Однако уже в декабре того же года произошел государственный переворот, и при поддержке консерваторов власть захватили умеренные либералы — модерадос, выражавшие интересы крупных землевладельцев и примыкавшей к ним верхушки буржуазии. Тем не менее новое правительство Игнасио Комонфорта (1812–1863) провозгласило свободу печати, отменило регламентацию промышленности, упразднило цехи, внутренние таможни, ввело метрическую систему мер и весов. В 1856 г. конгресс принял ряд антиклерикальных законов, а в 1857 г. обнародовал новую федеральную конституцию, которая запрещала рабство, декларировала свободу совести, слова, печати, собраний, передвижения, тайну переписки, право создания политических и общественных организаций, отменяла наследственные титулы и привилегии знати, ликвидировала сословные суды и вводила суд присяжных. Конституция аннулировала торговые монополии и регламентацию, тормозившие рост промышленности, гарантировала неприкосновенность частной собственности.
Стремясь не допустить ее введения, консервативно-клерикальные силы подняли в конце 1857 г. мятеж и свергли правительство Комонфорта. Однако в защиту конституции выступили либералы во главе с председателем Верховного суда Хуаресом, занявшим пост временного президента республики.
Страна была охвачена гражданской войной. В ходе ее правительство Хуареса издало в июле 1859 г. «Законы о Реформе», предусматривавшие национализацию церковных имуществ, отделение церкви от государства, свободу вероисповедания, введение гражданского брака. Издание этих законов еще больше усилило накал вооруженной борьбы.
К середине 1860 г. стало очевидным военное превосходство либералов, и в конце года трехлетняя гражданская война закончилась их полной победой. Но на рубеже 1861–1862 гг. на помощь противникам правительства Хуареса пришли Англия, Франция и Испания, предпринявшие вооруженную интервенцию в ответ на отсрочку мексиканских платежей по внешним займам. Вскоре испанские и британские войска были эвакуированы, французские же начали боевые операции против республиканской армии. К середине 1863 г. интервентам удалось занять столицу и несколько других важных центров страны. Марионеточная ассамблея нотаблей, состоявшая из французских ставленников, провозгласила Мексику империей и вручила корону австрийскому эрцгерцогу Максимилиану Габсбургу (1832–1867) — креатуре Наполеона III.
Располагая поддержкой лишь небольшой кучки предателей, оккупанты и их пособники пытались массовым террором сломить сопротивление патриотов. Но все их усилия были тщетны. Мексиканцы наносили им и приспешникам врага сокрушительные удары. В начале 1867 г. интервентам, понесшим огромные потери, пришлось покинуть Мексику, после чего республиканцы за считанные месяцы разгромили войска «империи» Максимилиана I. Сам император был захвачен в плен, предан военно-полевому суду и расстрелян.
В 1860-1880-е годы страны, еще не столь давно входившие в единую Испанскую империю, а также Бразилия втянули себя в ряд тяжелых войн. В итоге первой Тихоокеанской войны (1864–1866) между Испанией, стремившейся восстановить в Западном полушарии свои утраченные позиции, и оборонительным «Союзом четырех» (Перу, Чили, Эквадор, Боливия) союзники одержали верх. Согласно мирному договору 1879 г., мадридскому правительству пришлось задним числом спустя более полувека признать независимость Перу. В 1865 г. испанские войска, вновь оккупировавшие Санто-Доминго, под натиском доминиканцев окончательно покинули остров. В том же году кортесы официально признали суверенитет Доминиканской республики.
В период кровопролитной Парагвайской войны (1864–1870) диктаторскому режиму парагвайского президента Франсиско Солано Лопеса противостояла тройственная коалиция Бразилии, Аргентины и Уругвая, нанесшая сокрушительное поражение противнику. Парагвай потерял свыше четверти территории и был вынужден выплатить колоссальную контрибуцию. На полях сражений, вследствие террора оккупантов, от голода и болезней погибла почти половина жителей: в 1864 г. его население составляло 406 тыс. человек, а в 1872 г. — только 231 тыс., в основном стариков, женщин и детей. Парагвай, ставший в 1840-1850-е годы самым богатым и процветающим государством южноамериканского континента, был отброшен в своем развитии далеко назад и превратился в одну из наиболее отсталых и малонаселенных стран Латинской Америки.