В середине XV века управление государством осуществляли бояре и дьяки — неродовитые грамотные чиновники, исполнявшие нерегулярные поручения царя. Постепенно эти поручения — «приказы» царя стали постоянными. Появились, должности казначея, печатника, разрядных и ямских дьяков. С увеличением объема работы в начале XVI века дьякам для письма придавались чиновники поменьше — подьячие, работавшие в особом помещении — «избе» — канцелярии. С середины XVI века «избы-канцелярии» были преобразованы в постоянно действующие государственные учреждения — приказы. Самым старым приказом, впервые упоминаемым в 1512 году, был Казенный приказ, возглавляемый казначеем и печатником — хранителем «большой государственной печати». Казенный приказ ведал дипломатическими отношениями государства, поместными, ямскими и холопьими делами. В начале XVI века у казначея и печатника появились помощники — поместный, ямской и посольский дьяки. В Боярской Думе была создана Посольская изба. Позднее, с увеличением объема работ, были образованы Поместный, Ямской и Холопий приказы. В 1533 году начал работать Приказ большого прихода, ведавший сбором налогов и таможенных пошлин. В 1549 году Посольская изба была преобразована в Посольский приказ. Тогда же для контроля за деятельностью всех остальных приказов был создан Приказ тайных дел, в штате которого в течение всего XVI века был тайный дьяк и не более 6–7 подьячих. Местное управление в царстве осуществляли наместники и тиуны.
В январе 1547 года Иван Грозный изменил титул великого князя на царя и установил в России новую форму правления — самодержавную. Московское княжество стало царством. Управление страной осуществляли царь и Боярская Дума — высший законодательный орган, — утвердившая в 1550 году Судебник. Боярской Думе подчинялись все приказы и все местное управление царства, она руководила армией, вела все земельные дела, проводила переговоры с иностранными послами. После принятия Иваном Грозным титула царя в Боярской Думе появилась «комната» — «ближняя дума», состоявшая из нескольких наиболее верных царю людей, вместе с царем решавших важнейшие государственные дела. Тогда же стала действовать «Избранная рада» — неофициальный царский совет, состоявший из А. Адашева, А. Сильвестра, князей Курбского и Курлятева. Периодически созывались «земские соборы» — всероссийские собрания, состоявшие из Боярской Думы, элиты духовенства, представителей дворянства и посадского населения, принимавших решения по важнейшим вопросам внутренней и внешней политики государства.
Бывший посол Англии в России при царе Федоре Иоанновиче Джильс Флетчер в своей книге «О государстве Русском», изданной в 1591 году в Лондоне, писал:
«Что касается до главных пунктов или статей, входящих в состав самодержавного правления (как-то издания и уничтожения законов, определения правительственных лиц, права объявлять войну и заключать союзы с иностранными державами, и права казнить и миловать, с правом изменять решения по делам гражданским и уголовным, то все они так безусловно принадлежат царю и состоящей под ним Думе, что его можно назвать как верховным правителем, так и самим исполнителем в отношении ко всем исчисленным предметам… Принадлежащие к собственному и тайному совету Царя (именно те, которые ежедневно находятся при нем для совещания по делам государства) носят прибавочный титул думных и называются думными боярами, а собрание их, или заседание, Боярской Думой.
Во-вторых, что касается до общественных и правительственных должностей в государстве, то здесь нет ни одного наследственного звания, как бы ни было оно высоко или низко, и напротив, определение к той или другой должности зависит непосредственно от самого царя, так что даже дьяки в каждом главном городе большею частью назначаются им самим».
Великий русский историк В. О. Ключевский в своей работе «Сказания иностранцев о Московском государстве» писал: