Первым учеником Модеста Николаевича в Петербургском университете был Петр Петрович Павлов, родной брат И. П. Павлова. Еще на студенческой скамье молодой зоолог обратил на себя внимание. В воспоминаниях о нем Богданов писал: «...он резко выделялся среди своих сотоварищей редкой любознательностью и серьезным, искренним отношением к науке. Уже на практических занятиях в нем можно было видеть самое искреннее желание научиться технике, овладеть ею и стать самостоятельным работником науки. Первая работа, выполненная П. П. под руководством О. А. Гримма над зубами молодых стерлядей, доказала, что он обладает и энергией, и последовательностью, и, наконец, способностью точного анализа,— качествами, обещавшими много в молодом натуралисте. Затем П. П. высказал свое желание заниматься орнитологическими наблюдениями» (I, 70, стр. 90—100).
По совету Богданова П. П. Павлов проводил наблюдения над птицами у себя на родине, в Рязани. Поздней осенью 1877 г. он привез в Петербург большую коллекцию птиц. Однако профессор отказался ознакомиться с коллекцией своего ученика, так как видел, с каким увлечением работает молодой зоолог, и хотел предоставить ему возможность самостоятельно обработать материал. «Эта энергия, эта страстная любовь к науке побудила и меня, в свою очередь, относиться к Петру Павлову с особым вниманием, — вспоминал Модест Николаевич. — Я видел в нем серьезного и неутомимого работника науки, поэтому и моей задачей, конечно, было направить П. П. к тому, чтобы он стал вполне самостоятельным в своем труде. Поэтому я в одной из наших бесед заявил ему, что только тогда посмотрю его коллекцию, когда он вполне определит ее, и вместе с тем предложил П. П. свести итоги его наблюдений, чтобы ориентироваться в них и целесообразно вести последующие работы. Петр Петрович так и сделал. В начале декабря он принес мне рукопись и показал определенную им коллекцию — и я должен сказать, что в ней не нашлось ни одного ошибочного определения. Рукопись же поразила меня дельностью и меткостью наблюдений и крайней осторожностью в изложении их» (I, 70, стр. 100).
Богданов привлек Петра Павлова к работе в зоологическом кабинете, взяв его на место прозектора, как сам когда-то начинал в Казани. Перед юношей открывался путь в науку.
Несчастный случай прервал этот путь в самом начале. Обработав коллекцию птиц в течение двух месяцев, П. Павлов в конце декабря снова поехал в Рязань навестить родных и пополнить свои сборы. Охотясь вместе с младшим братом, он пытался облегчить ношу брата, увязшего в снегу, и взял у него ружье. При передаче ружья из рук в руки спустился курок. Пуля попала в область сердца. Петр Павлов умер 31 декабря 1877 г.
После гибели П. Павлова Модест Николаевич настоял на публикации его рукописи в «Трудах» общества естествоиспытателей. Статье своего ученика он предпослал теплое введение-некролог, отрывки из которого мы приводили выше.
Стремление помогать начинающим исследователям, не стесняя их инициативы, не навязывая своего мнения, характерно для Богданова-педагога.
В последующие два года под руководством Богданова начали свою научную работу еще несколько молодых зоологов: А. М. Никольский, Ф. Д. Плеске, И. Д. Михаловский, В. А. Хлебников и В. В. Лавров.
Каждый из начинающих орнитологов получал задание для самостоятельных наблюдений. Летом 1878 г. Никольский изучал птиц в окрестностях Астрахани, в дельте Волги, Плеске — в Тверской губернии, Михаловский — на Кавказе. Летом 1879 г. в эту работу включаются Хлебников в Новгородской губернии и Лавров на Кавказе. После обработки материала студенты отчитывались на заседании общества естествоиспытателей и отчеты их были напечатаны в «Трудах». Эти выезды дали ощутимые научные результаты (только один Хлебников наблюдал за лето до 100 видов птиц и до 25 видов млекопитающих). Еще большее значение имели эти работы для развития исследовательских навыков у самих молодых зоологов.
Способность к самостоятельным исследованиям очень пригодилась им при работе в составе Мурманской экспедиции, организованной по инициативе Богданова в 1880 г.
На Шестом съезде естествоиспытателей, в работе которого Богданов принимал активное участие, он выдвинул предложение о посылке экспедиции на север Европейской России для изучения животного мира и условий его обитания в этих суровых краях. Организация экспедиции была возложена на Петербургское общество естествоиспытателей, что отвечало его непосредственным задачам.
Конкретной целью экспедиции было изучение фауны Белого моря, прибрежной части Баренцева моря и Кольского полуострова. Кроме того, непосредственно Богданову было поручено изучение норвежского китобойного промысла и его влияния на русское рыболовство в прибрежных водах. Среди русских рыболовов на севере существовало мнение, что норвежские китобойные суда, заходя в русские территориальные воды, отпугивают рыбу, подходящую к побережью, и мешают рыбному промыслу. В правительственные органы поступали жалобы по этому поводу. Министерство государственных имуществ поручило экспедиции разобраться в этом вопросе.