Первостепенной задачей Бориса Владимировича было выяснение точных границ древнего города, а внутри их — выявление внутренней структуры улиц. Для этого в 1907 г. он провел через всю территорию ров. В следующем году стало ясно, что город был укреплен мощными стенами и башнями. Самая древняя из стен, имевшая в ширину до 4 м, неоднократно разрушалась, восстанавливалась, дополнялась башнями. Их описание дал греческий писатель Дион Хрисостом, посетивший Ольвию после ее захвата гетами. Благодаря раскопкам это сооружение предстало в зримых деталях.
Раскопками 1909—1910 гг. было выяснено, что город был расположен амфитеатром, и главная его часть находилась на берегу реки. Раскопками 1913 г. был выявлен некрополь со значительным числом могил VI в. до н.э. Был также раскопан большой курган с каменным склепом и дромосом. На надгробном памятнике в виде известняковой плиты имелось изображение сидящей Кибелы с ребенком на руках.
Б.В. Фармаковский
Работа Фармаковского в Ольвии продолжалась до 1915 г. Был выявлен план древнего города, с его верхней частью, с отходящими от ворот и пересекающимися под прямым углом мощеными улицами, с агорой и общественными постройками, с храмами и алтарями, и нижней частью, заселенной торговым людом, а также городским некрополем. При расширении раскопа к югу от цитадели были обнаружены остатки храма Аполлона Простата и найдена мраморная плита с посвятительной надписью от имени коллегии стратегов. Тут же по соседству оказалась полностью сохранившаяся мраморная статуя, изображавшая мальчика с мехом для вина. Она была украшением фонтана.
М.И. Ростовцев
За ходом раскопок в Ольвии следило не только местное население, но и вся российская общественность. В августе 1903 г. Парутино посетил Михаил Иванович Ростовцев как член Археологической комиссии. С ним Борис Владимирович познакомился еще в Афинах в 1895 г. В своем отчете о раскопках в Ольвии Ростовцев писал, что "Исследования находятся в руках настоящего ученого, точного и строгого наблюдателя, остроумного реконструктора, знатока истории, большого и прикладного искусства». Городище посещали и другие выдающиеся русские и зарубежные ученые. И все в один голо< отмечали высочайший уровень исследования, позволившего понять жизнь и историю древнего города. "
Портрет Л. М. Славина
Большим успехом было и то, что Фармаковскому со временем удалось найти общий язык с парутинцами. «Мужики меня принимают очень радушно. Рабочих масса. Нет отбоя», — писал он родным. 19 июля 1902 г. он отыскал первую мраморную голову классической эпохи. Сбежалась вся деревня. Раньше мужики не представляли себе, кто здесь жил, а теперь повсюду рассказывали с гордостью: «Раскопали нашего парутинца». У Фармаковского появились помощники. Главным из них стал учитель из Николаева Б. Храпков.
После 1915 г. раскопки Ольвии не ведутся в течение десяти лет. Конечно же, война, но и событие мирового значения, к которому более других оказался причастным друг симбирского детства Бориса Фармаковского Володя Ульянов. Об одном из писем родителей к Борису, датированном апрелем (или маем) 1917 г., мне стало известно из рассказа вдовы Б.В. Фармаковского Татьяны Ивановны. В этом письме они с чувством ужаса и негодования сообщают ему о взволновавшем всю Россию событии, о возвращении в Россию на германские деньги знакомца его детства. Разумеется, ни этого письма, ни ссылки на него в книге Татьяны Ивановны нет. Но там содержится подробный рассказ брата Бориса, Мстислава, о его детской дружбе с Володей Ульяновым, об их играх еще в догимназические годы. Кроме обычных детских игр в «индейцев», разбойников, была и особая интеллектуальная забава в «тотемы», в ходе которой играющие обменивались непонятными другим посланиями. Разумеется, инициатором этой забавы был не Борис, а Володя, конспиратор по натуре. Переписка родителей и сына продолжалась, но недолго. В 1921 г. родители умерли в Крыму от голода.
В 1919 г. Борис Владимирович в последний раз виделся с Ростовцевым. Михаил Иванович сделал сознательный выбор и нелегально покинул Россию, трагически поняв, что серьезные занятия античностью на его родине невозможны. На самом деле с 1920 г. по 1934 г. во всех школах Советской России вообще не преподавалась история. Мне это известно не по архивным документам. В моей московской школе им. М. В. Ломоносова на Никольской улице историю, как и повсюду, заменило обществоведение, а мой школьный учитель, выдающийся историк, будущий академик Михаил Николаевич Тихомиров, вынужден был преподавать географию. Я окончил школу, не услышав имен Гомера и Виргилия, Перикла и Августа.