Сталин ценил Берию за роль в атомном и водородном проектах, но давал понять, что в любой момент может легко от него избавиться. В ноябре 1951 года был арестован ряд руководителей Грузии, ранее близких к Берии, которых обвинили в создании «мингрело-националистической группы». Комиссию ЦК, приехавшую в Грузию снимать с должности министра юстиции республики Авксентия Рапаву, секретаря ЦК Барамию и других членов группы, возглавлял Берия. Сталин устроил ему еще одну проверку: как-то Лаврентий будет сажать своих ставленников. Тогда же арестовали племянника Лаврентия Павловича Теймураза Шавдию, который в начале войны попал в плен, записался в грузинский легион СС, а потом дезертировал оттуда и сражался в рядах французских партизан. Шавдии дали 25 лет за измену Родине, и дядя ничем не сумел ему помочь. Но Берию Сталин не тронул. Более того, в феврале 1952 года Лаврентий Павлович укрепил свое положение, когда близкие к нему В. С. Рясной и С. А. Гоглидзе стали заместителями министра госбезопасности партаппаратчика С. Д. Игнатьева.
В марте 1953-го внезапно скончался Сталин. К власти в стране на короткое время пришло коллективное руководство в составе формального преемника Сталина Г. М. Маленкова, назначенного председателем Совета Министров, Н. С. Хрущева, возглавившего работу Секретариата ЦК, и двух первых заместителей председателя правительства — В. М. Молотова, занявшего также пост министра иностранных дел, и Л. П. Берии, ставшего лидером МВД, поглотившего МГБ. Берию и Маленкова ранее связывали дружеские отношения. В первые месяцы после смерти Сталина их блок противостоял блоку двух других членов правящей четверки — Хрущева и Молотова. Берии с помощью Маленкова удалось провести реабилитацию осужденных по «делу врачей», по «делу о вредительстве в авиационной промышленности» в 1946 году, по «делу работников Главного артиллерийского управления» в 1951-м. Все эти дела были в свое время инспирированы противниками Маленкова и Берии. В записке, предлагавшей реабилитировать главного маршала авиации А. А. Новикова, А. Н. Шахурина и других руководителей авиационной промышленности, Берия указал, что у арестованных выбили заявления, в которых делалась попытка «оклеветать тов. Маленкова». Реабилитирован был и брат Лазаря Моисеевича Кагановича — Михаил, бывший нарком авиапромышленности, покончивший с собой после обвинений в заговоре с целью установления в СССР фашистского правительства! Лаврентий Павлович также предложил реабилитировать членов Еврейского антифашистского комитета. Он установил, что известный режиссер Соломон Михоэлс не погиб под колесами грузовика в Минске в 1948 году, а был убит офицерами МГБ по приказу тогдашнего министра госбезопасности В. С. Абакумова, действовавшего, несомненно, по поручению Сталина. Берия предложил Президиуму ЦК лишить участников преступления полученных за это орденов и отдать под суд. Глава МВД арестовал бывшего своего ставленника Л. Ф. Цанаву, в качестве министра госбезопасности Белоруссии непосредственно организовавшего покушение на Михоэлса. Уже после падения Берии Президиум ограничился тем, что отнял у убийц ордена. Цанава же скончался во время следствия, которое обвиняло его уже… в участии в заговоре Берии!
Лаврентий Павлович направил предложение провести широкую амнистию заключенных, принятое Президиумом ЦК. 27 марта 1953 года был издан указ, подписанный председателем Президиума Верховного Совета СССР К. Е. Ворошиловым, поэтому в народе амнистия 1953 года называлась «ворошиловской». Из 2 526 402 заключенных и подследственных, находившихся в тюрьмах и лагерях, подлежало освобождению 1 181 264 человека, не представлявших особой общественной опасности. В их число входили лица, осужденные на пять и менее лет, на больший срок за должностные, хозяйственные и воинские преступления, пожилые и больные заключенные, беременные и женщины, имеющие детей в возрасте до 10 лет, а также несовершеннолетние. Берия предлагал еще более широкую амнистию, которая затронула бы большинство политических заключенных (со сроком обычно не меньше восьми лет), но коллеги по Президиуму ЦК его не поддержали. Одновременно Лаврентий Павлович добился отмены ограничений на прописку в большинстве городов и пограничных местностей. Кроме закрытых военно-промышленных городов режимными остались Москва, Ленинград, Владивосток, Севастополь и Кронштадт. Делалось это для того, чтобы амнистированные вернулись в родные края и могли легче адаптироваться к жизни на воле. Берия подчеркивал: «Установленные ограничения для свободного перемещения и проживания на территории СССР вызывают справедливое нарекание со стороны граждан. Следует отметить, что такой практики паспортных ограничений не существует ни в одной стране. Во многих капиталистических странах — США, Англии, Канаде, Финляндии и Швеции — у населения паспортов вообще не имеется, о судимости никаких отметок в личных документах граждан не делается».