По условиям Вестфальского договора 1648 г. за испанцами сохранялись Филиппины. В 1762 г. Манила подверглась захвату англичанами, но спустя два года была ими возвращена испанцам в обмен на некоторые территории в Латинской Америке. Испанцы продолжали вести безуспешные войны с мусульманами на юге Филиппин. В 60–80 гг. XVIII в. испанцы предприняли ряд попыток проведения колониальных реформ, направленных на усиление торговых связей Филиппин с другими государствами.
Завоевание Испанией Филиппин тем не менее способствовало дальнейшему развитию этого островного государства, правда, в докапиталистических формах. До начала XIX в. между Испанией и Филиппинами не было прямых торговых связей. Из колоний европейских государств в Азии Филиппины являлись самыми отсталыми.
В начале XIX в. интерес к Филиппинскому архипелагу стали проявлять США, а также и некоторые европейские государства. В 1834 г. статус свободного порта получила Манила, а позднее и другие филиппинские порты. В Европу и США начинается экспорт сахара, индиго, кофе и ряда других товаров и импорт оттуда ряда промышленных изделий. В стране стал постепенно складываться единый внутренний рынок, использовался труд наемных работников, появились первые мануфактуры. В социальной сфере продолжали укрепляться позиции местной элиты, получавшей неплохие доходы от экспортных операций, появились зачатки национальной промышленности.
Первым объектом притязаний Великобритании и Франции на филиппинские территории стал архипелаг Сулу в южной части страны. В 1851 г. испанцам удалось вынудить его правителя подписать договор о протекторате, а в 1878 г. окончательно присоединить его к своим владениям. В 80–90 гг. XIX в. испанцы безуспешно пытались поставить под свой контроль и центральную часть о. Минданао.
Характерной особенностью развития Филиппин во второй половине XIX в. стало образование оппозиционного движения местной элиты за новые буржуазные реформы. Особенно эта тенденция ярко проявилась после буржуазной революции 1868 г. на территории метрополии. В столице колонии Маниле были созданы две подпольные организации, состоявшие из представителей либеральных кругов местных землевладельцев и национальной буржуазии, а также представителей интеллигенции, духовенства и учащейся молодежи. Они выдвинули требования трансформации Филиппин в одну из испанских провинций и действия на ее территории законодательства метрополии. Кроме того, участники движения выступили с требованиями ограничения роли католической церкви в жизни колонии, передачу приходов в руки священников местного происхождения. Однако уже в 70-е гг. испанцы ужесточили колониальный режим и начали преследование представителей местной оппозиции. Часть филиппинских оппозиционеров переехала в Испанию и вела там пропаганду среди испанцев, многие из которых стали действительно им симпатизировать, образовав т. н. «движение пропаганды». Одним из наиболее ярких представителей этого движения стал Хосе Рисаль (1861–1896), в работах которого пропагандировались чувства национального достоинства филиппинцев и содержались призывы к борьбе за освобождение от испанского колониального господства.
В 1889 г. у оппозиционеров появился свой печатный орган – газета «Ла Солидаридад». Затем «движение пропаганды» переместилось с территории Испании на филиппинский архипелаг. В 1892 г. на родину возвратился Х. Рисаль и основал в столице первую политическую организацию – Филиппинскую лигу, главной целью которой объявлялась борьба мирными средствами за реформы. Вскоре Х. Рисаль был арестован колониальными властями и выслан на о. Минданао.
В 1893 г. Лига объявила о своем самороспуске, но к тому моменту на политической арене появилась новая оппозиционная организация – Катупунан (Верховный досточтимый союз сынов народа) во главе с А. Бонифасио. Эта организация быстро увеличила число своих сторонников, особенно на Лусоне. Члены организации призывали к вооруженным формам борьбы против колониальных властей и одновременно выступали с позиций просветительства народных масс.
После начала народного восстания, летом 1896 г., по инициативе Катупунана Х. Рисаль был расстрелян испанцами, хотя и не принимал в нем участие по идейным соображениям – он был против любых насильственных действий в любой форме.
Главным центром оппозиционных выступлений стал Лусон. К восставшим присоединились представители помещичьих и буржуазных кругов. 22 марта 1897 г. оппозицией была провозглашена Филиппинская республика во главе с лидером национально-буржуазных кругов Э. Агинальдо. Члены Катупунана его не признали легитимным и за это подверглись со стороны самопровозглашенных властей преследованиям. В частности, в мае 1897 г. был расстрелян А. Бонифасио. 1 ноября того же года была принята Временная конституция Филиппинской республики.