Даже Алп-Арслан, при котором преследования шафиитов прекратились, был ревностным ханифитом, ненавидел шафиитов и часто жалел о том, что ему приходилось пользоваться услугами шафиитского визиря. Низам аль-Мульк писал: «Счастливый султан (т. е. Алп-Арслан) был так крепок и тверд в своем толке, что много раз срывались с его языка: „О, какая жалость! если бы мой визирь не был шафиитом!“ Он был тверд в правлении, внушал трепет, и я постоянно из-за того, что он был ревностен к своей вере и шафиитское вероисповедание считал за недостаток, всегда его опасался…»
При Малик-шахе ситуация еще более изменилась. Могущественный визирь добился своего — оба толка были уравнены в своих правах, и на поверхности социальной жизни распри и междоусобица между ними формально прекратились. Казалось, наступило время разумной веротерпимости в одиннадцатом веке, который как раз этим не очень отличался. Возрастало значение мутакаллимов, особенно в сети богословских учреждений, созданных Низам аль-Мульком. Укреплялось социальное и политическое положение суфиев. В правление султана Малик-шаха ежегодно из государственной казны выдавалось факихам, суфиям, чтецам Корана триста тысяч динаров.
Характерен такой пример. Связь между сельджукским двором и ханакой потомков известного суфия Абу Саида Мейхенского была столь прочной, а богатство и влияние шейха — настолько велико, что биограф Абу Саида с гордостью писал: «Раис, сборщик податей (амил) и правитель (шихне) и каждый, кто в той области мог делать какое-нибудь дело, не мог его делать иначе, как с согласия потомков шейха. Если кто-нибудь делал кому-нибудь притеснение в той области, то как только руководитель и пир потомков шейха писал, что такому-то не следует быть в Хаберане и эту бумагу какой-нибудь дервиш отвозил в лагерь (султана), тотчас же докладывали султану и писали грамоту об отставке этого человека».
Султаны сунны Алп-Арслан и Малик-шах подчеркнуто оказывали почет могилам шиитских имамов. Малик-шах молился, например, в святынях Кума, Неджефа и Кербелы.
Однако подспудно ортодоксы не желали мириться с ролью «одного из равных» и готовились к открытой схватке, поджидая удобного стечения социальных и политических обстоятельств.
О росте религиозно-идеологической и политической напряженности в стране в этот период говорят некоторые любопытные факты. Еще со второй половины X века на территории Ирана и Мавераннахра началось интенсивное строительство суннитских высших учебных заведений — медресе. Это было своего рода ответом на вызов мутазилитов с одной стороны, а с другой — попытка противопоставить что-то расширяющейся сети фатимидских заведений по подготовке исмаилитских проповедников. Низам аль-Мульк созданию и укреплению положения этих медресе (названных в его честь низамийя) стал уделять еще большее внимание.
Низамийя, в которых обучались и светским и духовным наукам, появились в каждом крупном городе Ирака и Ирана. Причем особо крупными и известными были такие медресе в Багдаде, Нишапуре, Балхе, Герате, Мерве, Исфахане, Басре и Мосуле. Визирь лично назначал подходящих ученых преподавать в своих низамийя. В 1091 году, например, он послал из Хорасана для преподавания в Багдад, где находилось самое крупное медресе, тридцатитрехлетнего, уже известного в то время философа и теолога Абу Хамида аль-Газали, с которым неоднократно позднее встречался Омар Хайям. Порой Низам аль-Мульк сам читал лекции студентам. Обучение в низамийя было бесплатным, и более того, студенты получали своего рода щедрые стипендии.
Низам аль-Мульк, как предусмотрительный политик, преследовал и другие цели, помимо вышеупомянутых, открывая свои медресе. Он создавал сеть этих учреждений по всей стране, лично зависящих от него как своего рода личные опорные пункты. Для осуществления административной политики великого визиря сельджукской империи требовались обученные и преданные кадры, которые и готовились в низамийя. Кроме того, эти медресе нужны были визирю для расширения своего шафиитского толка и ашаритского калама в стране.
Однако даже поддержка Низам аль-Мулька отнюдь не гарантировала их повсеместного признания, особенно вне Хорасана. В Багдаде и западных провинциях сельджукской империи калам по-прежнему предавался анафеме в ортодоксальных ханифитских и ханбалитских кругах. Очень часто самому великому визирю приходилось обороняться, причем порой довольно специфическими способами, скрывая свои цели.
В 1076—1077 годах в Багдаде находился и выступал с проповедями известный в то время ашарит аль-Кушайри, которому оказывал покровительство Низам аль-Мульк. Ханбалитские факихи всячески пытались сорвать проповеди аль-Кушайри, призывавшего христиан и иудеев к обращению в ислам. После одной такой проповеди в низамийя, когда состоялась церемония по случаю обращения в ислам нескольких иудеев, возбужденные толпы сторонников ханбалитов с воплями: «Это — ислам вероломства и подкупа!» — принялись громить медресе.