От изучения животных учащиеся переходили к человеку. Поэтому в энциклопедии «Братьев чистоты» в качестве приложения к 21-му трактату введена изящная притча о споре человека с животным, из которой следовало, что человек, когда он отдается во власть пороков, опускается ниже самого презренного животного. Следующие за этим восемь трактатов о человеке также построены по Аристотелю. Они изложены в таком порядке: строение человеческого тела; органы восприятия и их объекты; эмбриология, связываемая с астрологией; учение о человеке как микрокосме; учение об индивидуальной душе; о границах познания; о жизни и смерти; о наслаждении и мучении; о различии языков. Весь этот раздел можно было бы охарактеризовать словами самого Аристотеля: «В системе мира нам дан короткий срок пребывания — жизнь, дар этот прекрасен и высок. Бодрствование, чувствование, мышление — высшие блага, исполненные наслаждения… Мышление — верх блаженства и радость в жизни, доблестнейшее занятие человека».
С завершением второго раздела энциклопедии «Братьев чистоты» завершалось знакомство учеников с философией Аристотеля. Далее составители переходили к метафизическим проблемам, становясь уже на почву неоплатонизма, крупнейшим представителем которого являлся глубокий и оригинальный позднеантичный мыслитель Плотин.
Плотин родился в 204 году в Ликополе (нынешний Асьют) в Египте. Изучал курс философии у своего учителя Аммония Саккаса. Чтобы пополнить свои знания, принял участие в персидском походе императора Гордиана III. Около 244 года вернулся в Рим и занимался там преподаванием своей системы. Умер в 269 году в поместье своего друга в Кампанье.
Что же представляет собой его учение? На этот вопрос дают ответ «Эннеады» («Девятки»), названные так потому, что труд должен был состоять из девяти книг, каждая из которых делилась на девять глав. Свою главную работу жизни Плотин так и не завершил. Но законченные части дают ответ на все поставленные вопросы.
Слова «Бог» у Плотина нет, Божество непознаваемо. Божество — это то единство, которое лежит за всеми противоположностями, оно — чистое благо, первая сила. Мир — порождение Божества, но оно не творит его по своей воле, а порождает необходимо, вечно и вне времени. Вместо слова «Бог» употребляются «первые», «неизреченные». Единое, начало всего сущего, именуется у Плотина Благом и сравнивается с солнцем. Мир эманирует из Единого, как своего рода истечение от переполнения, но по мере истечения Единое ничего не теряет, а остается неизменным, как свет. Эманации по мере удаления от первоисточника плотнеют, подобно тому, как свет меркнет, удаляясь от источника. Существует, говорит Плотин, пять ступеней эманации: единое — разум — душа — материя — явления физического мира. Всякая низшая ступень рождается от высшей, причем высшая, порождая, не терпит ущерба.
Мировой разум — отображение Единого, и в нем уже заложено понятие двойственности. Здесь содержится все многообразие будущего мира, но не реально, а в форме постигаемости. В душе заложены и высшее, и низшее начала. Душа человека существует еще до земной жизни и в зависимости от заслуг человека может переселяться в различные тела. Материя — это полная полярность Единому. Это первобытная тьма, «несуществующее», «всяческая нищета», «первозло». Единое вечно сияет в своей сверхпрекрасной благости, вечно душа устремляется к ней. Задача человека — освобождение души от зла физического тела и приобщение ее к божественной жизни. Путем разума этого достигнуть нельзя. Единственный путь — это экстаз, при котором человек перестает сознавать себя как индивидуальность. Это состояние ведет к конечной цели, называемой «соприкосновение», или «единение».
Вот на этой философии Плотина было построено обучение по третьему разделу «Братьев чистоты». Начиналось оно с изложения теории чисел, то есть учения об эманации всех чисел из единицы и возвращении их к ней же. Следующий трактат — об эманации мира из первичных духа и души. Далее следует учение о макрокосме, о духе и духовном восприятии, о круговом движении созвездий, о сущности любви, об искушении и воскресении, о различных движениях, о причине и результате, о правильном определении.
И наконец, четвертый раздел — о богословских науках в узком смысле слова. Десять последних трактатов посвящены следующим темам: о различных учениях в религии, о правильном пути к Богу, об образе жизни «Братьев чистоты», об исламе, о божественных велениях и пророчестве, о призыве Аллаха к чистоте и любви, о воздействии на человека духовных существ, о различных видах управления государством, о мире как вращающемся колесе, о магии и колдовстве.
Видимо, именно такой сложный цикл обучения прошел в юности Омар Хайям, как, впрочем, и множество других ученых средневекового мусульманского Востока.