Знал ли об этой, подпольной, стороне деятельности своих сотрудников Некрасов? Никаких документов и свидетельств об этом не сохранилось, Чернышевский не обмолвился ни единым словом. Можно уверенно говорить, что арест Михайлова был для поэта совершенной неожиданностью и казался ему (как и другим литераторам, подписавшим петицию об освобождении «государственного преступника») недоразумением, ошибкой. Дальнейший ход событий эти иллюзии развеял — в редакции «Современника» трудился настоящий «заговорщик». В случае с Обручевым сомнений в справедливости обвинений у Некрасова уже не было, но и предвидеть его арест Некрасов скорее всего не мог. Практически нет сомнений, что ни Чернышевский, ни другие сотрудники, авторы и друзья не ставили поэта в известность о своих заговорщицких планах и деятельности (хотя наверняка были намеки, скажем, на то, что их сотрудничество с «Современником» может внезапно прекратиться). Конечно, подозрения у Некрасова были, и касались они не только Чернышевского и Добролюбова, но и сотрудников, приведенных ими в журнал; все они действительно были вовлечены в широко понимаемый «заговор» или, во всяком случае, готовы принять в нем участие; некоторые из них вскоре отправились на каторгу, а Сигизмунд Сераковский, ставший через два года одним из вождей Польского восстания 1863 года, повешен.
Подозрение, что члены редакции его журнала, в том числе ближайшие, — подпольщики и опасные «государственные преступники», укрепившееся после ареста Обручева, несомненно, заставило Некрасова задуматься о своей позиции по отношению к ним и вообще о своих планах. Прежде всего, сама деятельность подпольщиков не вызывала у Некрасова никакого морального отторжения (во всяком случае, оно никак не проявлялось). Нет доказательств и того, что он считал ее бесполезной или неэффективной. Скорее наоборот, Некрасов видел в ней смысл; другое дело — считал ли ее единственно возможной. В этом, скорее всего, у него не было убежденности, и он долго оставался уверен, что и легальная общественная деятельность в союзе с либеральной частью правительства может быть полезна стране и народу. При этом практически не подлежит сомнению, что сам он никогда не издавал ничего подпольного, вообще не принимал участия ни в чем по-настоящему запретном, кроме, конечно, давно ставшей привычной и бывшей, за редкими исключениями, относительно безопасной борьбы с цензурой. Отчасти поэтому храбрость радикальной революционной молодежи вызывала уважение и даже восхищение Некрасова — сам он был не готов жертвовать собой. Эта неготовность постепенно начинала осмысляться Некрасовым как «слабость».
Очевидно, однако, что само присутствие в редакции заговорщиков и потенциальных «государственных преступников» представляло угрозу для журнала. Примерно с 1859 года в верхах начали циркулировать разнообразные записки, «информирующие» правительство об опасности направления «Современника», о дурном влиянии, оказываемом журналом на молодежь, периодически приходили слухи о его закрытии, заставлявшие Некрасова и Панаева выяснять по своим светским и правительственным каналам, не будет ли сделано запрещение прямо во время подписной кампании. Во второй половине 1861-го было еще непонятно, во что выльется начинавшееся противостояние правительства и молодых радикалов. Опыт, однако, подсказывал Некрасову, что дело может зайти далеко и последствия для всех участников могут быть ужасные, напоминал о декабристах, петрашевцах, кружке Герцена и Огарева. Некрасов тем не менее решился сохранить то же направление журнала с теми же сотрудниками. Очевидно, он обеспечивал себе относительную безопасность, сознательно не интересуясь, что делали его сотрудники в свободное от журналистики время. Однако факты говорят сами за себя: Некрасов преодолел испуг (вспомним, что совсем недавно перепечатка его стихотворений в «Современнике» вызвала у него панику) и подтвердил свой выбор. Это был выбор не просто направления журнала и состава его редакции, но давно сделанный выбор своей поэзии и своей публики. Своего читателя Некрасову нельзя было оставить. Теперь читатель двинулся в направлении революционного радикализма, и Некрасов пошел вместе с ним. При этом, возможно, Некрасов не видел еще одну опасность, кроющуюся в том, что его молодые сотрудники пришли из совсем другого мира и что со следующим поколением ему невозможно будет дойти до той степени взаимопонимания, какая была у него с Чернышевским и Добролюбовым, которых ему суждено очень скоро потерять.
В начале августа 1861 года вернулся из-за границы Добролюбов. Тамошнее лечение ему совершенно не помогло, и он умирал. В двадцатых числах октября болезнь перешла в летальную стадию. Добролюбова перенесли на квартиру Некрасова, где его регулярно посещали доктор Шипулинский и Чернышевский. 17 ноября у себя на квартире в возрасте двадцати пяти лет Добролюбов скончался. Из средств «Современника» на его похороны было выдано 175 рублей.