Из всех возможных решений Александр выбрал то, которое более всего соответствовало его натуре. Он не потребовал от Наполеона никаких обязательств (например, не расчленять Австрии, не восстанавливать Польши), а просто решил имитировать участие в войне.
Австрия выставила на поле боя армию, реорганизованную на французский манер и полную энтузиазма. Эрцгерцог Карл планировал пересечь границу, вторгнуться в Германию и разгромить находившиеся там французские войска до прихода основных сил Наполеона. Австрийцы рассчитывали и на восстание в Германии.
Наполеон принял командование армией. Предаваясь своей военной страсти, он мог на время отвлечься от кропотливых усилий дипломатии и многогранных трудов политики. Воин по натуре, он воспламенялся от одного вида своих войск. Наполеон принял вызов Габсбургов и решил воевать до полной победы.
Утром 20 апреля он атаковал неприятеля при Абенсберге, городе в Нижней Баварии, и разгромил его в серии боев. Австрийцы были отброшены к Ландсхуту, и город был взят штурмом. Победа при Экмюле дала имя новому титулу маршала Даву. Французы двинулись на Ратисбон, куда эрцгерцог Карл стянул свои войска. Австриец не мог принять сражение перед городом, имея в тылу реку Дунай, и рассчитывал на сильные средневековые укрепления.
Наполеон приказал пробить брешь в стене огнем орудий. Он сел на лошадь и приблизился к городу. Здесь он получил ранение в голень правой ноги.
Солдаты тут же узнали об этом и окружили императора. Наскоро перевязав ногу, он сел на лошадь и объехал войска под их приветственные крики. Он произвел награждение крестами Почетного легиона. Хирург сделал перевязку, и император галопом помчался к солдатам Даву, где продолжал награждать отличившихся бойцов.
Артиллерия пробила бреши в крепостных стенах, и французы бросились на штурм. Они проникли в город, охваченный пламенем. Эрцгерцог Карл отступал в Богемию. Дорога на Вену была открыта.
Австрийцы дерзнули бросить вызов Наполеону, но терпели полное бедствие. Начиная кампанию во имя свободы и независимости, они уповали на свои как никогда многочисленные войска, их великолепное оснащение, хорошую подготовку солдат и их высокий боевой дух. Ни один из этих факторов не позволил им победить Наполеона — его солдаты и командиры являли чудеса героизма и самопожертвования и вновь полностью превзошли неприятеля. Союзники французов — баварцы и вюртембержцы — оказывали требуемое содействие. Однако армия Наполеона торжествовала в основном там, где император присутствовал лично. На других фронтах войны — в Тироле, в Италии, в Польше — австрийцы наступали и имели некоторый успех.
В первых сражениях с армией Наполеона австрийцы понесли огромные потери убитыми, ранеными и пленными. Они запросили перемирия, но император его отверг, планируя полный разгром вооруженных сил монархии Габсбургов.
Несмотря на очевидные затруднения в Испании и необходимость воевать и держать корпуса в разных странах Европы, Наполеон не отказался от планов мирового доминирования и своей ключевой мысли: добиться мира и спокойствия на континенте и затем нанести англичанам многочисленные удары, вытесняя их отовсюду — из Сицилии, из Африки, из Восточной и Западной Индии. Он держал Египет под прицелом, планируя новую экспедицию, и возлагал большие надежды на свои силы в Средиземном море. Гибель флота при Трафальгаре вовсе не похоронила его проекты по строительству боевых кораблей: он имел достаточно средств для их реализации и к 1809 году достиг значительного прогресса в этой области. На верфях Франции, Бельгии и Голландии были построены новые суда, которые теперь могли быть использованы в разных точках земного шара и для различных целей. Наполеон вновь и вновь возвращался к идее высадки в Англии. Были и иные угрозы, вызывавшие огромное беспокойство британцев. Французы сосредоточили боевые корабли на рейде острова Экс в районе порта Рошфор и теперь могли тревожить вражеские коммуникации с Португалией. Английская торговля была ограничена континентальной системой Наполеона, но оставалась очень активной в Вест-Индии. Военно-морской флот империи французов вновь был в силах делать то, что удавалось в 1805 году адмиралам Миссиесси и Вильнёву — атаковать британские поселения на островах Карибского бассейна, разрушать те, которыми нельзя завладеть, захватывать торговые суда.
Опасность возрастала, и в Британском адмиралтействе думали о способах защиты. Район базирования французских судов был очень неудобен для блокады, поскольку суровые условия Бискайского залива не позволяли флоту англичан занимать стабильное положение. Был разработан план атаки и уничтожения французских кораблей, дерзость которого заставила вспомнит о знаменитое нападение Фрэнсиса Дрейка на испанский порт Кадис. Выполнение операции поручили капитану лорду Томасу Кохрейну — моряку необыкновенного мужества и великому мастеру иррегулярных морских операций, хорошо рассчитанных диверсий, штурмов и абордажей.