Король венгерский Андрей подарил Ордену земли в Трансильвании с городами Крейцбургом и Кронштадтом, с обязательством защищать границу от набегов соседей. Орден, вступив во владение этими землями, скоро поссорился с королем и последний отобрал свой дар обратно. Более прочно Тевтонский орден обосновался в Германии (в Пруссии). Принявший христианство Мазовецкий князь Конрад в 1226 году предложил Ордену Кульмскую и Лебодскую земли за защиту Мазовии от язычников–пруссов. Получив от императора Фридриха II грамоту на владение землями Кульмской и Прусской, Гохмейсгер Герман Зальца решил перевести Орден на новые земли, и в 1228 году значительная часть тевтонских рыцарей под начальством Германа Балька пришла на Вислу. В Пруссии тогда шел спор между епископом Христианом и князем Мазовецким из‑за земель; тевтонские рыцари невольно были втянуты в эту борьбу и в 1231 году признали себя вассалами епископа, обязуясь передавать ему большую часть завоеванных ими земель. С этого момента началось постепенное заселение Пруссии немцами. Местные жители истреблялись поголовно и на их места привозились колонисты из Германии. Рыцари истребляли язычников за то, что те не христиане, а когда пруссы хотели креститься, тевтонские рыцари или утверждали, что они недостойны этого и все‑таки их истребляли, или же, если под рукой не было достаточного количества немецких колонистов, разрешали креститься, но обращали пруссов в рабство. Для укрепления своего там положения тевтонские рыцари строили города. Первым их укрепленным городом был Торн, построенный в 1231 году. Воспользовавшись тем, что их владыка епископ Христиан попал в плен, Тевтонские рыцари выхлопотали у Папы в 1234 году всю Кульмскую и Прусскую землю за обязательство платить дань лично Папе, который отныне сделался владетелем Тевтонского ордена.
В 1237 году Тевтонский орден соединился с Орденом Ливонским и был вовлечен в борьбу с Русью, окончившуюся разгромом рыцарей в 1242 году (Ледовитое побоище). Для Тевтонского ордена настали тяжелые времена Пруссы, столь им ранее угнетаемые, восстали против него. Епископ Христиан требовал обратно свои земли. Орден был спасен тем, что заключил союз с чешским королем Оттокаром. В 1260 году жестокость этих рыцарей вызвали вновь восстание против них. Восставшими лично руководил князь Миндовт. Пришедший на помощь союзник рыцарей чешский король Оттокар потерпел неудачу. Орден оказался на краю гибели… В это время на императорском престоле (австро–германском) оказался Император Рудольф Габсбург, по приказанию которого массы немецких рыцарей двинулись на помощь тевтонским рыцарям, в результате чего произошло полное и окончательное истребление пруссов. К концу XIII века Тевтонский орден владел громадными землями по обоим берегам Вислы и основал города Мариенбург, Гольдинген, Виндаву, Митаву и другие. В XIV веке Тевтонский орден обратился в отдельное немецкое государство. Цель, поставленная ордену еще Гохмейсгером Германом Зальца, оказалась достигнутой, и в 1309 году Гохмейстр Зигфрид Фейтхванген перенес свою резиденцию и главное управление Ордена из Венеции в Мариенбург.
XIV век — время наибольшего расцвета Тевтонского ордена, особенно в период управления им Гохмейстра фон–Книпроде (1351—1382) человека жестокого, но дальновидного и всецело преданного интересам Ордена.