Одним из значительнейших дел старца Макария явилось издание от монастыря святоотеческих книг, начавшееся в 1847 году книгой «Житие и писания молдавского старца Паисия Величковского». К этому времени в Скиту собралось много рукописей – святоотеческие творения, переведенные с греческого языка архимандритом Паисием, и другие аскетические писания. Начать это дело было непросто, так как по закону церковным книгоизданием имел право заниматься лишь Св. Синод. Старцу помог святитель Филарет, митрополит Московский, член Синода, благословивший это дело и взявший всю ответственность на себя. Среди мирских помощников самыми деятельными были супруги Киреевские, духовные чада старца Макария, жившие летом близ Белева, в сорока верстах от Оптиной Пустыни. Из скитской братии сотрудниками старца были послушник, потом иеромонах Леонид (Кавелин, впоследствии наместник Троице-Сергиевой Лавры, церковный писатель), иеродиакон Амвросий (будущий преподобный старец), иеромонах Ювеналий (впоследствии архиепископ Литовский, тоже церковный писатель) и другие иноки.
Келлия о. Макария отчасти стала похожа на кабинет редактора, так как везде лежали отпечатанные книги, листы читавшихся им гранок. Киреевские присылали эти гранки и книги из Москвы. Изданные экземпляры из Оптиной рассылались по всей России в монастыри, семинарии, духовные академии, епископам и некоторым лицам мирским. Таким образом для монашествующих (и отчасти для мирян) стали доступны аскетические труды, которые ранее в большинстве своем имелись только в рукописном виде – были редки и дороги. Это были творения святых Исаака Сирина, Нила Сорского, аввы Фалассия, Симеона Нового Богослова, аввы Дорофея, Иоанна Лествичника, Марка Подвижника и многих других Отцов. Великой важности совершалось дело. После кончины старца Макария скитяне продолжили книгоиздание под руководством преемника его по старчеству – иеромонаха Амвросия.
В первый же год своего жития в Скиту старец Макарий избрал себе в келейники инока Илариона, будущего преподобного старца. Иларион был у о. Макария в полном послушании в течение двадцати с лишним лет: это была великая, благодатная школа безмолвного жития. Кроме послушания келейного, о. Иларион испросил благословения на заботу о скитских садовых посадках. Окончив ночное чтение неусыпаемой Псалтири (3 и 4-й часы), он сразу принимался за садовое дело. Его усердием все дорожки окаймились прекрасными благоухающими цветами. В его ведении были также яблони и другие плодовые деревья, всегда дававшие обильный урожай. Мало того – занимался он и благоустройством пасеки, так как и это дело знал в совершенстве. А еще варил он для Скита квас, пек хлеб и иногда угощал братию блинами. Знакома ему была и врачебная наука: он имел в келлии аптеку, больные иноки получали от него помощь, а зимой о. Иларион резал ложки из дерева; несмотря на такую занятость он ежедневно выкраивал время на чтение аскетических писаний святых Отцов.
Старец Макарий видел, что о. Иларион имеет великие духовные дары, но до времени не давал ему окормлять духовных чад, хотя они понемногу начали появляться у будущего старца. А во время своей предсмертной болезни старец Макарий открыто поручил о. Илариону нескольких ближайших своих учеников. Умирая, о. Макарий оставил Оптиной двух старцев – Амвросия и Илариона.
Старец Макарий скончался в страданиях, терпя мужественно предсмертную муку. Братия сильно скорбела о нем. В день его кончины, 7 сентября 1860 года, когда читался канон на исход души, он лежал на полу (так просил себя положить). В келлии было множество братии, а те, кто не мог войти, глядели во все окна снаружи, не сдерживая слез. «Судьбы Божии нам неисповедимы, – писал старец Макарий, – каждому из нас Он положил предел жизни… для нас, верующих христиан, смерть не есть всегдашняя разлука, но временное отшествие: