напряжение, с каким он совершал свое служение на любом месте: он почувствовал усталость, здоровье его ослабело. Видя, что это состояние не кончается, он стал проситься на покой. Просился он в Оптину и Синод его отпустил. В Летописи Иоанно-Предтеченского Скита 1 января 1874 года записано: «В Новый год у нас в Скиту, в первый раз по прибытии из Невской Лавры в Оптину Пустынь на жительство, служил обедню соборне о. архимандрит Ювеналий с 2-мя иеромонахами и 2-мя иеродиаконами. Получена в монастыре 1-я часть Творений преподобного Петра Дамаскина, переведенная с греческого на русский язык о. архимандритом Ювеналием». Приписка: «А в сентябре получена и 2-я часть». 3 сентября: «Приехал сюда из Черниговской губернии (ездил навестить брата в его имении. –
В «Предисловии» к Жизнеописанию архимандрита Моисея о. Ювеналий в 1881 году писал: «Несколько человек из братии давно уже собирали понемногу материалы для жизнеописания о. архимандрита Моисея, но дело это всё не приходило к желанной полноте, а потому и к концу. Последним из таких собирателей был иеромонах Климент (Зедергольм), три года тому назад скончавшийся. Всё собранное им и другими монахами вошло в состав настоящего жизнеописания с большими, однако, дополнениями и исправлением неточностей… Полагаю, что задачу жизнеописателя добродетельного мужа составляет не обязанность только обрисовать в общих чертах прекрасную фигуру его нравственного величия, часто недостижимого для простых смертных, а изобразить, для духовной пользы читающих, его верность в малом (см. Л к. 16, 10), выражавшуюся в различных случаях жизни, и то, как он, при помощи Божией, чрез этот подвиг в малом, достигал постепенно духовно-великого, – той победы над страстями души и тела, того очищения сердца, которые составляют цель внутренней жизни и деятельности христианина».
В следующем году вышел перевод на русский язык «Огласительных поучений преподобного и богоносного отца нашего Феодора Исповедника, игумена обители Студийския», над которым о. Ювеналий трудился вместе с отцами Климентом и Анатолием (Зерцаловым). Первое издание этой книги – перевод с греческого языка на церковнославянский преподобного Паисия Величковского, вышло в 1853 году. О. Ювеналий тогда помогал старцу Макарию готовить это издание.
21 мая 1884 года Синод назначил архимандрита Ювеналия наместником Киево-Печерской Лавры. Оптинский «покой» кончился, хотя о. Ювеналий и надеялся на его продолжение. Покой этот был весьма деятельным, – работа над книгами, пасека, построение корпусов, а по Летописи мы видим, как часто он служил в храме – и в обители, и в Скиту. Но – послушание свято. В Киево-Печерской Лавре он быстро входит во все нужды братии и, как всегда, не щадит себя в заботах о святой обители. В начале августа там побывала игумения Арсения, настоятельница Усть-Медведицкого Преображенского монастыря войска Донского, высокой духовности старица, бывшая в переписке с братом святителя Игнатия Петром Брянчаниновым.