В конце октября — начале ноября 1497 года Иван Третий предпринял странную, на первый взгляд, акцию: публичное покаяние в тяжком грехе братоубийства. «Князь великий, став перед отцом своим митрополитом и архиепископом и епископами, начал бить челом перед ними с умилением и великими слезами, прося у них прощения о своем брате Андрее Васильевиче, за то что своим грехом и неосторожностью его уморил в скорби… Митрополит же и архиепископ, и епископы долго увещевали его и простили, наказав впредь, как ему свою душу исправить перед Богом».
Иван понимал, что по существу правы были те, кто называл гибель Андрея убийством и упрекал его в повторении «древнего Каинова зла». Впрочем, раскаяние Державного нельзя было назвать полным. Ведь в темнице продолжали томиться ни в чем неповинные сыновья Андрея Большого — Иван и Дмитрий. Первому в момент ареста было четырнадцать лет, второму — не более семи. Им обоим суждена была страшная участь: пожизненное тюремное заключение.
Дьяк Федор Стромилов известил Василия Иоанновича, что отец хочет пожаловать великим княжением внука Дмитрия, и вместе с другими детьми боярскими начал советовать молодому князю выехать из Москвы, захватить казну в Вологде и на Белоозере и погубить Димитрия; главные заговорщики набрали себе и других соумышленников, привели их тайно к крестному целованию. Но заговор был открыт в декабре 1497 года; Иоанн велел держать сына на его же дворе под стражею, а приверженцев его велел казнить… Многих других детей боярских пометали в тюрьмы. В то же время рассердился князь и на жену свою, великую княгиню Софью, за то, что к ней приходили ворожеи с зельем; этих лихих баб обыскали и утопили в Москве-реке ночью, после чего Иван стал остерегаться жены.
Елена Стефановна торжествовала: Великий князь немедленно назвал ее сына своим преемником и возложил на него венец Мономахов… В назначенный день 4 февраля государь, провождаемый всем двором, боярами и чиновниками, ввел юного пятнадцатилетнего Димитрия в Успенский собор, где митрополит с пятью епископами, многими архимандритами, игуменами, пел молебен Богоматери и Чудотворцу Петру. Среди церкви возвышался амвон с тремя седалищами: для государя, Димитрия и митрополита. После молебна Иоанн и митрополит сели: Димитрий стоял пред ними на вышней ступени амвона.