Однако не все положения теории Дарвина удовлетворяли Богданова в равной мере. Как и многие другие русские биологи, в том числе Кесслер и Мечников, Богданов критически отнесся к высказыванию Дарвина о ведущей роли борьбы за существование, как основного фактора естественного отбора. Возражал он и против принципа случайности в возникновении изменений у организмов.
«Не оспаривая возможности проявления преимуществ, дающих особям перевес над другими в жизненной борьбе, мы думаем, однако, что принимать безусловно все положения Дарвина в настоящее время нельзя. Во-первых, борьба за существование и конкуренция между особями существуют не в том виде, как ее изобразил Дарвин; во- вторых, случайное и беспричинное возникновение особенностей в организации, дающих перевес в этой борьбе, абсолютно немыслимо, потому что в природе все причинно и нет ничего случайного, исключительного. Всякий орган, как говорит Ламарк и Дарвин, развивается и поддерживается в должном виде влиянием упражнений... В этой-то работе органов, в упражнении их и приспособлении к новым условиям нужно искать причин, вызывающих те изменения, на которые указывает Дарвин» (I, 99, стр. 47).
Борьбу за существование Богданов понимал не только как конкуренцию между отдельными особями. Значительную роль, по его мнению, в борьбе за существование вида играют явления взаимной помощи животных друг другу, забота о потомстве, инстинкт коллективной защиты, стадность и т. д. Об этом Богданов говорит в целом ряде своих статей и очерков («Перелет птиц», «Скворец», «Ласточка», «Леший»). В таком понимании видовых взаимоотношений Богданов является единомышленником Кесслера и Мечникова, которые также придавали большое эволюционное значение явлению взаимопомощи в мире животных (III, 12 и 16).
Отдавая должное борьбе за существование, Богданов все же более склонялся к признанию прямого изменяющего воздействия внешних условий на организм, сближаясь в этом отношении с Ламарком.
Зоологический вид Богданов понимал как группу особей, схожих друг с другом, как дети одних родителей, и дающих при размножении плодовитое потомство. Это классическое определение он, однако, дополнял еще одним критерием, заимствованным от Бюффона: особи одного вида на воле правильно, периодически, в известные времена года сходятся для выполнения половой функции (совокупления). Модест Николаевич считал, что этот критерий помогает установить естественные границы вида в массе животных.
В оценке способности видов к изменениям и роли в эволюции различных видов Богданов полностью соглашался с Дарвиным. В курсе лекций по зоологии позвоночных он писал по этому вопросу: «Мы убедимся, что тип широкораспространенных форм представляет больше мелких уклонений, чем тип узкораспространенный; с другой стороны, тип узкораспространенных форм менее подвержен вариациям; мы заметим также, что среди последних станут все односторонне приспособленные формы... Нужно также заметить, что одностороннее развитие делает организацию более консервативной, не способной изменяться по другим направлениям; наоборот, в широкораспространенных формах мы видим организацию более нормальную, более уступчивую влиянию изменяющихся условий, а следовательно и более способную к прогрессу» (V, 99, стр. 54). Однако сам процесс видообразования, расхождения признаков внутри вида рисуется Богданову несколько иначе, чем это представлено в классическом труде Дарвина. В центре ареала, где плотность популяции больше, конкуренция между отдельными особями острее, что, по мнению Богданова, неизбежно должно приводить к преимущественной гибели более молодых и слабых, уступающих в жизненной борьбе более старым и опытным. С другой стороны, в центре области распространения вида условия для его жизни более оптимальные и причин для изменений меньше. Наоборот, на окраине области молодые особи не встречают такой напряженной конкуренции с себе подобными, как в центре, но зато условия существования здесь чаще подвержены изменениям, больше отличаются от привычных. «Молодая, или уклонившаяся особь, выступая за черту области вида, не встречает сородичей конкурентов, имеет больше шансов выжить и, благодаря своей молодой, неустоявшейся организации, приспособиться к новым условиям. Эти приспособления, эти новые привычки вызовут непременно некоторые уклонения в организации, которые передадутся в потомстве и усилятся в ряду поколений. Таким образом на окраине может появиться разновидность, новая порода, которая с течением времени может выделиться в особый вид, если связь ее с видом-родичем порвется как-нибудь» (I, 99, стр. 54). Таким образом, Богданов связывал процесс видообразования не только с силой и напряженностью внутривидовой борьбы в разных точках ареала, но выделял как самостоятельный фактор нивелирующую роль условий существования в центре ареала и более быструю изменчивость на его окраинах.