Двумя основными проблемами, занимавшими церковь в то время, были практика симонии и вопрос о безбрачии (целибате) духовенства. Обе проблемы в каком-то смысле связаны с положением священников, которое установилось за эти годы. Из-за того, что священники совершали богослужения и обряды, они постепенно стали оказывать значительное влияние на светские дела. Такое влияние сохраняется только до тех пор, пока люди склонны верить в истинность силы молитв, ритуалов и обрядов. На протяжении средних веков эта вера оставалась искренней и была широко распространена. Но вкус власти обычно возбуждает аппетит. Если те, кто находится в привилегированном положении, не руководствуются сильными и действенными моральными традициями, то они имеют тенденцию устраивать вначале свои собственные дела. Таким образом, предоставление церковной должности в обмен на денежную плату стало источником богатства и власти для тех, кто мог распределять эти милости. Такая практика в конце концов сделала всю организацию продажной, и время от времени предпринимались усилия искоренить это зло. С другой стороны, в вопросе о безбрачии священников все было не так просто. Моральный аспект этого вопроса так и не был окончательно разрешен. Ни в Восточной церкви, ни позднее в реформированных церквах Запада обет безбрачия не считался ценным с моральной точки зрения. Можно добавить, что ислам пошел еще дальше и осудил его. С политической же точки зрения не было благоразумных оснований, чтобы менять то, что было выработано временем. Если бы священники женились, они бы превратились в наследственную касту, особенно если бы был задействован экономический фактор - сохранение накопленного ими богатства. Кроме того, священник не должен быть как все люди; обет безбрачия создавал дистанцию между ним и обычными людьми.
Центром, откуда начались монашеские реформы, было аббатство Клюни, основанное в 950 г. Здесь впервые был применен новый принцип монашества. Аббатство было непосредственно подчинено папе. Глава аббатства, в свою очередь, имел власть над учреждениями, которые были обязаны своим происхождением Клюни. Новый порядок был направлен на то, чтобы избежать крайностей как роскоши, так и аскетизма. Другие реформаторы последовали этому примеру и основали новые ордены. Орден камальдулов был основан в 1012 г., картезианский - в 1084 г., а цистерцианский, который следовал бенедиктинским правилам, - в 1098 г. Что касается самого папства, то реформа была принципиальным результатом борьбы за главенство между императором и Святым престолом. Григорий VI купил папство у своего предшественника Бенедикта IX для того, чтобы реформировать его. Но император Генрих III (1039-1056), который сам был молодым и энергичным реформатором, не был склонен поощрять такую сделку, какими бы похвальными ни были ее мотивы. В 1046 г., в возрасте двадцати двух лет, Генрих обрушился на Рим и сместил Григория. С тех пор Генрих продолжал назначать пап, что делал с осмотрительностью, и отстранять их от должности, если они не оправдывали его надежд. Пока Генрих IV, который правил с 1056 по 1106 г., был несовершеннолетним, папство вновь восстановило в какой-то мере свою независимость. При папе Николае II был издан указ, который фактически отдавал выборы пап в руки кардиналов, а участие императора исключалось. Николай также усилил свою власть над архиепископами. В 1059 г. он послал Петра Дамиани, ученого из ордена камальдулов, в Милан для того, чтобы отстаивать папскую власть и поддерживать местные движения за реформы. Дамиани интересен как автор учения о том, что Бог не связан с законом о противоречии и может аннулировать то, что уже сделано; этот взгляд позднее был отвергнут Фомой Аквинским. Философия, согласно Дамиани, - слуга богословия. Он был противником диалектики. Требование, чтобы Бог мог пренебречь принципом противоречия, выявляет затруднение в представлении о всемогуществе. Если Бог всемогущ, может ли он, например, сделать такой тяжелый камень, что сам не сможет поднять его? Если он действительно всемогущ, то он должен суметь сделать это. Следовательно, он и может, и не может поднять его. Всемогущество оказывается невозможным понятием, если человек не отказывается от принципа противоречия. Однако последний шаг сделал бы рассуждение невозможным. Именно по этой причине теория Дамиани должна быть отвергнута.