В короткий срок, к середине января, органы Военного контроля были слиты с фронтовыми и армейскими ЧК и образованы особые отделы фронтов и армий. На них возлагалась борьба со шпионажем и контрреволюционными элементами во всех частях и учреждениях Красной Армии и Военно-Морского Флота. Особым отделам предоставлялось право ведения следствия и связанных с ним обысков, арестов и других действий. Особые отделы фронтов и армий работали под руководством соответствующих Реввоенсоветов и Особого отдела ВЧК, которому принадлежало общее руководство работой и контроль за их деятельностью.
Во главе местных ЧК ставились только члены Коммунистической партии, имеющие не менее двух лет партийного стажа. Уездные ЧК упразднялись.
С целью объединения усилий органов ВЧК и органов охраны общественного порядка решением ЦК РКП(б) и СНК председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский назначается народным комиссаром внутренних дел, а заведующий Особым отделом М. С. Кедров вводится в состав коллегии НКВД. Он ведет конкретный участок работы — наблюдение за деятельностью исправительно-воспитательных учреждений.
ВЧК работала под руководством и под контролем Коммунистической партии. В Обращении ЦК РКП(б) к коммунистам — работникам всех чрезвычайных комиссий, опубликованном 8 февраля 1919 г., подчеркивалось, что ЧК созданы, существуют и работают лишь по директивам партии и под ее контролем.
На работу в особые отделы направлялись преданные сыны партии, закаленные в подполье и в огне революции. Заместителем заведующего Особым отделом был утвержден Иван Петрович Павлуновский, член Коммунистической партии с 1905 г., активный участник трех российских революций. Во главе особых отделов фронтов и армий партия поставила: К. И. Ландера (Западный фронт), М. Я. Лациса, В. Н. Манцева, Ф. Т. Фомина, И. А. Воронцова (все — Юго-Западный фронт), Новова (6-я отдельная армия), Н. П. Комарова (Петроград), Е. Г. Евдокимова (Москва). Все они стали известными чекистами.
Вместе с Кедровым в аппарат Особого отдела пришли его товарищи по работе в Демобе и в «Советской ревизии»: А. В. Эйдук, А. X. Фраучи (Артузов), И. Ф. Тубала и другие.
Одним из первых крупных дел, которым пришлось заняться Особому отделу ВЧК и лично Кедрову, было дело о саботаже военно-медицинских работников. В начале девятнадцатого года была объявлена мобилизация на фронт медицинского персонала. Враждебно настроенные врачи, фельдшера, медицинские сестры под разными предлогами уклонялись от нее: не являлись на перерегистрацию и медицинское освидетельствование или приносили «на медкомиссию» купленные на Сухаревке «документы», освобождающие их от службы в Красной Армии. Вопрос упорядочения переосвидетельствования медицинского персонала был вынесен на обсуждение Совета Обороны, который поручил Наркомздраву и персонально М. С. Кедрову «подготовить проект декрета… по переосвидетельствованию». Право безапелляционного переосвидетельствования в Москве медицинского персонала временно было передано в ведение Особого отдела ВЧК. Специальная комиссия, созданная для этой цели, работала в Спасских казармах, и там нередко можно было видеть и М. С. Кедрова.
В мае — июне в Москве и Петрограде было проведено переосвидетельствование медицинского персонала: от мобилизации на фронт многим из них уклониться не удалось. Саботаж медиков был пресечен.
Весной девятнадцатого года правительства США, Англии и других стран Антанты организовали новое наступление на Советскую Россию объединенных сил контрреволюции. Главный удар должны были наносить армии Колчака. Одновременно империалисты готовили нападение интервентов и белогвардейцев на Петроград. Моррис, американский посол в Стокгольме, одобрил представленный Юденичем план наступления на Петроград и рекомендовал госдепартаменту США немедленно организовать военные действия против Советской России на северо-западе. В апреле 1919 г. в Ревеле (ныне Таллин) появились военные миссии США и Англии. В Ревельский порт начали прибывать корабли с вооружением, продовольствием и отрядами наемников.
Белые и интервенты рассчитывали, что наступление на фронте будет поддержано вооруженным выступлением (мятеж) контрреволюции в самом Петрограде и его окрестностях, в частности в Кронштадте.
Наступление войск Юденича началось в середине мая. Противник занял Ямбург и Гдов.
Центральный Комитет РКП(б) 21 мая принял постановление об организации обороны.
«…Красный Петроград находится под серьезной угрозой. Петроградский фронт становится одним из самых важных фронтов Республики.
Советская Россия не может отдать Петрограда даже на самое короткое время.
Петроград должен быть защищен во что бы то ни стало…»