По договоренности с китайскими властями КВЖД обязательно выкупала у частных владельцев отчуждаемые ею для нужд дороги земли. Ширина отчуждаемой земли на перегонах между станциями устанавливалась в 40 сажень (85,4 м) — по 20 сажень в каждую сторону, но фактически была меньше: по 15 сажень (32 м) с одной стороны и по 18 сажень (38,4 м) с другой. Под большие станции отчуждалось по 50 десятин земли (54,5 га), под остальные станции и разъезды — до 30 десятин (32,7 га). Под Харбин первоначально было отчуждено 5650,03 десятины (6158,53 га) несколькими отдельными участками, а в 1902 г. площадь отчуждения увеличилась до И 102,22 десятины (12 101,41 га). На правом берегу Сунгари (Харбин) отчуждалось 5701,21 десятины, на левом берегу (Затон) — 5401,01 десятины. Вся эта площадь была объединена общей границей.
По Сунгари в 1898 г. пошли русские пароходы. В 1899 г. в Харбине жило около 14 тыс. выходцев из Российской империи, в основном русских, но были и поляки, евреи, армяне и другие национальности. В обиходе Маньчжурию уже начали именовать Желтороссией.
В 1898 г. Россия занимает Порт-Артур. Было ли это авантюрой, как позже пытались представить некоторые либеральные историки и журналисты? На самом деле, протяни еще пару месяцев, и Порт-Артур стал бы базой британского ВМФ.
19 марта вышел приказ Николая II: «Государь Император объявляет Высочайшую благодарность Командующему эскадрою в Тихом океане, Контр-Адмиралу Дубасову и Монаршее благоволение — всем чинам вверенной ему эскадры и сухопутного отряда за отличное исполнение возложенных на них поручений по занятию Порт-Артура и Талиенвана».
В 90-х годах XIX века в Китае возникло движение «Отряды во имя мира и справедливости» — «Ихэтуань». Внешней отличительной особенностью всех ихэтуаней был красный цвет: члены организаций носили красные пояса, красные повязки и красные знамена. Словосочетание «и-хэ-туань» переводится как «кулак во имя мира и справедливости». Поэтому большинство организаций ихэтуаней имели на своих знаменах изображение больших кулаков. За это европейцы стали называть их боксерами. Название звучное и понятное европейскому обывателю, и оно быстро перекочевало со страниц желтой прессы в ученые труды и учебники истории.
К сожалению, «боксеры» нападали не только на территории, захваченные в Китае Англией, Францией и другими западноевропейскими государствами. Они учиняли нападения на маньчжурские города, где жили русские, — Ляолян, Мукден, Харбин и другие. Мало того, повстанцы нападали на русские территории на реке Амур.
К 3 марта 1902 г. с повстанцами в Маньчжурии было окончательно покончено.
В ходе подавления восстания на территорию Маньчжурии был введен «ограниченный контингент» русской армии. И тут же возник вопрос: что делать дальше? Вывод русских войск из Маньчжурии означал, что эта территория отойдет к Англии или Японии, а небольшие отряды КВЖД не смогут этому помешать.
Следует отметить важный нюанс в ситуации на Дальнем Востоке, непонимание которого Николаем II и его министрами стало основной причиной проигрыша Русско-японской войны. Все ведущие страны мира были настроены принципиально против превращения Маньчжурии в зависимую от России территорию. Но в то же время воевать против России из-за Маньчжурии была готова только Япония, и больше никто. Ни одно европейское государство, включая Англию, не желало начинать войну с Россией, что бы ни случилось на Дальнем Востоке. Пусть даже Россия официально аннексировала бы Маньчжурию, дело бы ограничилось десятком нот, в худшем случае — воинственными демонстрациями британского флота.
Запад есть Запад, а Восток есть Восток. Маньчжурия — не Балканы, не Константинополь и не Эльзас с Лотарингией. Так что у России было два выхода: или уйти из Маньчжурии без всяких условий, что означало бы в перспективе потерю Порт-Артура и Владивостока, или придать Дальнему Востоку приоритет перед европейскими делами и сосредоточить там сухопутные и морские силы, существенно превосходящие силы Японии, то есть сделать то, что Сталин сделал в 1938–1941 гг., и заставить Японию поменять вектор своей агрессии с севера на юг.
Увы, Николай II метался из стороны в сторону — так было раньше и так будет до февраля 1917 г. В начале 1902 г. царь поддался уговорам Витте и согласился вывести войска из Маньчжурии. Витте напугал царя заключенным 30 января 1902 г. договором между Англией и Японией.
Николай II разрешил пойти на уступки в переговорах с китайцами. 8 апреля 1902 г. между российским и китайским правительствами было, наконец, подписано соглашение о порядке вывода русских войск из Маньчжурии в три срока в течение 18 месяцев, то есть к осени 1903 г. Русская дипломатия настояла лишь на включении в договор оговорки о том, что эвакуация может быть приостановлена смутами в Маньчжурии или же такими действиями иностранных держав, которые не позволят России вывести свои войска.
Россия начала эвакуацию войск из Маньчжурии, но так и не закончила ее. Осенью Николая II под воздействием кучки авантюристов во главе с А. М. Безобразовым качнуло в другую сторону.