Новый комендант, Я.Юровский, мещанин г.Каинска Томской губернии, во время первой русской революции жил в Берлине, где принял лютеранство. Приехав в Томск, открыл часовой магазин, в 1912 г. был выслан в Екатеринбург. Там открыл фотографию. После переворота 1917 года он стал членом Уральского областного совета и областным комиссаром юстиции. Хотя Юровский вел себя корректно, от него отдавало таким холодом, что император тотчас понял всю жестокость нового комиссара. "Этот тип нам нравится всех менее", - записал он в дневнике. С появлением в Ипатьевском особняке Юровского судьба царской семьи была предрешена. Отряд чекистов состоял не из охранников, а из палачей.
О том, что должно произойти, превосходно знали Свердлов и другие московские начальники. Авдеева сместили не только из-за того, что он был нечист на руку, но, главным образом, потому, пишет Пьер Жильяр, что "члены Президиума и Чрезвычайки не замедлили обратить внимание на перемену, происшедшую во взглядах охраны по отношению к их заключенным и решили принять радикальные меры". 4-го июля Белобородов направил Свердлову и Голощекину, находившемуся в Москве, обнадеживающую телеграмму: "Опасения напрасны. Авдеев сменен. Его помощник Мошкин арестован. Вместо Авдеева Юровский. Внутренний караул весь заменяется другим". Дело приближается к развязке.
У членов Уральского совета никогда не было сомнений относительно участи бывшего царя. Вскоре после доставки императора в Екатеринбург Екатеринбургский совдеп единогласно принял решение о его казни. Не желая брать на себя ответственность, местные власти отправили Голощекина в Москву, чтобы узнать мнение центра. Шая Исаакович Голощекин был не местным жителем, а уроженцем Невеля. Профессиональный революционер, он был неоднократно судим. В 1910 и 1917 гг. бежал из ссылки. Был приверженцем Ленина. Хорошо знал Свердлова и во время последней "командировки: жил у него на квартире. Во время этой поездки Голощекину стало известно, что московские правители не решили, как быть с царем. Их все еще привлекала идея Троцкого устроить в конце июля показательный процесс над бывшим царем, на котором Троцкий выступил бы в роли обвинителя.
Однако сделать этого не удалось, поскольку дела у большевиков пошли хуже, что, по иронии судьбы, роковым образом сказалось на участи царя и его семьи. Гражданская война и интервенция иностранных государств ослабили и без того непрочную власть большевиков. В Мурманске высадились американские морские пехотинцы и британские солдаты. На юге создавали белую Добровольческую армию генералы Алексеев, Корнилов и Деникин, опиравшиеся на поддержку донского казачества. В сибири продвигался на запад чешский легион численностью в 45 000 штыков. Захватив Омск, чехи быстро приближались к Тюмени и Екатеринбургу. Чешский легион был сформирован из бывших военнопленных австро-венгерской армии. Они были реорганизованы и оснащены Временным правительством для участия в боях на стороне русских с целью освобождения своей родины. После заключения Брестского мира Троцкий разрешил им уехать к себе домой через Сибирь, Владивосток и далее морским путем во Францию, чтобы сражаться на стороне союзников. Вереница воинских эшелонов уже двигалась по Великому Сибирскому пути на восток. Но тут вмешался германский генеральный штаб. Немцы решительно потребовали от большевиков задержать составы и разоружить чехов. Большевистские власти попытались это сделать, но чехи отказались сдать оружие. К представлявшим грозную силу в этом неспокойном регионе чехам присоединились выступившие против власти большевиков русские офицеры и солдаты. Именно эта угроза заставила московские власти отказаться от показательного процесса и изменить свои намерения относительно царя и его семьи.
Вернувшись 12 июля из Москвы, Шая Голощекин доложил Уральскому совету, что центр предоставляет местным властям право самим решать судьбу семьи Романовых. Военное руководство желало выяснить, долго ли Екатеринбург сможет удерживать натиск белых войск. Голощекин сообщил, что чехи подошли к городу с юга, и дня через три Екатеринбург может пасть. Узнав об этом, Уральский совдеп решил как можно раньше расстрелять всю семью и уничтожить все следы этой акции.
Приказ этот был отдан Юровскому 13 июля, и тотчас началась подготовка злодеяния. В продолжении трех дней Юровский с Ермаковым верхом осматривали окружающие город леса в поисках места, где можно спрятать останки жертв. Верстах в 20 от Екатеринбурга, около деревни Коптяки они нашли заброшенный рудник. Рядом с ним находились четыре сосны, названных местными жителями Четыре Брата. Одновременно Войков, тоже член Уральского совета, распорядился о приобретении 300 литров бензина и 175 килограммов серной кислоты.