Хотя Рогте приказал дать задний ход и попытался испробовать все способы, которые он еще мог придумать, «Атлантис» глубоко сидел в иле. И команда, и офицеры понимали, что их командир может быть смещен из-за происшествия. Они были глубоко преданы Рогге и боялись, что любая возможная замена подорвет сплоченность и боевой дух команды. Офицеры просили Рогге подождать следующего прилива, прежде чем запрашивать помощь. Наступающий прилив мог бы поднять корабль достаточно высоко, чтобы освободить его из ила. Рогге согласился, и весь экипаж с тревогой ждал прилива. К всеобщему облегчению, через шесть часов прибывающая вода медленно подняла судно и освободила его.
Наконец-то освободившись, корабль прошел вниз по Везеру, вышел на открытую воду вокруг Куксхафена на Эльбе, а затем двинулся на север — в Кильский канал. Все это время команда продолжала тихо молиться, чтобы их капитан не был смещен в результате посадки на мель. Но крейсер прибыл в назначенное место уже безо всяких происшествий в середине дня 23 декабря 1939 года Рогге приказал Кюну установить маскировку, чтобы корабль выглядел как морское судно снабжения.
Когда декабрь сменился январем, одна из самых страшных зим в современной истории захватила в ледяной плен всю Северную Европу. Подходы и водные пути в самой Северной Европе и вокруг нее насквозь промерзли. «Атлантис» оставался в Киле, замаскированный под вспомогательный океанский транспорт. Темно-серая расцветка и установленные на палубе большие прожекторы, две трубы и орудия на носу и на корме создавали очень правдоподобную маскировку. Рогге заметил, что почти невозможно отличить фальшивые орудия и трубы от настоящих Команда открыто носила форму Кригсмарине, когда люди ходили по городу — как это делают моряки во всем мире, когда их корабль стоит в порту. Очистка стоящего в доке корабля от снега и льда и сохранение механизмов в рабочем состоянии стало первоочередной задачей экипажа. Пока шло время, капитан Рогге усилил частоту и продолжительность практических занятий.
Несмотря даже на то, что над кораблем развевался германский военный флаг, истинное назначение судна оставалось скрытым от посторонних. Находясь в городе, команда выдерживала любопытные расспросы и поддразнивания от базировавшихся на берегу моряков и экипажей с боевых кораблей, которые понятия не имели о настоящей цели этого «блокшива». Рогге старался поддерживать боевое настроение своих людей в течение целого месяца. Он говорил им, что их миссия чрезвычайно важна, что они должны выдержать насмешки, потому что тайна — их самый сильный союзник. Однако командир корабля очень беспокоился, что кто-нибудь из его людей потеряет над собой контроль и выдаст подлинное назначение судна. Каждый проведенный в порту день увеличивал этот риск.
Январь уже заканчивался, на корабль постепенно прибывало запрошенное продовольствие и снабжение. Офицеры начали отмечать повысившуюся ловкость экипажа и сформировавшиеся в результате длительных тренировок правильные навыки, которые хорошо послужат всем морякам в бою. 31 января экипаж гордо стоял на палубе своего безупречного корабля, когда на борт прибыл с инспекцией гросс-адмирал Эрих Редер, командующий германским флотом. Адмирал, одетый в длинную шинель, быстро обошел корабль, проверяя экипаж и оборудование. Осмотр удовлетворил его. Офицеры также были довольны, что адмирал не упоминал об инциденте с посадкой на мель, произошедший месяц назад. Его молчание на эту тему положило конец опасениям команды относительно смещения их капитана.
На следующий после инспекции день практические занятия продолжились. В течение февраля команда отточила искусство изменения внешнего облика своего корабля. Под прикрытием темноты экипаж тренировался в различных техниках обмана противника, перед рассветом всегда возвращая «Атлантис» к первоначальному виду.
Для «Атлантиса» были разработаны различные варианты маскировки. Люди могли изменить силуэт судна, используя деревянные щиты, полотнища парусины и брезента, а также различные варианты окраски. Мачты и грузовую стрелу можно было поднимать и опускать, а также установить в разных позициях. Труба могла быть удлинена, а при необходимости можно было добавить фальшивую трубу, даже с дымом. Фальшивые раструбы вентиляторов могли быть установлены в любом месте, а настоящие перемещены или даже удалены. Установленные палубные орудия были замаскированы под контейнеры с грузом или палубные надстройки. Установка поддельных пушек позволяла кораблю выглядеть как минный заградитель или вооруженный торговый корабль. Также на крейсере имелось новое устройство, которое на взгляд Мора действительно выглядело впечатляюще: «Атлантис» располагал двумя наборами навигационных огней разного цвета, установленных рядом. Зажигая противоположный комплект огней, можно было создавать впечатление, что корабль плывет в направлении, противоположном его истинному курсу!