Е. И. Шилова в статье «Заслуги университетских естествоиспытателей в развитии сельского хозяйства в России» указывает, что профессора Петербургского университета, в первую очередь А. В. Столетов и Д. И. Менделеев, были инициаторами исследований, имевших немалое значение для развития русского сельского хозяйства. Рассматривая сельскохозяйственное производство как материальную основу жизни общества, вопросами его рационализации занимались все представители университетской науки. Они, каждый по-своему, искали пути наиболее полного и разумного использования природных ресурсов и повышения производительности труда в масштабах всего государства. Эти поиски никем не планировались и не регламентировались. Обычно такие исследования проводились силами ученых обществ, часто на средства последних, без всякой материальной помощи со стороны. Богданов принимал активное и разностороннее участие в этой деятельности.
В 1876 г. Русское физико-химическое общество предложило тогда еще молодому доценту Петербургского университета В. В. Докучаеву исследовать почвы черноземной полосы России. "В сельскохозяйственном отделении общества была создана специальная комиссия, в которую вошли А. М. Бутлеров, Д. И. Менделеев, В. В. Докучаев, М. Н. Богданов и другие ученые. В том же году Модест Николаевич выступил в Вольном экономическом обществе с докладом о практическом и научном значении чернозема. Доклад вызвал оживленные прения. Комиссия выработала программу дальнейших химических и биологических исследований почв. Таким образом, Богданов стоял у самых истоков зарождения русского почвоведения.
В феврале 1878 г. Богданов прочел четыре публичные, лекции о скотоводстве в пользу Комитета грамотности, созданного при Вольном экономическом обществе. В них он отмечал, что народности северного Урала и Сибири постепенно вымирают вследствие весьма неблагоприятных естественных и социальных условий, что по вине русских властей падает скотоводство среднеазиатских народов. Богданов не одобрял стремление царизма сделать киргизов оседлыми, так как киргизская степь, по его мнению, самой природой была предназначена для кочевого скотоводства: здесь и люди, и породы скота хорошо приспособлены к местным условиям. «Общинное степное скотоводство, — говорил Богданов, — очень важно для России, давая массу животных продуктов в обмен на произведения промышленности и земледелия» (II, 46, стр. 143). Он считал, что необходимо заботиться об улучшении степных пород скота, ограждать их от бескормицы и падежа, но не ломать естественных условий жизни кочевников. Большие опасения вызывало состояние скотоводства центральных районов России. Богданов указывал, что после отмены крепостного права крестьяне перестали пользоваться выгонами и пастбищами, которые отошли к помещикам, а распашка девственных степей резко уменьшила количество кормов. Он опасался, что при конкуренции американских и австралийских скотоводов русскому скотоводству грозит полнейший крах. Для поднятия скотоводства в России Модест Николаевич предлагал тщательно изучать и улучшать местные породы скота путем скрещивания их с более высокопродуктивными. Категорически возражал Богданов против продажи крестьянского скота за недоимки налогов.
Живой интерес и заботу вызывала у Богданова судьба узбеков, жителей Хивинского оазиса. Об их хозяйственной деятельности Модест Николаевич писал: «В культуре почвы, в земледелии, в садоводстве, в виноградарстве и шелководстве никто из русских не в состоянии будет на берегах Амударьи конкурировать с узбеками, которые довели эти отрасли хозяйства до возможного совершенства» (I, 86, стр. 132—133). Богданов возражал против передачи земли Хивинского оазиса русским колонистам, преимущественно ссыльным казакам, как это предполагалось сделать. Он предлагал оставить земли в руках узбеков, организовать им хозяйственную помощь, русским же колонистам — развивать рыболовство в Амударье, чем узбеки занимались очень слабо. Профессор А. И. Воейков в своих воспоминаниях о Богданове писал, что Модест Николаевич высказал свои соображения по поводу русской колонизации оазиса при личной встрече туркестанскому генерал- губернатору К. П. фон Кауфману и тот во многом последовал совету ученого «с большой пользой для местного края» (II, 46, стр. 142—143). С генералом фон Кауфманом Богданов был знаком еще со времен Хивинского похода.