В первые десятилетия после независимости в ходе ожесточенной борьбы возникли политические течения: федералисты и унитарии на Рио-де-ла-Плате, консерваторы и либералы в Мексике, Чили, Венесуэле, антиклерикалы и сторонники сохранения влияния католической церкви и т. д. Либералы добивались перераспределения земельной собственности и секуляризации церковных владений, упразднения сословных пережитков, недопущения вмешательства высшего духовенства в политическую жизнь, парламентаризма. Их социальную базу составляли мелкая и средняя буржуазия, ремесленники, городские низы, интеллигенция и даже часть землевладельцев, осознавших неизбежность буржуазных реформ. Поскольку либералы неизменно выступали за отмену рабства, их, как правило, поддерживали негры.
Консерваторы отвергали попытки оспаривать господство землевладельческой и торговой олигархии, решительно возражали против каких бы то ни было действий с целью ограничить деятельность церкви на политической арене, требовали установить авторитарную форму правления и свести к минимуму права широких слоев общества, противодействовали ликвидации латифундий. Сами эти течения первоначально еще не являлись партиями в современном значении слова. Часто различия между консерваторами и либералами оставались скорее риторическими, течения выглядели как соперничавшие кланы, объединявшиеся вокруг того или иного популярного каудильо. Лишь впоследствии на их основе сложились подлинно партийные организации.
На протяжении 1850-1880-х годов многие страны континента были охвачены кровопролитными гражданскими войнами. Например, в Аргентине в процессе вооруженной борьбы 1851–1861 гг. удалось преодолеть сепаратистские тенденции, заложить фундамент национальной консолидации республики и в основном завершить объединение государства. Венесуэльская «война федерации» (1859–1863) увенчалась победой либералов, выражавших интересы национальной буржуазии, мелких и средних плантаторов. Новая Гранада (с 1863 г. — Соединенные Штаты Колумбии, с 1886 г. — Республика Колумбия) с 1839 по 1885 г. пережила целых шесть гражданских войн, в ходе которых власть попеременно переходила от консерваторов к либералам и обратно.
Непрерывные военные и политические конфликты, обострение социальных противоречий, усиление конфронтации, вызванной столкновением интересов стран региона, усугублялись внешней экспансией и постоянным вмешательством США и европейских держав во внутренние дела латиноамериканских государств. Наиболее показателен пример Мексики — крупнейшей из республик Латинской Америки, которая первоначально занимала огромное пространство (4,3 млн кв. км) между Тихим океаном и Мексиканским заливом, простираясь от Теуантепекского перешейка на юге до Большого Соленого озера и 42-й параллели на севере, но потеряла до 55 % своей территории в войне с США 1846–1848 гг.
Несмотря на эту катастрофу, в середине XIX в., главным образом вследствие повышения спроса на мексиканскую продукцию в Европе и США, в стране наметилось некоторое оживление хозяйственной жизни. Однако рост буржуазных отношений тормозило сохранение докапиталистических институтов и форм эксплуатации. Развитию капитализма препятствовало особое положение католической церкви — могущественной привилегированной корпорации, контролировавшей большую часть недвижимости и крупные капиталы. Обострились социальные противоречия в городе и деревне.
В поисках средств, которые позволили бы устранить преграды на пути развития страны, либералы стали настойчиво выдвигать требование реформы, подразумевая под ней прежде всего секуляризацию церковного имущества, ликвидацию привилегий духовенства и армии. Однако при поддержке консерваторов в апреле 1853 г. к власти вновь пришел генерал Антонио Лопес де Санта-Анна (1794–1876). Установив диктаторский режим, он под давлением США уступил им за 10 млн долларов еще почти 77 тыс. кв. км (долина Месилья). Эта сделка, известная под названием «покупки Гадсдена» (по имени посланника США), вызвала сильное возмущение в стране.
1 марта 1854 г. в стране вспыхнуло восстание, вскоре переросшее в революцию. В ней приняли активное участие крестьяне, ремесленники, городская беднота, мелкая и средняя буржуазия, интеллигенция. В августе 1855 г. диктатура Санта-Анны пала и к власти пришло правительство Хуана Альвареса (1790–1867), составленное из представителей левого крыла либералов («пурос», т. е. крайних). По предложению одного из их лидеров, министра юстиции и культов Бенито Хуареса (1806–1872), оно издало закон, лишавший привилегий духовенство и армию («закон Хуареса»).