Однако вскоре во вновь организованном обществе руководство захватили люди совсем другого направления. Проведя в почетные члены целый ряд лиц из казанского «высшего света» и заручившись их поддержкой, руководители общества перестали считаться с мнением остальных членов, по своему усмотрению распоряжались общественными средствами и полностью пренебрегали уставом. Богданов писал по этому поводу А. М. Бутлерову, находившемуся в то время в Петербурге: «Не знаю, при Вас ли было годичное заседание здешнего общества охоты, которое, то есть общество, большая часть из нас бросила. Посылаю Вам наши брошюрки (Янишевского и мою), как образчик того, что сделали немцы, заручившись поручительством почетных членов, о которых они так хлопотали... Грустно, Бригадный (дружеское прозвище, данное А. М. Бутлерову в кружке казанских охотников,— Н. Б. и Г, К.), что холопство всосалось у нас в плоть и кровь и не можем мы быть свободными людьми даже в таком деле, как охота... Написал я эту брошюрку единственно, чтобы показать немцам, что не все же мы холопы и что не всякая мерзость может пройти им даром, — и, кажется, добился цели, — немцы порядком оплеваны в общественном мнении».[3 Арх. АН СССР, ф. 22, оп. 2, № 30, л. 6 об.]
Брошюры, о которых идет речь в письме к Бутлерову, были написаны Богдановым и Янишевским для разоблачения деятельности руководителей общества, в частности его председателя Блюменталя, пресмыкавшегося перед губернским начальством. Резкое выступление Богданова характеризует его как человека прямого и принципиального, который не боялся высказывать свои убеждения «невзирая на лица». Особенное возмущение вызвало у него низкопоклонство и угодничество перед «сильными мира сего». Такие черты его личности вызывали к нему симпатии людей прогрессивно настроенных. Однако круг друзей и единомышленников Богданова в Казани не был многочислен.
В середине прошлого столетия Казань представляла собою далекую окраину России, захолустный губернский город, в котором сословные границы выступали очень резко. «Высшее общество», группировавшееся вокруг губернского начальства, ревниво охраняло свои ряды от вторжения извне людей «не своего круга». Внутренняя жизнь этого общества была крайне пустой — «пили, ели, играли в карты, амурничали, сплетничали», — писал в своих воспоминаниях П. Д. Боборыкин, бывший студентом Казанского университета почти в одни годы с М. Н. Богдановым. «Наперечет были в тогдашней Казани помещики, которые водились с профессорами и сохраняли некоторое дилетантство по части науки, почитывали книжки или заводили порядочные библиотеки» (III, 4, стр. 107).
Другие сословия города — купечество, духовенство, мещанство — были крайне далеки от науки, а подчас и враждебны ей. Интеллектуальная жизнь сосредоточилась в основном в университетской среде, которая представляла собою узкий замкнутый мирок.
Профессора университета жили своим обособленным кругом, в некоторой изоляции. Но не было единства и в среде профессоров.
Многолетняя неприязнь разделяла две профессорские группировки, которые волею судеб сосредоточились на двух родственных факультетах естественного цикла — медицинском и физико-математическом. Физико-математический факультет во главе с А. М. Бутлеровым объединял наиболее прогрессивные и преданные науке профессорские силы. К концу 60-х годов не остался без изменения и медицинский факультет. Там работали такие крупные ученые, как А. О. Ковалевский, П. Ф. Лесгафт. Но они составляли на факультете меньшинство, а старая консервативная группировка еще сохранила свои позиции. А. М. Бутлеров характеризует эту группировку как остатки сильной когда-то «немецкой партии», против которой выступали студенты и прогрессивные профессора. Около этого центра на медицинском факультете группировались люди, которые, по словам Бутлерова, были сильны своими связями, но значили «очень немного сами по себе».
Глухая борьба на протяжении ряда лет не принимала острых форм благодаря умелому и тактичному руководству А. М. Бутлерова на посту ректора университета. Однако и ему немало неприятностей причиняли происки «немецкой партии».
Студенческие волнения, вспыхнувшие в Казанском университете, осложнили отношения между А. М. Бутлеровым и университетским начальством в лице попечителя Ф. Ф. Стендера. Этому сильно способствовала активная «деятельность» декана медицинского факультета А. А. Соколовского и профессора И. И. Зедерштедта, возглавлявших консервативную группировку профессоров-медиков. В течение 1862—1863 гг. студенческие выступления не прекращались.
18 февраля 1863 г. казанский губернатор писал в шифрованной телеграмме министру внутренних дел: «Беспорядки, не прекращенные довольно своевременно, при настоящем начальстве (имеется в виду А. М. Бутлеров как ректор,— Н. Б. и Г. К.) неминуемо поведут к более серьезным».[4 ЦГИАЛ, ф. 733, оп. 48, № 136391, д. 3.]
Дело дошло до царя. Александр II поручил расследование этого вопроса попечителю Петербургского учебного округа И. Д. Делянову.