В Петербурге к делу помощи раненым и больным солдатам пристроились разные великосветские ханжи и лицемерки, старавшиеся придать общине бюрократический и церковно-религиозный характер. Пирогов почувствовал новое веяние в руководящих указаниях из столицы и в целом ряде писем к жене сообщал для передачи великой княгине Елене Павловне, что если вздумают вводить в общине формально-религиозное направление, то получатся не сестры, а женские Тартюфы». Но когда из Петербурга пришло указание, что необходимо считаться с некоторыми лицами, Пирогов написал резкое письмо самой Елене Павловне. Жене он сообщал об этом: «Я высказал великой княгине всю правду. Шутить такими вещами я не намерен. Для виду делать только также не гожусь. Если выбор ее пал на меня, то она должна была знать, с кем имеет дело. Если хотят не быть, а только казаться, то пусть ищут другого, а я не перерожусь».
Тиф свирепствовал в госпиталях. Сам Пирогов, все сестры, все врачи его отряда переболели сыпным тифом, многие из них умерли.
Все они подвергались опасности от неприятельских снарядов во время переездов по городу, при работе в лазаретах, в квартирах, где проживали. Несколько раз возле Николая Ивановича разрывались бомбы. Но эти случаи не имели никакого влияния на его самочувствие и работоспособность. Когда врачи после небольшого ночного отдыха являлись рано утром на перевязочный пункт, то постоянно заставали Пирогова уже за работой. «Как родной отец о детях, — так заботится Николай Иванович о раненых и больных, — писала своим родным сестра милосердия А. М. Крупская. — Пример его человеколюбия и самопожертвования на всех действует. Все одушевляются, видя его. Больные, к которым он прикасается, уже от одного этого как бы чувствуют облегчение». Николай Иванович стал в Севастополе героем легенды. «Солдаты прямо считают Пирогова способным творить чудеса, — писала та же сестра. — Однажды на перевязочный пункт несли на носилках солдата без головы; доктор, стоял в дверях, махал руками и кричал солдатам: «Куда несете? Ведь видите, что он без головы». — «Ничего, ваше благородие, — отвечали солдаты, — голову несут за нами; господин Пирогов как-нибудь привяжет, авось еще пригодится наш брат-солдат!»
Любовь солдат и сестер бодрила Пирогова, помогала ему переносить все тяготы войны, осложненные нравственными страданиями от зрелища окружавшего его безобразия, воровства и бездарности начальства.
Армия радостно вздохнула, когда прошел слух, что Меншикова убирают. А когда этот слух оправдался, Пирогов писал жене: «Я дождался, наконец, что этого филина сменили. Может быть, и мы к этому кое-чем содействовали. Пора, пора! Как он запустил всю администрацию, все сообщения, всю медицинскую часть. Это ужас! Я рад, что его прогнали». Вместо Меншикова, главнокомандующим назначили князя М. Д. Горчакова. Военному делу это назначение пользы не принесло. «В военном деле, разумеется, я не судья, — писал Пирогов, — и сам лукавый их не разберет, что они делают и что думают делать, да еще и думают ли — вопрос. Один другому завидует и друг другу ногу подставляет, как бы свалить… Всего хуже — это раздоры и интриги, господствующие между нашими военноначальниками. Сердце замирает, когда видишь перед глазами, в каких руках судьба войны, когда покороче ознакомишься с лицами, стоящими в челе».
Таковы были начальники всех рангов. «Когда полковой командир обед дает, — возмущался Николай Иванович в письме, к жене — так он умеет из солдатских палаток устраивать залу, а для раненых этого не нужно: лежи по четыре человека безногих в солдатской палатке». Дальше Пирогов возмущенно описывает устроенный одним начальником для своих друзей вечер — встречу нового 1855 года. «Гости были: бригадный генерал, полковой поп, дивизионный квартирмейстер, дивизионный провиантмейстер, два штаб-лекаря и несколько штаб и обер-офицеров. Начался обед, да еще какой! Было и заливное, и кулебяка, и дичь с трюфелями, и желе, и паштеты, и шампанское. Знай наших! А еще жалуемся на продовольствие, говорим, что у нас сухари заплесневели. Кабы французы и англичане посмотрели на такой обед, так уже бы верно ушли, потеряв надежду овладеть Севастополем… К концу стола на дворе послышался шум и гам; это было офицерство, натянувшееся в другой солдатской палатке и провозглашавшее громкие тосты. Затем все образовали круг из музыкантов, певчих я офицеров, и в середине этого круга, в грязи по лодыжки, поднялась «пляска».
Великий маскарад царствования Николая первого — был в полном разгаре. 18 февраля 1855 г. он был на время прерван — Николай Павлович оставил свою «службу» России и сдал «команду» своему сыну Александру.