В потасовке, длившейся несколько дней, был убит один шафиит, и тогда шафииты стали поносить «ханбалитского» багдадского халифа. На требования ханбалитов Багдада прекратить публичное преподавание ашаризма Низам аль-Мульк ответил следующим образом: «Политика султана и требования справедливости требуют, чтобы мы не склонялись в пользу одного мазхаба за счет других. Наша цель — укрепить ортодоксальную веру и сунну, а не разжигать сектантскую борьбу. Мы построили это медресе (то есть низамийя) только для защиты ученых и в общественных интересах, а не для того, чтобы вызывать противоречия и разлад».
Арабский историк Макдиси перечисляет большой список ханифитских, ханбалитских медресе и подчеркивает, что медресе, построенная вокруг гробницы имама Абу Ханифы, без сомнения, была такой же по важности, как и низамийя.
Создание конкурирующих медресе стало и важным элементом усиливавшейся внутриполитической борьбы в сельджукском государстве. Например, в 1087—1089 годах основной политический противник великого визиря Тадж аль-Мульк основал собственное медресе в Багдаде — таджийя.
Неизвестно, преподавал ли Омар Хайям в низамийя в Исфахане. В принципе, учитывая особые отношения между ним и визирем, можно предположить, что он читал лекции по математике и астрономии, но вряд ли теологические пауки, учитывая его отрицательное отношение к мутакаллимам и его значительные разногласия с ними. В определенной степени эти разногласия всплывут на поверхность в его философских трактатах 80-х годов.
Интеллектуальная ситуация в сельджукидском государстве стала обостряться и в связи с резкой активизацией деятельности исмаилитских проповедников (да'и). Отчасти это было связано с тем, что фатимидские халифы, потерпев военно-политические поражения в Сирии и Палестине от сельджуков, активизировали свои усилия по подрыву своего злейшего врага изнутри.
70-е и 80-е годы XI века можно охарактеризовать как период накопления сил исмаилитов, период медленного распространения ереси по всей территории государства Сельджукидов. Этот период закончился восстанием, получившим в истории название да'ват-и джадида[25].
Один из позднейших сельджукских визирей, Ануширван, считал, что исмаилиты и их вождь Хасан Саббах могли в течение долгих лет вести скрытую, а порой и открытую пропаганду и тайно готовить восстание потому, что сельджуки не имели сети сахиб-баридов (тайных агентов). Выше уже приводились слова Низам аль-Мулька о том, как Алп-Арслан ответил отказом на предложение восстановить эту систему «по примеру прежних царей». Но сама по себе ликвидация шпионской сети не могла привести к оживлению деятельности исмаилитов и восстанию конца XI века. Истинные причины этого, по всей видимости, коренятся в обострении классовых противоречий в результате развития института икта и посягательств иктадаров на личность крестьянина. И не случайно опорные пункты исмаилитов появились в горах, поскольку вооруженное свободное крестьянство оставалось главным образом в труднодоступных горных областях.
Для того чтобы лучше понять проблематику и структуру философских трактатов Омара Хайяма, написанных в 80-е годы, необходимо выяснить, что же было сердцевиной ожесточенных дискуссий и споров различных религиозно-идеологических направлений и школ в тот период. В определенной степени свет на этот вопрос проливает великий поэт Насир-и Хосров, который был одним из известных исмаилитских да'и в этот период. Все произведения Насир-и Хосрова пронизывает мысль о необходимости приобретения и распространения «знания». Эта мысль всегда сочетается у него с жалобами на невозможность свободно думать и распространять «знание» в Хорасане, на жестокие преследования со стороны ортодоксальных богословов, на упадок науки и засилье невежд.
Один из параграфов его трактата «Джами' аль-Хикматайн» начинается со слов о превосходстве человека, одаренного разумной душой, над всем земным, и далее он пишет: «Они (факихи, здесь ортодоксы) главенствуют над верой ислама и утверждают, что всякий, кто говорит: «…Я знаю, что сиканджубин[26] осаждает желчь», — тот неверный. Может ли быть невежество сильнее этого! И если врач из-за того, что он знает, что миробалан[27] отвращает страдания жара и желчи от естеств, — неверный, (то) так же всякий, кто знает, что вода отвращает страдание голода, — неверный, потому что и лекарство, и пища, и питье — творения бога. Этому заблуждению и неверию, в которые впала большая часть этой общины, нет предела!»
Говоря далее о стремлении к познанию вещей, присущем человеческим душам, Насир-и Хосров заключает: «А сейчас мнимые факихи веры ислама говорят: „Если кто-нибудь говорит: Сегодня из восхода солнца явствует (нечто) — или: Я знаю, которая звезда движущаяся, а которая покоящаяся, — он неверный“. И невежество они предпочли знанию, и говорят они: „Нам нет дела до „как“ и „почему“ в творении“.