Поскольку всю деятельность по пропаганде советского образа жизни планировалось вести через Всесоюзное общество культурной связи с заграницей, ничто не говорило о том, что в полпредстве предполагали, что Эстония скоро перестанет быть “заграницей”. Власюк подчеркивал: “Тов. Жданов в разговоре, который я с ним имел, заметил, что ВОКСу незачем разбрасываться с мероприятиями в странах, где нельзя получить такого результата, какой мы получим в прибалтийских странах в связи с изменившейся политической обстановкой. Поэтому на прибалтийские страны в целом и в особенности на Эстонию ВОКСу необходимо обратить основное внимание”.
Новые правительства пользовались широкой поддержкой в народе. Комиссия АН ЭССР в своем докладе 1989 года, цель которого состояла в том, чтобы обосновать “противозаконность” вступления Эстонии в СССР, всё же признала, что “большая часть народа Эстонии по различным причинам приветствовала новое правительство: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций”.
Тем временем бывшие диктаторы Латвии и Эстонии, всё еще занимавшие свои посты, не оставляли попыток спасти себя. Позже в газете “Линна тетая” от 21 октября 1941 года видный деятель германской оккупационной администрации Я. Мяэ писал: “26 июня прошлого года меня вызвал к себе Константин Пятс и сделал предложение поехать в Германию и просить у правительства германского государства помощи, чтобы спасти то, что ещё возможно. Но было уже поздно, и поэтому я не смог ничего сделать”. Советское правительство могло знать об этих и подобных им действиях властей в Эстонии и Латвии, а поэтому оно желало положить им конец.
Необходимость пересмотра прежней политики в Прибалтике могла возникнуть у советского руководства и под влиянием других внутриполитических событий в трех республиках. Коммунисты Эстонии, Латвии и Литвы энергично выражали свое неудовлетворение тем, что они были отстранены от участия в формировании правительств, а их представительство в новых кабинетах было ограниченным. Они ссылались на свою способность руководить широкими массами политически активного населения, что проявилось в ходе бурных июньских событий, и утверждали, что эти события явились началом глубоких революционных изменений, которые неизбежно увенчаются победой советской социалистической революции.
Как отмечалось в “Истории Литовской ССР”, после 25 июня лозунги “Да здравствует Советская Социалистическая Литва!”, “Да здравствует Литва — 13-я Советская Социалистическая Республика” печатались во всех воззваниях ЦК Компартии Литвы.
Вероятно, эти события привели к отказу советского руководства от осуждения лозунгов “советской Прибалтики” и поддержке требований компартий Эстонии, Латвии, Литвы. Очевидно, что Советскому правительству было гораздо легче договариваться со своими идейными единомышленниками, чем с представителями других партий. В этом советское руководство могло убедиться в ходе своих переговоров с новыми министрами Прибалтики.
После беседы с В. М. Молотовым 30 июня министр иностранных дел Литвы В. Креве-Мицкевичус жаловался, что нарком убеждал его, чтобы Литва вступила в СССР. Если Креве-Мицкевичус верно воспроизвел содержание беседы, то такое заявление Молотова означало резкий поворот в политике, которую еще несколько дней назад проводил Наркомат иностранных дел СССР в Прибалтике (как это следовало из письма полпреда в Эстонии К. П. Никитина от 26 июня) под контролем А. А. Жданова и А. Я. Вышинского. Однако так как официальных записей этой беседы Креве-Мицкевичуса с Молотовым не обнародовано, то неоспоримо по крайней мере одно: полного взаимопонимания между главами двух внешнеполитических ведомств не было достигнуто, ибо по возвращении в Вильнюс литовский министр подал в отставку (правда, её не приняли). Вскоре подал в отставку и бежал в Германию последний член бывшего сметоновского правительства — министр финансов Э. Галванаускас.
В это время в Прибалтике начались многочисленные увольнения людей прежних администраций с государственных постов. К 19 июля в Литве были отстранены от работы 11 из 12 мэров городов, 19 из 23 мэров поселков городского типа, 175 из 261 члена уездной администрации. Была ликвидирована организация шаулисов.