В мае 1995 года, находясь с визитом в Финляндии, Константинопольский Патриарх Варфоломей передал обращение к “возлюбленным чадам” в соседней Эстонии. В нем Варфоломей призвал верующих к “скорейшему возрождению Эстонской автономной Православной Церкви в непосредственном общении с… Вселенским Патриархатом”. Развивая эту идею, Константинопольский Патриарх, в частности, пишет: “…Даже если бы воспоминания о советском периоде могли в будущем изгладиться из памяти, мы хорошо знаем, что размеры и мощь русского гиганта будут казаться Эстонии угрожающими. Поэтому мы понимаем некоторые имевшиеся опасения, что если вы, православные эстонцы, будете продолжать находиться в зависимости от Русского Патриархата, то вас будут считать чуждыми эстонскому обществу и даже сотрудниками опасного соседа”.
Здесь содержатся прямые выпады в адрес РПЦ, присутствие которой в Эстонии называется “последним остатком сталинской тирании”. Особенно гнетущее впечатление производит то, что Константинопольский Патриарх не стесняется открыто сеять вражду и недоверие между государствами и народами этих стран, называя Россию “опасным соседом” для Эстонии и полагая естественным, что население этой страны должно считать православных граждан Эстонии, не желающих изменять юрисдикционную принадлежность, “чуждыми эстонскому обществу”.
Этот шаг еще более обострил противостояние в церковной жизни страны. Неоднократные увещания со стороны Московского Патриархата не возымели своего действия на Варфоломея. Нельзя не отметить явной, не соответствующей соборному духу Православия тенденции Константинопольской Патриархии к единовластному решению церковных проблем, при полном отстранении от этого процесса остальных поместных церквей, имеющих своих верующих в этих регионах.
Сознавая, что создавшееся опасное положение угрожает церковному миру, Московский Патриархат трижды направлял в Константинополь для ведения переговоров своих официальных представителей, а также принимал в Москве делегацию представителей Константинопольского Патриархата.
Тем не менее 20 февраля 1996 года в Константинополе принимают решение о создании Эстонской Апостольской Православной Церкви в юрисдикции Константинопольского Патриархата, которое в течение двух дней хранится в тайне. Русская Церковь узнает об этом из эстонских и финских СМИ.
На заседании 22 февраля 1996 года члены Священного Синода РПЦ постановили “признать планируемые действия Константинопольской Патриархии по отношению к православным общинам Эстонии антиканонической акцией, ведущей к возможному прекращению евхаристического общения между двумя нашими Церквами…”. Было решено направить срочную телеграмму Константинопольскому Патриарху Варфоломею, в которой выражался решительный протест.
Вскоре после прекращения общения между Русской и Константинопольской Церквами к их предстоятелям обратились главы Православных Церквей и другие церковные деятели с просьбой о скорейшем преодолении раскола.
В конечном счете к концу 1996 года тяжелейший в истории Православной Церкви конфликт, не раз именовавшийся в прессе “расколом”, был разрешен компромиссом — Русская и Константинопольская Православные Церкви согласились на существование церквей, принадлежащих двум юрисдикциям на территории Эстонского государства, что не соответствует ни нормам церковного права, ни исторической справедливости. Однако этот компромисс оказался лишь частичным решением острого конфликта.
Остался нерешенным главный вопрос: кому же принадлежат права собственности на историческое церковное имущество? За прошедшие годы представители Московского и Константинопольского Патриархатов неоднократно встречались и договаривались “о совместных усилиях по урегулированию имущественного вопроса”. Но результатов эти усилия не приносили.
Время от времени Церкви Московского Патриархата удавалось достичь компромиссов с эстонскими властями. Несомненной удачей можно считать получение гражданской регистрации Александро-Невского собора в Таллине. Он приобрел право юридического лица и особое покровительство Патриарха Московского и всея Руси, став ставропигиальным, то есть подчиняющимся напрямую Московскому Патриарху. Собор стал канонической частью Московского Патриархата на территории Эстонии, обладающей правами автономии (самостоятельности).
Лишь в апреле 2002 года, после прихода к власти нового эстонского президента А. Рюйтеля, под давлением эстонских парламентариев и предпринимателей состоялась регистрация Устава Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата, которая не имела легального статуса на протяжении 9 лет.