С одной стороны, правительства Прибалтийских стран прекрасно понимали значение развившихся хозяйственных контактов с СССР. Экономическое соглашение между Эстонией и СССР, заключенное одновременно с пактом о взаимопомощи, открывало путь для выхода этой прибалтийской страны из кризисной ситуации, возникшей после 1 сентября 1939 года, когда оказались прерванными связи с Англией. Как свидетельствует справка комиссии АН ЭССР 1989 года по оценке событий, имевших место в Эстонии в 1940 году, “нехватку сырья удалось в известной степени преодолеть благодаря торговому договору, заключенному с Советским Союзом… К весне 1940 года занятость (в крупной и средней промышленности было 66 200 работников) достигла самого высокого уровня за всю историю Эстонской республики. В 1939-1940 годах реальная заработная плата по сравнению с 1927-1931 годами поднялась на 23 процента”.
С другой стороны, литовский министр иностранных дел Урбшис сообщил журналистам: “Политика нейтралитета, мира и пактов взаимопомощи предохранила от вовлечения нас в войну и от оккупации чужой властью, но политика не означает, что мир и спокойная жизнь являются нашей единственной целью, что мы хотим их сохранить любой ценой. Проводимая до сих пор наша мирная политика годится только настолько, насколько она помогает нам сохранить свою самостоятельность и независимость, но если над нашими странами накопятся угрозы, то каждый из нас (без колебаний) отдаст на борьбу все свои силы, чтобы сохранить свободы страны и народа”.
Источником этой “угрозы” по-прежнему виделся СССР. В информационном письме полпредства СССР в Латвии в НКИД от 23 марта 1940 года говорилось, что заключение пактов о взаимопомощи рассматривалось министрами лишь “как вынужденная политика на время войны”. По сведениям полпредства, не прекращались “постоянные намёки руководителей этих стран на угрозу их свободе и независимости со стороны СССР”, целенаправленно осуществлялось “проведение разнузданной антисоветской агитации среди населения, армии, айзсаргов и в школах”.
Характеризуя антисоветскую направленность внешней политики прибалтийских правительств, американские историки прибалтийского происхождения Р. Мисиунас и Р. Таагепера в своем исследовании, изданном в США, писали: “Вероятно, руководящие круги в Риге и Каунасе разделяли убеждение эстонского президента Пятса в неизбежности германо-советского столкновения к концу 1940 года. Такое мышление убеждало в правильности упрямства по отношению к СССР. Это также требовало усилий, направленных на постепенное усиление германской ставки в этом регионе в качестве противовеса. Такая политика отражалась в росте торговли с рейхом… Между декабрем 1939 года и апрелем 1940 года все три государства заключили торговые соглашения, в соответствии с которыми Германия должна была закупать около 70 процентов всего балтийского экспорта”.
Воспользовавшись этой политической ситуацией, Германия стала вновь укреплять свои позиции в Прибалтике. На секретном совещании начальников генеральных штабов армий Прибалтийских государств, на котором обсуждались вопросы боеспособности Красной Армии и общей политики в отношении советских войск в Прибалтике, присутствовал германский военный атташе в Эстонии.
В мае 1940 года в Эстонию в очередной раз прибыл доктор Клее, имевший инструкции от Кейтеля. Он встретился с министром внутренних дел Эстонии Юримаа. По словам присутствовавшего на этой встрече начальника политической полиции Эстонии Соомана, “Клее заявил, что Германия скоро начнет войну с Советским Союзом, о чем Гитлер неоднократно заявляет в партийных и военных кругах”.
Немецкая разведка развернула активную работу против СССР. Объектами ее разработки стали советские военные части, размещённые в Прибалтике. Осуществлялась засылка из Прибалтики немецких шпионско-диверсионных групп на советскую территорию.
Тем временем правящие круги прибалтийских стран стали обсуждать вопрос об организационном оформлении антисоветского военного сотрудничества. Эстонская газета “Пяевалехт” писала: “Возникает вопрос, не следует ли уже теперь приступить к дополнению договора о сотрудничестве прибалтийских государств статьями о военной помощи, с тем чтобы зафиксировать уже фактически сложившееся положение”. Хотя СССР предлагал оружие странам Прибалтики на льготных условиях, военная техника и снаряжение закупались в Германии. Правительства прибалтийских стран стали на путь саботажа договоров с СССР. Обсуждая эстонско-советский договор, председатель Государственной думы Эстонии Улуотс заявил: “Мы должны сделать его возможно более жидким”.