В своей философии Иоанн был реалистом в схоластическом понимании этого слова. Важно четко представлять себе применение данного термина. Беря свое начало от теории идей, высказанной платоновским Сократом, реализм основывается на том, что универсалии - это реальные вещи и что они появляются прежде конкретных вещей. Противоположный лагерь основывается на концептуализме Аристотеля. Эта теория называется номинализмом. Согласно ей, универсалии - это просто названия, а конкретные вещи появляются прежде универсалий. В средние века разгорелось жаркое сражение между реалистами и номиналистами по вопросу об универсалиях. Оно продолжается и до сего дня в науке и математике. Из-за того что схоластический реализм связан с теорией идей, в наше время он был назван идеализмом. Следует отличать все это от более позднего, не схоластического применения этого термина, которое будет объяснено в соответствующих местах.
Реализм Иоанна ясно выступает в его основной работе, озаглавленной "О разделении природы". Он признает разделение природы на четыре части согласно тому, создает ли что-либо какая-то вещь или нет, и создана она сама или нет. Первое, мы имеем то, что создает, но не создано, очевидно, это - Бог. Второе, мы подходим к тому, что создает и создано, под этим имеются в виду идеи в понимании Платона и Сократа, создающие частное и созданные Богом, в котором они содержатся. Третье, существуют вещи в пространстве и времени, которые созданы, но не создают. И наконец, остается то, что не создает и не создается, и здесь мы сделали полный круг и вернулись к Богу как к конечной цели, к которой все должно стремиться. В этом смысле Бог, будучи неотличим от своей собственной цели, не создает.
1 - Бог создает; 2 - "идем" у Бога созданы и создают;
3 - пространство и время созданы; 4 - Бог как всеобщая цель не создан и не создает
До сих пор мы говорили о вещах, которые есть; но Эриугена включает в природу также вещи, которых нет. Первые среди них - обычные физические объекты, которые в истинно неоплатоновском стиле исключены из познаваемого мира. Подобно этому, грех рассматривается как дефект или недостаток, неумение достичь божественного образца, и поэтому он относится к области того, чего нет. Все это, в конечном итоге, восходит к сократо-платоновской теории, по которой, как мы видели, Добро приравнивается к знанию.
Точка зрения, что Бог тождествен своим целям, приводит прямо к пантеистической теологии, которая является не чем иным, как ортодоксией. Сущность самого Бога непознаваема не только для людей, но и для самого Бога, поскольку он не является объектом, который можно было бы познать. Логическим основанием для этого, хотя и не высказанным Иоанном, является то, что Бог везде, и, следовательно, ситуация познания, при которой есть субъект познания и объект познания, не может здесь возникнуть. Его теория троичности не отличается от подобной же теории Плотина. Существование Бога открывается в существовании вещей, его мудрость - в их порядке, а его жизнь - в их движении; и они соответственно относятся к Отцу, Сыну и Святому Духу. Что касается области идей, они составляют Логос, который через посредство Святого Духа служит причиной или вызывает возникновение конкретных вещей, не имеющих независимого материального существования. Бог создает вещи из ничего в том смысле, что это ничего является самим Богом, который превосходит все знание и поэтому не является никакой вещью. Таким образом, Иоанн - против точки зрения Аристотеля, который допускает независимое материальное существование конкретных вещей. С другой стороны, первые три деления по христианскому критерию творящего и сотворенного проистекают из сходного критерия двигающего и движимого у Аристотеля. Четвертое деление происходит из неоплатонизма Дионисия. Дионисий, афинский ученик св. Павла, предположительно был автором труда, примиряющего неоплатонизм с христианством. Иоанн перевел эту работу с греческого и таким образом мог бы также получить признание, поскольку псевдо-Дионисий, благодаря своим связям со св. Павлом, ошибочно считался ортодоксом.
В XI в. Европа наконец начинает испытывать нечто вроде духовного возрождения. Внешние угрозы с севера и юга контролировались норманнами. Завоевание ими Англии положило конец скандинавским вторжениям; в то же время их дружины навсегда освободили Сицилию от правления сарацинов. Реформы монашеских орденов заложили основы их существования; принципы выборов пап и организация церкви были подвергнуты пересмотру. По мере развития образования повышался уровень грамотности не только среди церковников, но в некоторой степени и у аристократии.