В 1934 году при ВИРе, кроме действовавшей, была дополнительно организована аспирантура «особого назначения» — для имеющих опыт партийной или хозяйственной руководящей работы. Все аспиранты без исключения должны были освоить свою специальность и в поле, и в теплице, и в лаборатории, и в библиотеке, изучать новейшие методики исследований в избранной сфере биологии, новейшие приборы и установки, необходимые для плодотворной работы, набираться знаний, в том числе в области мировой художественной культуры, — в общем, стать широкообразованными, культурными людьми. Весьма жесткие требования предъявлялись к овладению иностранными языками, поскольку сотрудники института и аспиранты обязаны читать не только русскую, но и зарубежную литературу по своей отрасли знаний. Вировцы нередко бывали за границей, выступали с сообщениями и докладами на различных научных форумах, и багаж их знаний должен был постоянно пополняться.
Вавилов сам читал аспирантам лекции по источниковедению, а вести курсы иностранных языков приглашал наиболее опытных ленинградских преподавателей. Для многих аспирантов он сам составлял программы работы. И тем досаднее ему было видеть, что далеко не все рады столь интенсивной научной жизни, не все хотят посвятить жизнь сложнейшим биологическим исследованиям. Среди аспирантов обнаружились откровенные карьеристы — охотники не столько набираться знаний, сколько «крутить старую шарманку»: шуметь о том, что институт «оторван от жизни», занимается «отвлеченными проблемами». На собраниях и даже в стенгазете стали появляться обвинения в адрес руководства института, подчас даже оскорбительные выпады лично против директора. Вавилову поначалу казалось, что молодые люди возмужают, станут мудрее, многое поймут, избавятся от обывательского подхода к жизни и работе, то есть, говоря иначе, сумеют все же переломить себя, преодолеть отсталость, уж если попали на передовые позиции мировой науки. Обязаны это сделать!
Получилось иначе. Воспользовавшись широко распространенными мещанскими взглядами на науку, карьеристы требовали придать ВИРу сугубо земледельческий характер и взяться за разработку приемов обработки почвы, определение оптимальных доз внесения удобрений под разные культуры, норм высева их и глубины посева, чередования культур в севооборотах и прочих агротехнических проблем, поскольку урожаи в коллективных социалистических хозяйствах были очень низкими, и многим тогда казалось, что успешное решение прикладных вопросов ведения сельского хозяйства позволит увеличить валовые сборы зерна, картофеля, овощей, фруктов, принесет изобилие.
Вавилов и опытные научные сотрудники ВИРа разъясняли, что этими вопросами занимаются все зональные институты и опытные станции, более того, только они и могут их правильно, научно обоснованно решать: на конкретных почвах и в конкретных климатических зонах. Предлагали аспирантам выбрать круг вопросов по интересам и решать их в любом подразделении института. Но это оказалось тщетной попыткой.
Некоторые аспиранты вообще не пытались уяснить для себя роль института и предлагали превратить его в чисто методический центр по генетике, физиологии растений, биохимии, сбор генофонда передать в отраслевые институты, а заграничные экспедиции прекратить, чтобы не расходовать на это средства, или… устроить так, чтобы ездили все научные сотрудники и аспиранты по очереди, потому что всем хочется поездить по заграницам!
Надо сказать, уже в середине тридцатых годов, зная о противоречивых настроениях вировской молодежи, И. И. Презент, эта «направляющая рука» Лысенко, начал активно склонять на свою сторону всех колеблющихся, прежде всего аспирантов. Их было немало, особенно среди лиц, отличившихся в основном на общественной или партийной работе и не проявлявших особого интереса и пристрастия к биологии и вообще
Евгения Николаевна Синская так описывала происходящее: «Атмосфера в институте стала столь накаленной, что производить планомерные и длительные исследования стало невозможно. Острые столкновения, безудержный поток дискуссий не оставляли времени для глубоких раздумий и тщательных экспериментов (а это и надо было для «пятой колонны»)…»
В апреле 1931 года Вавилов не удержался и отправил письмо наркому земледелия Я. А. Яковлеву о ненормальной обстановке в ВИРе, о пристрастном отношении к нему, как к директору: «В последние месяцы в жизни Всесоюзного института растениеводства происходят события, которые заставляют меня поставить вопрос о дальнейшем моем пребывании на посту руководителя этого большого учреждения.