Между тем комиссия Муравьева работала четыре месяца, до 21 августа 1866 года. Продолжались аресты и допросы и вступало в завершающую стадию наступление на оппозиционную печать. 22 апреля, меньше чем через неделю после злосчастного обеда в клубе, цензор Еленев на заседании Главного управления по делам печати доложил о статье Жуковского «Вопрос молодого поколения» как о предосудительной и заслуживающей кары. Такое же мнение выразил председатель Щербинин.
Апрельский номер «Современника» вышел 2 мая — в нем нет ни одного материала, написанного «консисторией». Возможно, как они сами утверждали, Некрасов отстранил их от работы; возможно также, что они бойкотировали издание. 4 мая был представлен в цензуру пятый номер (также без участия Антоновича, Жуковского и остальных), но он уже не вышел из печати. 12 мая издание было приостановлено в связи с третьим предостережением, а 28-го числа журнал был закрыт, как полагали современники, по личному требованию Муравьева. В тот же день было запрещено и «Русское слово». В это время Некрасов только приехал в Карабиху, куда собирался еще 19 мая, написав брату Федору: «Я так измучился с журналом, что желал бы в деревне отдохнуть в полнейшем спокойствии». Вероятно, об окончательном закрытии «Современника» он еще не знал и, уезжая, надеялся на возможность изменения решения. За него боролся его светский приятель и тайный покровитель в сфере цензуры граф Феофил Матвеевич Толстой, однако все усилия оказались тщетны — с Муравьевым бороться было невозможно. 1 июня А. Н. Пыпин получил официальное извещение о запрещении «Современника», 3-го числа об этом было официально объявлено в правительственной газете «Северная почта». Только что приехавший в имение поэт снова отправился в Петербург.
Для Некрасова остаток года прошел в хлопотах по ликвидации журнала, осуществлявшейся под его руководством вторым помощником по ведению хозяйственных дел «Современника» Семеном Васильевичем Звонаревым, книгопродавцем, которому Некрасов помог начать собственное книгоиздательское дело, существенно более «темной» личностью, чем человек кристальной честности и замечательного благородства Ипполит Панаев (как показывают конторские книги «Современника», тот не раз в трудные для журнала времена вносил в его кассу личные деньги, о чем даже не упомянул в своих трогательных и апологетических по отношению к другу воспоминаниях). Распродавались оставшиеся номера журнала за разные годы, а также книжки, издававшиеся на средства «Современника», в том числе «Рассказы и очерки» Николая Успенского; из выручки от продажи уплачивались долги типографии и бумажной фабрике, оказывалась материальная помощь особо нуждающимся авторам и сотрудникам. Некрасов вел переговоры с вдовой только что скончавшегося Плетнева, унаследовавшей его права на «Современник», об уменьшении размера неустойки, полагающейся ей по договору в случае закрытия журнала по вине редакции (удалось снизить эту сумму с восьми до пяти тысяч рублей). Удовлетворяли подписчиков, недополучивших восемь номеров журнала, за которые они уже заплатили деньги, — в качестве компенсации им были предложены уже изданные Некрасовым и Гербелем первые два тома собрания пьес Шекспира (потребовали и получили их всего 140 подписчиков, остальные оказались готовы на жертвы; так, впрочем, было и с другими закрытыми по цензурным причинам журналами). Звонарев удовлетворенно писал Некрасову, что ни одного скандала с рассерженным подписчиком не случилось. Одновременно уже бывший редактор с помощью вдовы Плетнева пытался обходными путями добиться возможности возродить «Современник» под тем же или другим названием. Это ему не удалось.
В разгар этих хлопот закончила работу муравьевская комиссия. 2 августа в «Северной почте» были опубликованы результаты, оказавшиеся совершенно мизерными: никакого крупного заговора обнаружить не удалось, подавляющее большинство арестованных было просто отпущено по домам (в их числе Елисеев), к суду привлечено только 32 человека, из которых больше половины оправдано. Несколько человек отправились в ссылку, среди них — известный публицист и будущий заграничный сотрудник Некрасова Петр Лаврович Лавров. Несостоявшийся цареубийца Каракозов был приговорен к смертной казни и повешен 3 сентября в Санкт-Петербурге на Смоленском поле при большом скоплении народа. Работа комиссии была прекращена 21 августа, а через восемь дней умер Муравьев.