Просто трудно представить, чтобы реставраторы капитализма прошли мимо такой фигуры, как Вавилов, авторитетной в широких кругах агрономии, в особенности старой… Не является ли в связи с этим и шумиха, поднятая иностранной прессой в конце 1936 года вокруг Вавилова, в связи с «гонениями» на него, затем печатание подложных некрологов по его адресу провокацией, затеянной и организованной им же самим, с его ведома? Ведь это же не случайно, что материал, освещающий положение в Институте растениеводства, который отчасти в копиях находится у вас и который направляли этим людям как представителям партии и правительства, не имел положительных последствий. Мало сомнений и в том, что они могли сигнализировать Вавилову об этом материале.
…Поэтому я и обращаюсь через Вас по всей Вашей системе принять меры к вскрытию обстоятельств, изложенных выше. А узнать досконально о вредительстве в деле организации сельскохозяйственной науки означает то же, что ускоренно освободиться от последствий вредительства».
В папке были собраны и другие доносы, например профессора И. В. Якушкина, а также сотрудников ВИРа А. К. Коля, Ф. Ф. Сидорова, С. Н. Шунденко.
Следователь А. Г. Хват начал допросы Николая Ивановича с таких слов: «Вы арестованы как активный участник антисоветской вредительской организации и шпион иностранных разведок. Признаете ли вы себя виновным?»
«Нет, не признаю, — ответил ученый. — Шпионом и участником антисоветских организаций я никогда не был. Я всегда честно работал на Советское государство».
Вавилов держался спокойно, твердо, отрицал все выдвинутые против него обвинения. Но следователь знал свое дело — фамилия точно отражала его сущность. За прошедшие до суда одиннадцать месяцев он вызывал ученого на допросы 400 раз! Поняв, что опровергать клевету здесь бесполезно, что в существо дела по-настоящему следователь даже не пытается вникнуть, вконец измученный, Николай Иванович подписал «признание».
После этого вызывать на допросы стали реже, и ученый снова взялся за обдумывание книги об истории мирового земледелия. Под рукой не было ни карандаша, ни бумаги — их пришлось выпрашивать у следователя. Трудно поверить, но Вавилов действительно написал в советской тюрьме книгу «Мировые ресурсы земледелия и их использование». Однако рукопись исчезла.
В марте 1941 года допросы возобновились. Вавилова перевели в камеру № 27 Бутырской тюрьмы, где уже сидело более двухсот человек. Один из арестованных — художник Г. Г. Филипповский вспоминал, как впервые увидел Николая Ивановича. Лежа на нарах, тот поднял кверху свои опухшие ноги с посиневшими ступнями: следователь заставлял его стоять непрерывно по многу часов. Лицо Николая Ивановича отекло, под глазами — мешки. Каждую ночь ученого уводили на допрос, а приводили на рассвете. До места на нарах он подчас добирался ползком, соседи помогали ему снять ботинки и лечь. Он почти перестал разговаривать.
Перед судебным заседанием ученого опять перевели во внутреннюю тюрьму НКВД. Хват организовал «экспертизу» научной деятельности Вавилова, включив в комиссию профессора И. В. Якушкина, а заключение ее сочинил бывший аспирант ВИРа С. Н. Шунденко. Для Хвата Шунденко оказался просто находкой. И когда список членов комиссии положили на стол президенту ВАСХНИЛ, тот написал на нем: «Согласен. Лысенко».
9 июля 1941 года состоялась трагикомедия — суд над великим ученым. Он продолжался всего несколько минут. Военная коллегия вынесла приговор: высшая мера наказания.
В помиловании Вавилову было отказано, и его снова перевели в Бутырскую тюрьму — для приведения приговора в исполнение. Но расстрел неожиданно отсрочили.
8 августа 1941 года Вавилов решил написать письмо Берии, возможно, считая, что произошло недоразумение и что стоит только Лаврентию Павловичу вникнуть в суть дела, как все обвинения отпадут сами собой. Просил Вавилов только одного: дать ему возможность закончить в течение полугода составление «Практического руководства для выведения сортов культурных растений, устойчивых к главнейшим заболеваниям», а в течение шести — восьми месяцев завершить составление «Практического руководства по селекции хлебных злаков» применительно к различным зонам страны.
2 октября 1941 года Вавилова снова перевели из Бутырской тюрьмы во внутреннюю тюрьму НКВД, известив, что 15 октября он получит полную возможность для ведения научной работы. Но 15 октября, когда немцы начали подступать к столице, заключенных «этапировали».
29 октября Вавилов был доставлен в Саратов. Он попал в корпус тюрьмы, где содержали в заключении бывшего редактора «Известий» Ю. М. Стеклова, философа, историка и литературоведа академика И. К. Луппола, еще ряд известных работников науки и культуры. Сначала Николая Ивановича поместили в камеру-одиночку, а потом перевели туда, где сидели академик Луппол и инженер-лесотехник Филатов. Здесь он пробыл год и три месяца. За это время арестантов ни разу не вывели на прогулку, они не получали передач или писем.