Архимандрит Агапит окончил Тамбовскую семинарию и поступил послушником в Скит Оптиной Пустыни – это произошло в 1865 году. Здесь уже пятнадцать лет как подвизался его родной дядя иеромонах Платон, помогавший в числе других старцу Макарию в книгоиздании. Будущий архимандрит, а пока послушник, стал письмоводителем старца Амвросия. В 1872 году он был пострижен в мантию. С 1883 по 1894 год он, уже в сане игумена, настоятельствовал в Лихвинском Добром монастыре, а потом в Мещовском Георгиевском. В 1896 году возведен был в сан архимандрита, а в следующем по состоянию здоровья был освобожден от всех обязанностей и перемещен в Скит Оптиной Пустыни. Здесь он занимался в основном составлением жизнеописаний подвижников веры. Это были весьма основательные труды. Изданы были: жизнеописание старца Илариона Троекуровского; Оптинского старца, настоятеля, преподобного Исаакия; старца Амвросия, старца Макария. Им дополнено и переработано было и написанное о. Климентом жизнеописание старца Льва.
О. Агапиту предлагались и епископство, и старчество, – он отказывался самым решительным образом, однако, как сочли в Оптиной, понес за это большие скорби. Почил он 23 февраля 1922 года почти перед закрытием Оптиной Пустыни.
При начале старческого пути о. Амвросия, в марте 1861 года, в его келлии появился юноша двадцати с небольшим лет, Иван Литовкин, который попросил у старца благословения идти в Киев. Взглянув на него и как бы увидев его будущее, старец сказал: «Зачем тебе в Киев, оставайся здесь». Тот остался и прожил в этом самом домике пятьдесят лет, сначала келейником о. Амвросия, потом старцем и скитоначальником. Это был преподобный Иосиф… Безмолвный подвижнический Скит стал навсегда его домом, братия – семьей. Как и все старцы в свое время, он желал в глубине души лишь молитвенного уединения, но, как и они, оказывая послушание Господу и наставникам, должен был руководить ко спасению души многих и многих православных.
Старец Иосиф, еще будучи келейником, однажды сильно простудился, и здоровье его нарушилось. Когда о. Амвросия однажды с тревогой спросили об о. Иосифе, как же он будет старчествовать такой болезненный, – тот ответил: «Ну что же, ничего, зато смиренный будет».
Летом 1890 года, в последний раз отъезжая в Шамордино, о. Амвросий сказал о. Иосифу: «Тебе нужно здесь оставаться – ты здесь нужен». И велел ему поселиться в своей келлии. В октябре 1891 года его вызвали в Шамордино – старцу Амвросию было очень плохо, он умирал. Многие и в Шамордине, и в Оптиной пали духом, когда скончался великий старец, а о. Иосиф, горевавший едва ли не более других, всех утешал и укреплял.
В жизнеописании его говорится, что «сам он сильно скучал без старца и любил вспоминать о нем…» Очень характерен его ответ на слова одной духовной дочери о том, сколько скорбей выпало на его долю. Старец Иосиф сказал: “Какие скорби при батюшке, – я их тогда не чувствовал, – а вот теперь…” – и он от волнения не докончил». Старец Иосиф как был при о. Амвросии тихим, кротким, смиренным, так и остался таким навсегда.
Господь даровал ему ненарушимый мир души. На многих его фотопортретах видишь лик, освещенный внутренней радостью о Господе.
Старец Иосиф принимал народ в той же келлии и на том же месте – сидя на ложе, где принимал о. Амвросий. Взял он на себя заботу и о Шамординской женской обители. Лишенная зрения игумения Евфросиния во всем спрашивала у него совета, искала поддержки – ездила к нему и писала ему письма. Дважды в году, Петровским и Успенским постами, о. Иосиф бывал у них в Шамордине для исповедания сестер. Ночевать там не оставался – спешил в Скит. «Хоть и поздно, – говорил он сестрам, – а как-то приятно ехать по той дороге, по которой ездил батюшка, – и аз с ним». В Скиту он жил по тому же распорядку, что и старец Амвросий, ничего не изменяя. Из особенностей было только то, что в хорошие летние дни после двух часов дня он выходил в лес, совмещая прогулку с назиданием ближних. Люди шли несколько сзади, а старец, взяв одного из них, шел впереди, беседуя с ним. Когда он утомлялся, все усаживались на траве и о. Иосиф начинал духовную беседу, как бы подражая в этом Самому Господу.
«Однажды, – говорится в житии о. Иосифа, – гуляя со старцем по лесу, сказали ему: “Хоть бы вы пожили, батюшка!” Старец на это ответил: “Поживем; пока новое орудие не приготовлено, Господь не отнимает старого”. Но затем лицо его вдруг сделалось серьезно, и он, помолчав несколько, добавил: “Только надо самим стараться жить хорошенько, а то за наше непослушание Господь берет старцев и никого не оставляет”».
Несмотря на болезненность и слабость, он никогда не отдыхал днем, употребляя свободные минуты на чтение книг и писание духовным чадам. Одежду он носил такую, чтоб не отличаться от простого монаха, и до последних лет ходил на трапезу, не имея в келлии ничего съестного. Даже для гостей и родных, навещавших его, он не устраивал у себя чаепитий.