Длительное пребывание Лока за пределами Англии в 1550-х годах почти наверняка было связано с его религией. Он был убежденным протестантом - его невестка была близкой соратницей Джона Нокса, шотландского священника и одного из ведущих протестантов своего времени. По этой причине он не хотел оставаться в Англии во время правления "Кровавой" Марии, которая получила свое прозвище после того, как санкционировала сожжение около трехсот протестантов как еретиков. После воцарения Елизаветы в 1558 году Лок вернулся в Англию и возобновил свою деятельность в качестве мерсера, пойдя по стопам своих братьев, которые остались в Англии и построили бизнес как заморские купцы. Старший Томас Лок, унаследовавший отцовское поместье в 1550 году, был членом-учредителем Московитской компании. Он также был соинвестором, вместе с сэром Джорджем Барном и сэром Джоном Йорком, в экспедиции на Золотой берег Африки, капитаном которой был Джон Лок, еще один из братьев. В 1571 году Майкл стал лондонским агентом Московитской компании, то есть фактически главным управляющим, в обязанности которого входила организация обмена товарами между Россией и Англией. По его словам, он "главнокомандующий" делами компании.
Несмотря на значительный опыт и знания, которыми обладали эти четверо - Барн, Тауэрсон, Боро и Лок, - у Фробишера не было причин их бояться. Он тоже обладал огромным опытом и почти наверняка был им всем хорошо известен. Он родился в Алтофтсе, деревне близ Уэйкфилда в Йоркшире, в 1535 или 1536 году, но в возрасте тринадцати или четырнадцати лет был отправлен в Лондон на воспитание к своему дяде, сэру Джону Йорку. Переезд, который произошел после смерти его матери, был вызван "отсутствием хороших школ" вблизи дома его детства. Но для любого молодого, подающего надежды купца переезд в семью сэра Джона был замечательной возможностью. Будучи шерифом Лондона и высокопоставленным чиновником королевского монетного двора, Йорк был хорошо связан с великими придворными - он был личным другом Джона Дадли - и ведущими купцами.
Вскоре Йорк понял, что его рослый племянник, как отмечал один из современников, был парнем "великого духа и смелого мужества, а также природной твердости тела", который больше подходил для жизни в приключениях, чем для меркантильной карьеры. В 1553 году он устроил так, что юный Фробишер, еще подросток, присоединился к экспедиции на Золотой берег Африки, которую он организовывал вместе с несколькими инвесторами "Мистерии", включая сэра Джорджа Барна, старшего.
Йорк верно оценил своего племянника. Фробишер пережил свое первое плавание в Гвинею, хотя большинство членов экипажа, включая капитана, погибли под африканским солнцем. В следующем году он присоединился к обратному путешествию под руководством Джона Лока. Вскоре после достижения Золотого берега капитан Лок попытался заключить коммерческую сделку, но местный африканский король потребовал от англичан обещания доброй воли, прежде чем начать торговлю: а именно, один из членов команды корабля должен был остаться в их деревне, чтобы обезопасить себя от теневых сделок. Фробишер, которому еще не исполнилось и двадцати, вызвался добровольцем и был передан под опеку вождя. Однако вскоре все пошло наперекосяк. Африканские торговцы открыли стрельбу, и англичане, решив, что надвигается беда, поспешили прочь. Лок оставил Фробишера позади, похоже, даже не оглянувшись, поскольку тот не вернулся и не предпринял никаких попыток спасти своего юного подопечного.
Африканцы в конце концов передали Фробишера португальцам, которые перевезли его в грозную крепость Сан-Жоржи-да-Мина, торговый форпост Португалии в Западной Африке. Там, согласно более поздним показаниям Фробишера, его продержали в заточении девять месяцев, хотя вскоре он оказался полезен своим похитителям. Его регулярно отправляли в леса для обмена "коз, домашней птицы и других продуктов" с местными африканскими племенами, поскольку португальцы "не могли, рискуя жизнью, делать этого". Фробишер пережил этот опыт, и португальцы в конце концов отправили его обратно в Англию после короткого заключения в лиссабонской тюрьме.
В течение следующих двадцати лет Фробишер с большим энтузиазмом продолжал идти по пути, который определил для него дядя. Он участвовал в бесчисленных плаваниях и даже совершал пиратские акты, за которые проводил в тюрьме все больше времени. Однако ни одно тюремное заключение не длилось долго, и, похоже, он заслужил одобрение ряда самых влиятельных деятелей Англии, включая Уильяма Сесила. Как отметил Майкл Лок, Фробишер пользовался "добрым расположением" не только Сесила, но и "других членов достопочтенного Тайного совета Ее Величества". Почти наверняка это одобрение было связано с его работой в качестве правительственного шпиона и капера - своего рода лицензированного пирата. В классическом случае браконьера, превратившегося в егеря, его наняли для поиска пиратов и контрабандистов, перевозящих запрещенные товары в Ла-Манше.