В начале шестидесятых годов Дейнекин летает на Ту-104 в Ленинградском объединенном авиаотряде гражданской авиации. Тогда военных летчиков посылали для летной практики в “Аэрофлот”. Кабины “Туполевых” очень похожи, а налет за месяц у гражданских пилотов больше, чем у военных за год. Позже Петр Степанович возвращается в армию, заканчивает академию имени Ю. А. Гагарина. Его назначают командовать полком специального назначения, в котором в годы Великой Отечественной войны получили звания Героев Советского Союза двадцать девять человек — случай в истории Вооруженных сил уникальный. Впоследствии Дейнекину довелось командовать полком, получившим дальние сверхзвуковые бомбардировщики-ракетоносцы Tу-22M2, названные американцами “бэкфайер” (“задний огонь”). Когда они взлетали на форсаже, за ними метров на десять тянулось пламя — отсюда и такое название. Самолеты были страшно секретными. Даже принимать их летчики ездили в гражданской одежде.
Дейнекину посчастливилось осваивать новый ракетоносец Ту-160. На нем он будучи главкомом ВВС возглавлял юбилейный воздушный парад в небе Москвы на 50-летие Победы 9 мая 1995 года. Вместе с ним в кабине самолета был полковник Анатолий Жихарев. В тот день, впервые за последние десятилетия, над Москвой были показаны возможности современной российской авиации. В тот день ему пришлось трижды выполнить полеты: с авиабазы Энгельс до Москвы, обратно до Энгельса и вновь вернуться в столицу.
Невосполнимый удар по всей нашей армии нанес развал Советского Союза. Были заморожены и полностью прекращены программы развития нашей авиации, ее модернизация. Фактическая остановка создания новых самолетов, отток талантливой молодежи из оборонной промышленности привели к тому, что прервалась преемственность поколений. Изменились приоритеты не только в политике государства, но и в умах людей. Профессии летчика, инженера, конструктора так называемые реформы сделали малопривлекательными. Начался отток молодых людей за границу. Да и сами границы претерпели значительные изменения. То, что раньше было единой державой, в одночасье стало аморфным образованием под названием СНГ. Каждая республика взяла суверенитета столько, сколько могла проглотить. Появились независимые, самостоятельные государства, которые взяли под свой контроль всю военную инфраструктуру, боевую технику, находящуюся на тот момент на ее территории. Военным было предложено самим выбирать себе место службы.
По Лиссабонскому соглашению, Украине запрещалось иметь стратегические ядерные силы. Но передислокацию самолетов в Рязань и Энгельс командир дивизии стратегической авиации генерал-майор Михаил Башкиров саботировал. Он принял украинскую присягу и, выслуживаясь перед националистами, сделал так, чтобы самолеты не смогли подняться в воздух. Вскоре в Полтаву прилетел главком ВВС России Дейнекин.
В советские времена на западе Советского Союза были собраны лучшие самолеты нашей авиации. Двести самолетов Ил-76, двадцать воздушных топливозаправщиков Ил-78, двадцать стратегических бомбардировщиков Ту-95МС и столько же стратегических ракетоносцев Ту-160 с крылатыми ракетами Х-55 и ядерными зарядами к ним. Разговаривая перед телекамерами со своим бывшим командиром, генерал Башкиров демонстрировал свою “незалежность”: несмотря на распоряжение главкома, он отказался собрать в клубе боевых летчиков. Когда Башкиров, под прицелами нескольких телекамер, попытался воспрепятствовать встрече, Дейнекин публично и жестко указал своему бывшему подчиненному на дверь.
— Когда я командовал дальней авиацией, — скажет через много лет Дейнекин, — среди десяти командиров дивизий были генералы Башкиров, Гребенников и Дудаев. Все они были блестящими летчиками и толковыми командирами. Разрыв с каждым из них — настоящая драма. В начале восьмидесятых Владимир Гребенников первым и единственным за всю историю дальней авиации в мирное время был награжден орденом Ленина. А судили его за катастрофу трех истребителей Су-27 и гибель четырех летчиков пилотажной группы “Русские витязи”. В декабре 1995 года, при возвращении домой с аэрошоу на малазийском острове Лангкави, генерал Гребенников был лидером за штурвалом самолета Ил-76, он в условиях грозовой деятельности завел группу в горы южнее вьетнамского аэродрома Камрань.
На суд, среди прочих свидетелей, вызывали и главкома ВВС Дейнекина. Когда судья спросил, доверил бы Дейнекин вновь сопровождать самолеты Гребенникову, Петр Степанович ответил, что, конечно бы, доверил.
— Я знаю Гребенникова как классного летчика. То, что произошло в том полете — горький урок не только для него, но и для всех нас. Бывают ошибки, никто от них не застрахован. На них мы учимся, поскольку вся история авиации написана кровью.
Не раз вспоминался главкому и командир дивизии генерал Джохар Дудаев. Пётр Степанович рассказывал о своей первой встрече с ним.