Занимаясь этой работой из чисто альтруистических соображений, я не мог и предположить, что отреставрированные помещения на Красной Пресне в дальнейшем сослужат нам добрую службу и дадут возможность для выживания в самые критические моменты лихих девяностых годов прошлого века. Но нам еще предстояло отстоять здания на Красной Пресне от посягательств представителей новой власти. Руководитель пресненских районных властей Анатолий Краснов сразу после своего назначения начал яростную атаку на нашу Пресненскую обсерваторию, которая представляла собой лакомый кусок собственности для новоявленного «демократа». На нас посыпались претензии о том, что мы плохо выполняем свои обязательства по реставрации зданий обсерватории. В связи с этим возникла угроза того, что нашу Пресненскую обсерваторию передадут в ведение Главного управления по охране памятников города Москвы. Ситуация для нас осложнилась еще и тем, что во время реставрационных работ в главном здании Пресненской обсерватории один рабочий, проводя лакокрасочные работы, закурил. Это привело к пожару, во время которого рабочий погиб. Нас с моим заместителем по АХО А. К. Кривошеиным стали таскать по судам, и нам стоило большого труда доказать, что рабочий погиб по своей вине, а с нашей стороны все необходимые условия для безопасной работы были обеспечены. Представитель Анатолия Краснова пришел на заседание ученого совета ГАИШ, где он пытался убедить членов совета согласиться с передачей Пресненской обсерватории в ведение Главного управления по охране памятников Москвы. Логика такова: «Зачем вам эта обуза, ведь вы тратите значительные средства на реставрацию. Передайте все нам, и мы освободим вас от этой обузы. В противном случае пеняйте на себя». Я выступил на этом заседании совета и убедил своих коллег в том, что такая передача будет означать потерю для нашего института Пресненской обсерватории. В итоге ученый совет ГАИШ категорически отверг предложение руководства Пресненского района. Окончательно нас спасло то обстоятельство, что территория Пресненской обсерватории – это дар греческого купца Зосимы, который был сделан Московскому университету в 1830 году. Свидетельство об этом дарении хранилось в нашем музее, и, после того как мы его представили, пресненские районные власти от нас отстали. В связи с этим следует отметить работу сектора истории астрономии ГАИШ (П. В. Щеглов, А. И. Еремеева, Ю. Л. Менцин), который выполнял и выполняет важные историко-астрономические исследования, а также руководит работой Музея истории университетской обсерватории, который размещен на площадях Пресненской обсерватории.
Как я уже упоминал, реставрацию Пресненской обсерватории мы проводили за счет хоздоговорных средств. Но вот в начале 1990‑х годов, из‑за развала военно-промышленного комплекса, заказы на хоздоговорные исследования прекратились, что привело к сворачиванию реставрационных работ. Более того, поскольку содержание наших наблюдательных баз в Узбекистане, Казахстане и на Украине (в Крыму) тоже осуществлялось за счет хоздоговорных средств, возникла угроза остановки деятельности этих баз, что было чревато деградацией учебного процесса на Астрономическом отделении МГУ. Ведь там учится в общей сложности около ста пятидесяти студентов и все они должны проходить производственную практику на наблюдательных базах. Национализация двух наблюдательных баз в 1993–1994 годах (в Узбекистане и Казахстане) несколько «упростила» проблему, поскольку вопрос о содержании этих баз отпал сам собой. Но с содержанием Крымской станции ГАИШ возникли серьезные проблемы. Кроме того, возникла угроза национализации и Крымской станции ГАИШ властями Украины. Нам с моим заместителем по АХО А. К. Кривошеиным, однако, удалось схитрить и надолго оттянуть момент национализации Крымской станции ГАИШ. Мы заключили договор о сотрудничестве между МГУ и правительством Автономной Республики Крым.