В Узбекистане к концу 90-х годов сформировалось сильное оппозиционное религиозное движение, обретшее к тому же и вооруженное крыло: оно планировало свержение светского режима и введение законов шариата. Главным объектом внимания исламистов была выбрана Ферганская долина, где в 1999 и 2000 годах произошли вооруженные столкновения, напрямую связанные и с внутритаджикской межклановой борьбой, и с войной в Афганистане. Ферганская долина стала средоточием активности мусульманских экстремистов не случайно: она имеет самую высокую плотность населения, самый высокий его прирост и самую высокую безработицу. Но конфликт там вызван не только задачами «освобождения территорий ислама от неверных». Талибы были заинтересованы в сохранении и расширении контроля над «северным маршрутом» транспортировки афганского героина в Россию и Западную Европу. После прихода к власти они увеличили производство наркотиков (Афганистан поставлял 70 процентов производимого в мире опиума-сырца, а в 1999 году был собран рекордно богатый урожай — в два раза больше обычного), и международная наркомафия значительно активизировалась в поисках новых маршрутов. На новом, «северном» маршруте, проходящем по Таджикистану, Узбекистану, Киргизии и Казахстану, таджикские боевики и узбекские «исламисты» используются талибами для прокладывания и охраны «героиновых троп».
Есть и другие причины возникшей в Узбекистане конфликтной ситуации, связанные со спецификой экономического и политического развития страны. В начале 90-х годов узбекские власти поощряли развитие исламской культурной традиции: открывались новые мечети, в Намангане и Андижане фактически всем руководила религиозная община, мусульманская молодежь имела возможность получать религиозное образование в исламских центрах арабских стран, Пакистана, Ирана. Однако ислам в Узбекистане стал быстро политизироваться — но не столько под воздействием агитации мусульманских пропагандистов, сколько вследствие неспособности светской власти обеспечить сносное и безопасное проживание ее гражданам. Гражданская война в Таджикистане, попытка в Узбекистане сформировать религиозную оппозицию, студенческие выступления в январе 1992 года напугали власти, которые начали гонения активистов запрещенных партий и движений, отнесенных к разряду «религиозно-экстремистских», — Исламской партии возрождения, «Адолат» («Справедливость»), «Товба». Заодно репрессиям подверглись и вполне светские политические объединения — «Эрк», «Бирлык» и другие, лидеры и активисты которых попали в «черные списки», а затем очутились либо в тюрьмах, либо в эмиграции.
Но вместе с действительно имевшими место проявлениями экстремизма и фанатизма узбекские власти безжалостно подавили и своих потенциальных политических соперников, и ростки исламского возрожденческого движения, причем не только в своей стране, но и в соседнем Таджикистане. Таким образом, в Узбекистане, так же как это произошло ранее в Таджикистане, реализовался одинаковый сценарий: светские оппозиционные движения, стоявшие на умеренной политической платформе или же занимавшиеся культурно-просвещенческой деятельностью, были запрещены и разгромлены. Репрессии властей вынудили оставшихся на свободе (и в живых) оппозиционеров либо покинуть свои страны, либо уйти в подполье, либо примкнуть к антиправительственным силам. На поверхность вышли экстремистские организации (наподобие Исламского движения Узбекистана) — апологеты насилия, связанные с такими структурами, которые способны были оказать помощь в приобретении оружия, организации лагерей подготовки боевиков и проч.