После возвращения на Балтику он некоторое время командует корабельным соединением. Затем Лазарев принял активное участие в работе Комитета образования флота по выработке новых штатов вооружения и запасов военных судов, а также по созданию нового положения об управлении Черноморским флотом. При этом работа в Комитете не снимала с адмирала командования отдельным отрядом судов, с которым он совершал плавания в Балтийском море и Ботническом заливе.
17 февраля 1832 года контр-адмирал Лазарев назначается начальником штаба Черноморского флота. Его деятельность в этой должности началась с командования объединенной эскадрой Черного моря, в ходе которой он проявил незаурядные качества дипломата при оказании помощи турецкому султану в борьбе с восставшим против Порты египетским пашой Мухаммедом-Али. Последний, разгромив главные силы турецкой армии, приближался к Стамбулу и был остановлен благодаря высадке с лазаревской эскадры в Скутари русского десантного корпуса. Фактически Черноморский флот под командованием М.П. Лазарева с десантным корпусом Н.Н. Муравьева явились в 1833 году спасителями грозившей рухнуть Оттоманской империи. Адмирал принял участие и в подготовке заключенного тогда же Ункяр-Искелесийского договора, согласно которому Турция предоставила России право свободного прохода проливов, запретив кораблям всех других стран входить в Черное море.
2 апреля 1833 года Лазарев производится в вице-адмиралы, через 3 месяца становится генерал-адъютантом, а еще через месяц Высочайшим указом назначается «исправляющим должность» главного командира Черноморского флота и портов, николаевского и севастопольского губернатора. В том же году Лазарев награждается орденом Святого Владимира 2-й степени, а 31 декабря 1834 года утверждается в занимаемых им должностях. Взлет карьеры адмирала стремителен!
Из высказываний Истомина: «Для всех носивших морской мундир Лазарев казался божеством».
Из высказываний Нахимова: «За год пребывания Лазарева в Черноморском флоте команды кораблей научились выполнять сложные операции с парусами менее чем за 3 минуты вместе прежних 17-ти минут. Матрос есть главный двигатель на корабле, а мы только пружины, которые на него действуют».
Интересно, почему наши историки всегда с завидным упорством приписывают последнюю фразу Нахимову, в то время как он сам указал ее истинного автора?
Дальнейшая эпоха в истории Черноморского флота, включая Севастопольскую оборону 1854–1855 годов, по справедливости называется Лазаревской.
Неутомимый работник, настойчивый в достижении цели, преданный морскому делу, Лазарев и в своих офицерах умел вызвать те же чувства и стремления. Сам в душе спортсмен, прекрасно управлявшийся под парусами, он обратил внимание на развитие в личном составе здорового духа соревнования в работе, учениях и в особенности управлении судами. Пользуясь каждым выходом флота в море на эволюции, Лазарев обыкновенно заканчивал их гонкой судов, невзирая на ранги. Эта система постоянных состязаний во многом способствовала развитию любви и гордости за свой корабль.
Черноморский флот в 30—40-е годы нес крейсерскую службу у берегов Кавказа, срывал контрабандные перевозки англичан и турок для горцев, перебрасывал свои войска, доставлял им различные грузы, поддерживал огнем корабельной артиллерии, высаживал морские десанты.
Постепенное занятие кавказской береговой линии дало Черноморскому флоту богатый опыт в производстве совместных действий с армией. В экспедициях по занятию береговых пунктов Кавказа, руководимых лично командующим, проверялась боевая готовность флота, посадка войск на суда, организация высадки, результатом чего и явился план десантной операции Лазарева на Босфор в декабре 1852 года, уже после смерти адмирала принятый Николаем I за основу плана военных действий против Турции. Насколько подготовленным к десантным операциям был в то время Черноморский флот, наглядно показала перевозка 13-й пехотной дивизии осенью 1853 года. Доживи Лазарев до Крымской войны, он обязательно настоял бы на Босфорской операции. Авторитета бы и настойчивости у него хватило. Вне сомнений, что этим он смог бы спасти Севастополь и изменить весь ход Крымской войны.
10 октября 1843 года Лазарев за отличие был произведен в полные адмиралы. Он был награжден всеми существовавшими орденами Российской империи, в том числе и высшей степенью отличия – орденом Святого Андрея Первозванного.
В период командования Лазаревым Черноморский флот, как в технике судостроения, так и в организации службы, шел впереди Балтийского, лишенного единой власти. Все штаты, положения, судовые расписания, всякое новое слово в подготовке и обучении флота шло из Севастополя.