Оставшиеся в Тобольске три великие княжны и наследник волновались в ожидании известий от родителей. 3 мая на имя Кобылинского пришла телеграмма, сообщавшая, что царская чета и их спутники "застряли в Екатеринбурге". Вскоре из Екатеринбурга Теглевой пришло письмо от горничной Демидовой, несомненно, написанное под диктовку императрицы: "Уложи, пожалуйста, хорошенько аптеку с лекарствами, потому что у нас некоторые вещи пострадали". Государыня сама называла драгоценности условно "лекарствами". Все драгоценности, привезенные из Царского Села, остались в Тобольске, поскольку государь и императрица, уезжавшие в спешке, не успели спрятать их у себя. И теперь, подвергшись тщательному и грубому обыску, Александра Федоровна распорядилась, чтобы дочери приняли нужные меры. И великие княжны вместе с горничными, которым они доверяли, в продолжение нескольких дней зашивали драгоценности в одежду. Бриллианты маскировали под пуговицы, рубины прятались в корсеты. Работой руководила не Ольга, а Татьяна Николаевна, которую и узники, и охрана считали главой семьи, оставшейся в Тобольске.
Разлучать семью у большевиков не было намерения. 11 мая был снят со своей должности полковник Кобылинский, командовавший охраной в течение трудных двенадцати месяцев, а 17 мая охрану, состоявшую из солдат Царскосельского гарнизона, заменили екатеринбургскими красногвардейцами. Во главе этого отряда, состоявшего почти сплошь из латышей, был некто Родионов. "Хам, грубый зверь, - вспоминал Кобылинский, - он пришел в дом и тотчас устроил перекличку". Ему было велено доставить в Екатеринбург остальных членов семьи, как только позволит здоровье цесаревича. Приехав в Тобольк, Родионов тотчас направился к Алексею Николаевичу. Посмотрев на него и увидев, что тот в постели, он ушел, но минуту спустя вернулся, решив, что мальчик после его ухода встанет. Он запретил великим княжнам запирать на ночь дверь, заявив, что имеет право во всякое время входить к ним. Однажды утром, подойдя к окну, Анастасия Николаевна увидела на улице Глеба, сына доктора Боткина и помахала ему рукой. Родионов выскочил из дома и, оттолкнув Боткина-младшего, завопил: "На окна смотреть не разрешается! Товарищи! - воскликнул он, обращаясь к часовым, - стреляйте в любого, кто осмелится даже взглянуть в ту сторону!" Анастасия Николаевна продолжала улыбаться. Глеб Боткин поклонился ей и ушел.
К 19 мая Алексей Николаевич почувствовал себя лучше, и на следующий день Нагорный отнес мальчика на пароход "Русь", на котором царская семья приехала в Тобольск минувшим летом. Во время плавания на пароходе Родионов снова запретил великим княжнам запираться на ночь. "Комиссар Родионов запирает Алексея Николаевича с Нагорным в каюте, - вспоминал Пьер Жильяр. - Мы протестуем; ребенок болен, и доктор должен иметь возможность входить к нему во всякое время". После того, как Родионов запер наследника вместе с Нагорным снаружи замком, честный матрос устроил скандал: "Какое нахальство! Больной мальчик! Нельзя в уборную выйти!" Родионов, прищурив глаза, посмотрел на смельчака.
На вокзале в Тюмени швейцарца разлучили с Алексеем Николаевичем. Цесаревича поместили в вагон 4 класса, расположенный в конце состава. Путешествие продолжалось весь день, а в полночь поезд прибыл в Екатеринбург. На следующее утро Жильяр выглянул в окно и сквозь пелену дождя в последний раз увидел наследника и трех великих княжон.
"Подано было 5 извозчиков, - показывал Н.А.Соколову наставник цесаревича. - К вагону, в котором находились дети, подошел с какими-то комиссарами Родионов. Через несколько минут мимо окна прошел матрос Нагорный с больным мальчиком на руках; следом шли великие княжны, неся в руках багаж и личные вещи. Я попытался выйти, чтобы помочь, но меня грубо втолкнул назад в вагон часовой. Я возвратился к окну. Татьяна Николаевна выступала последняя, неся свою маленькую собачку, и тащила с трудом тяжелый чемодан темного цвета. Шел дождь, и я видел, как на каждом шагу она попадала в грязь. Нагорный хотел пойти помочь, но был сильно отброшен назад одним из комиссаров... Спустя несколько минут, экипажи удалились, увозя детей по направлению к городу... Разве мог я тогда предположить, что мне не суждено увидеть их вновь".
После того, как дети и Нагорный уехали, охранники стали сортировать остальных пассажиров. Генерал-адьютанта Татищева, графиню Гендрикову и мадемуазель Шнейдер отправили в тюрьму, где уже находился, с момента прибытия в Екатеринбург вместе с царской четой, князь Долгоруков. Повар Харитонов, лакей Трупп и 14-летний поваренок Леонид Седнев были направлены в Ипатьевский дом к царской семье и доктору Боткину.