Начало подготовки к конференции было положено в СССР заседанием Комитета связи, состоявшимся в Москве в сентябре 1961 г. Комитет связи принял тогда предложение Чехословацкого комитета по истории национально-освободительного движения о проведении 3-й международной конференции в ЧССР и утвердил ее общую тему. Конкретную подготовку к конференции возглавили в нашей стране НМЛ и СКВВ. Соответствующая работа велась одновременно в Москве, Киеве, Минске, Риге, Таллине и Вильнюсе и длилась более года. В течение этого времени были подготовлены доклады для всех трех секций конференции: а) по общим вопросам фашистской оккупационной политики; б) по экономической политике оккупантов; в) по вопросам фашистского террора. Каждый из этих докладов состоял из трех частей — общего доклада и содокладов представителей УССР и БССР; таким образом, фактически советскими учеными были подготовлены 9 докладов. Все они были представлены на трех языках в секретариат Подготовительного комитета, который размножил и роздал тексты делегатам. Кроме того, советскими представителями были подготовлены научные сообщения по 11 темам, а также подробная библиография советской литературы по проблеме конференции.
Совместными силами Отдела истории Великой Отечественной войны ИМЛ, Главного архивного управления при Совете Министров СССР и СКВВ был подготовлен и опубликован сборник документов о временной немецко-фашистской оккупации части территории СССР «Преступные цели — преступные средства» (составитель Г. Ф. Заставенко) на русском, немецком и французском языках .объемом в 20 печатных листов. К конференции были приурочены также публикации документов о временной немецко-фашистской оккупации Украины — «РПмецько-фашиський окупацшний режим на УкрашЬ, Белоруссии — «Преступления немецко-фашистских оккупантов в Белоруссии» и Эстонии — «Немецко-фашистская оккупация Эстонии». Центральной студией документальных фильмов СССР был озвучен на французском языке для демонстрации на конференции кинофильм «Суд народов» о Нюрнбергском процессе над главными немецкими военными преступниками. Кроме того, Белорусская киностудия при участии Института истории партии при ЦК КП Белоруссии подготовила документальный кинофильм под названием «Могилы не молчат». Наконец, была разработана и художественно оформлена выставка фотодокументов о немецко-фашистском оккупационном режиме.
Широкая подготовительная работа к конференции, проведенная советскими научными учреждениями и общественными организациями, имела большое значение. Она активизировала изучение вопросов истории немецко-фашистской оккупации, позволила выявить и исследовать большое количество новых документов, характеризующих гнусную политику захватчиков и установленный ими бесчеловечный режим, а также героическую антифашистскую борьбу советских людей под руководством Коммунистической партии на временно оккупированной врагом территории СССР.
Работа конференции проходила на пленарных заседаниях, а затем в трех вышеуказанных секциях. Торжественное пленарное заседание было открыто Ф. Парри. С приветствиями выступили представители правительства и научных кругов Чехословакии, а также председатель Международного комитета памяти деревни Лидице, депутат английского парламента Вернет Стросс.
Программа секций предусматривала национальные доклады, краткие научные сообщения и выступления в прениях. Всего состоялось четыре заседания каждой из секций. В общей сложности было представлено 40 докладов. С содокладами, сообщениями и в прениях выступило более 100 человек. Из 33 советских делегатов выступили 18.
Первая секция работала под председательством Е. А. Болтина (СССР), М. Бомона (Франция), Ч. Ма-дайчика (Польша) и К. Франковича (Италия). В заседаниях ее участвовало до 200 человек. Секция заслушала 15 национальных докладов; с сообщениями и в прениях выступили 23 человека. По уровню обобщений и насыщенности фактическим материалом выделялись доклады Ч. Мадайчика (Польша), Э. Колотти (Италия), В. Штейнера (Австрия). Большой интерес вызвал советский доклад, а также сообщения советских историков о структуре и функциях так называемого «восточного министерства» фашистской Германии; о мнимых «противоречиях» в гитлеровском правительстве по поводу оккупационной политики на Украине; о нацистских планах порабощения и истребления славянских народов.
Несмотря на разницу в методологических предпосылках, из которых исходили отдельные докладчики, все доклады были направлены на разоблачение преступного характера немецко-фашистского оккупационного режима. Заметим, что некоторая противоречивость доклада французского историка А. Мишеля (Комитет по истории второй мировой войны) была выявлена в выступлении коммуниста П. Вийона (Франция), который ярко и убедительно продемонстрировал несостоятельность тенденции А. Мишеля ослабить ответственность марионеточного правительства Виши за политику так называемого «франко-германского сотрудничества» в период гитлеровской оккупации Франции.