Как и все апостолы, Иоанн и Иаков долго не понимали подлинного смысла служения Господа Иисуса. «Не знаете, какого вы духа, — говорил Он им, — ибо Сын Человеческий пришел не губить души человеческие, а спасать». Но они до последней минуты не хотели расставаться со своими честолюбивыми мечтами. Даже тогда, когда Господь приближался к Иерусалиму и вместе с тем к концу Своей земной жизни, даже после Его слов о близкой муке и смерти они надеялись, что Учитель вступит в град Давида как завоеватель, как будущий царь, поднимающий знамя восстания! Иоанн и Иаков уже делили между собой место «у царского трона» и вместе со своей матерью Саломией просили Иисуса посадить их по правую и по левую руку от Себя, когда Он будет царствовать «в славе». Братьям и матери их Саломии Иисус Христос ответил: «Не знаете, что просите. Можете ли пить чашу, которую Я буду пить, или креститься крещением, которым Я крещусь?» «Можем», — отвечали простодушные рыбаки. Господь взглянул на них и, провидя будущее, сказал: «Чашу Мою будете пить и крещением, которым Я крещусь, будете креститься, но дать сесть у Меня по правую и по левую сторону не от Меня зависит, но кому уготовано Отцом Моим» (Мф 20; Мк 10). А когда другие ученики зароптали, Иисус Христос преподал им всем великое наставление, сказав, что тот, кто хочет быть среди них первым, должен быть для всех слугой.
На всю жизнь неизгладимо запечатлелись в памяти Иоанна картины последних дней Учителя: торжественный въезд в Иерусалим при радостных криках толпы; греки, которые пришли, чтобы увидеть Иисуса; последние беседы Господа, Его прощальные наставления ученикам. Во время Тайной Вечери юноша склонился к груди Иисуса, полный неизъяснимого чувства любви и благоговения. Быть может, эти минуты, когда он приник к сердцу Богочеловека, были для него самыми блаженными во всей его жизни.
Но вот «Поражен Пастырь, и рассеялись овцы». Обуреваемые страхом, бегут ученики в страшную ночь предательства из сада Гефси-манского. Однако, как только прошел первый испуг, Иоанн вместе с Петром спешит к дому первосвященника Анны. Сын Ионы остался во дворе среди слуг, а Иоанн, которого знали у первосвященника, сумел пройти внутрь. Там он слышал допрос архиерея, исполненный достоинства ответ Христа, удар по щеке, нанесенный Иисусу архиерейским слугою...
Из всех учеников Иоанн один лишь осмелился вместе с женщинами подняться на Голгофу. И, стоя у креста, он услышал слова Господа: «Се Мати твоя». Отныне он становится хранителем и попечителем скорбящей Матери Божией... Проходит томительная суббота. Вместе с другими Иоанн погружен в молчаливое отчаяние. Для юной души Голгофские события были слишком большим испытанием. Но как велика была скорбь, так велика была и пришедшая радость. Господь восстал от гроба и повелел Своим ученикам «идти и научить все народы, крестя их во имя Отца и Сына и Святого Духа».
После Пятидесятницы Иоанн некоторое время жил в Иерусалиме. В эти дни он был неразлучен с Петром. Они вместе посещали храм, вместе проповедовали имя Иисусово. Когда после исцеления хромого у Красных врат храма (Деян 3.2) иерусалимские власти арестовали их, они, представ перед судилищем, смело отказались подчиниться приказу прекратить проповедь. «Справедливо ли перед Богом — слушать вас более, нежели Бога? — спросили они своих судей. — Мы не можем не говорить того, что видели и слышали». Вместе со всей Иерусалимской Церковью Иоанн пережил страшные дни гонений, начавшихся убийством архидиакона первомученика Стефана; вместе с нею он с радостью принял весть о том, что их гонителю Савлу явился Господь и что из гонителя он стал апостолом. Однако, когда новообращенный Павел прибыл в Иерусалим, Иоанна там уже не было (Гал 1.19). Вероятнее всего, он предпринял миссионерское путешествие по окрестным местам, как это делал и Петр, «обходя всех» (Деян 9.32). Это был период, когда христианские общины одна за другой стали появляться во многих городах Востока: в Дамаске, Яффе, Лидде, Кесарии, Антиохии. Вероятно, имя Христа прозвучало уже и в Риме, вызывая споры и волнения среди иудеев (Светоний, Жизнь двенадцати цезарей, Божественный Клавдий, XXV). Первоначально церкви создавались евреями и прозелитами. Но после того как Петр крестил сотника
Корнилия, начался приток язычников в Церковь. Большинство христиан из иудеев полагало в то время, что для вступления в Церковь необходимо принять иудейскую религию вместе со всеми вытекающими из этого обязанностями. Павел первый выразил ту мысль, что с наступлением Нового Завета ветхозаветные обрядовые учреждения теряют свой обязательный характер. Сподвижниками Павла в созидании новой «Церкви язычников» были Иосия-Варнава и Марк.