«Я убедился уже несколько раз, — писал он, — что вы верите рассказам людей, не понимающих дела, отставших от науки и презирающих все, что только превышает их ограниченные понятия… Вы верите тем, для которых больница есть просто казарма, больной — скучный предмет для переписки бумаг, хлороформ и хирургические инструменты — дорогие вещи для госпитальной экономии. Судите сами, может ли после этого человек со смыслом, с желанием добра и пользы, с любовью к науке быть и оставаться консультантом в больнице, совершенно униженной невежеством главного врача».
Положение Пирогова в академии становилось невыносимым. Надо было уходить из нее. Николай Иванович предложил свои услуга для крымских госпиталей. Военные чиновники предпочли не иметь дела с этим беспокоимым человеком, любящим обличать непорядки.
В это время у великой княгини Елены Павловны возникла мысль использовать женский уход за больными и ранеными в военно-полевых госпиталях, подобно такому же уходу в госпиталях мирного времени. Когда об этом узнали в военно-придворных кругах, старые генералы загоготали: «Придется, видно, пересмотреть штаты полевых госпиталей. Надо будет добавить еще одно отделение — для венерических больных». Один из заправил военного министерства, генерал Н. О. Сухозанет со свойственной ему грубостью старого циника сказал императору: «Боюсь, ваше величество, молодые-то офицеры живо этих сестер обрюхатят». Николай улыбнулся шутке старого воина, но когда Елена Павловна заявила ему, что хочет поручить Пирогову заведывание учреждаемой ею общиной сестер, император не стал упорствовать. В конце октября 1854 года Пирогов получил «высочайшее повеление о командировании его в распоряжение главнокомандующего войсками, в Крыму находящимися, для ближайшего наблюдения за успешным лечением раненых». Это давало Пирогову независимость от госпитального начальства всех рангов. Получил он также разрешение самостоятельно набрать врачей в отряд великой княгини. Сестры милосердия были подчинены ему непосредственно и единолично.
Николай Иванович приехал в Севастополь 12 ноября и немедленно окунулся в работу. «Мне некогда, — писал он жене через два дня, по приезде в Севастополь, — с восьми утра до шести вечера остаюсь в госпитале, где кровь течет реками, слишком 4 000 раненых. Возвращаюсь весь в крови, и в поту, и в нечистоте. Дела столько, что некогда и подумать о семейных письмах. Чу, еще залп».
При первом же свидании с главнокомандующими Меншиковым Пирогов понял, с кем он имеет дело. «Вместо человека, сознающего свою громадную ответственность перед народом, который он вовлек в тяжелую, неподготовленную войну, — писал Николай Иванович жене, — вместо начальника армии, понимающего, что ему надо делать, я увидел площадного шута, не умеющего даже соблюдать внешнее достоинство занимаемого им места».
Пироговских сестер милосердия госпитальное начальство встретило в штыки. Эти господа сразу смекнули, куда поведет затея Пирогова — поручить сестрам присмотр за материальной стороной госпитального хозяйства. Пирогов должен был неустанно жаловаться, требовать и писать. Некоторые его выражения в письменных просьбах показались начальству недостаточно вежливыми. По жалобе начальника госпитальной администрации на то, что Пирогов употребляет «неприличные выражения» и пишет ему «имею честь представить на вид» вместо «имею честь просить», — Николай Иванович получил резкий выговор сперва от главнокомандующего, а позднее от самого государя.
Институт сестер милосердия оправдал возлагавшиеся на него надежды. «Замечательно, — писал Пирогов для передачи Елене Павловне, — что самые простые и необразованные сестры выделяют себя более всех своим самоотвержением и долготерпением в исполнении своих обязанностей. Они удивительно умеют простыми и трогательными словами у одра страдальцев успокаивать их мучительные томления. Иные помогают раненым на бастионах, под самым огнем неприятельских пушек. Многие из них пали жертвами прилипчивых госпитальных болезней».
В некоторых госпиталях сестры доводили чиновников до самоубийства, вскрывая их мошеннические проделки. «Истинные сестры милосердия, — радовался Пирогов в письме к жене: — Настоящий героический проступок! Застрелили аптекаря — одним мошенником меньше! Я горжусь их действиями».