В 1948 году Брдечка самостоятельно поставил рисованный фильм "Дирижабль и любовь", и с этого времени начинается его многолетняя плодотворная работа в мультипликационной режиссуре. Стилизованные городские пейзажи известного чешского художника Камила Лотака, юмор окрашенных легкой иронией карикатур — таков этот фильм о первых летательных кораблях и романтической любви.
Затем в течение нескольких лет, начиная с 1950 года, он ставит серию рекламных фильмов в сотрудничестве с Вацлавом Бедржихом. Это фильмы о гигиене, продаже различных товаров, о необходимости экономии электроэнергии и т. п. Работа в мультипликационной рекламе принесла режиссеру необходимый опыт и вместе с ним — интерес к познавательному фильму.
В 1958 году он ставит фильм об истории авиации "от Икара до наших дней" — "Как человек научился летать", сопровождаемый остроумным комментарием и забавными, основанными на мультипликационных трюках рисунками.
Интерес к карикатуре, гротеску, современной теме приводит Брдечку в следующем году к одному из самых значительных его фильмов — "Внимание!". Это сатирический антивоенный фильм-предупреждение, направленный против гонки вооружений и угрозы войны. Символическое изображение бога войны Марса появляется здесь как напоминание о приносимых войнами разрушениях и бедствиях и сопровождается композициями из фотографий и рисунков, рассказывающих об истории войн с древнейших времен до наших дней. Сатира и познавательный фильм, две жанровые формы, к которым тяготел мастер, как бы соединяются в этой картине.
Пристрастие Брдечки к познавательному мультфильму сказалось и в дальнейшей его работе — картине "Человек под водой" (1961), в которой в шутливой манере рассказывается история развития подводных лодок и другой техники, дающей возможность человеку исследовать жизнь в глубинах океана.
Интерес режиссера к технике заставляет его задуматься и над ее ролью в духовной жизни человечества. Он ставит цветной широкоэкранный фильм "Разум и чувство" (1962), в котором затрагивает проблему взаимоотношений науки и художественной культуры, рацио и интуицио. Разум воплощен в образе ученого, чувство — в образе Арлекина, персонажа комедии дель арте. В конце фильма оба персонажа сливаются в один, символизируя гармонию разума и чувства, необходимую для нравственного прогресса человека.
В 1964 году в фильме "Словцо М" ("Серенада любви"), поставленном по старинному чешскому романсу и утверждающем силу любви во все времена и эпохи, начинается еще одна жанровая линия в творчестве Иржи Брдечки. Беря в основу своих фильмов музыкальное произведение — народную лирическую и ярмарочную песню, романс, — стилизуя рисунок и используя нередко вырезки и фотографии, режиссер создает эмоционально яркие и стилистически законченные произведения. Так, на основе "жестокого" романса были созданы фильмы "У лесочка возле тяги" (1967) и "Жил-был мельник у реки" (1971). К этим картинам по форме в известной мере близки и музыкальные фильмы-баллады, поставленные в 1974 году, — "Шахтерская роза", рассказывающий о тяжелой судьбе горняков в старое время, и "Песня о гармонике", в котором своеобразным символом победоносного продвижения Советской Армии — освободительницы от степей Украины до Праги становится музыкальный инструмент, прошедший трудный путь по дорогам войны вместе с нашим бойцом. Рисунки здесь оригинально дополнены документальными фотографиями.
Творчество Брдечки многообразно, и содержание его фильмов год от года углубляется, приобретая поистине философский характер. Таковы, например, "Дезертир" (1965) — фантастический рассказ о человеке, попытавшемся изолировать себя от общества и осознавшем в конце концов бесплодность такой попытки, или "Власть судьбы" (1968), в котором иронически рассматривается влияние предсказаний на будущее человека. Один из самых оригинальных фильмов Брдечки, "Метаморфеус", поставлен по античному мифу об Орфее и Эвридике; в нем использованы знаменитые фрески Помпеи, позволяющие создать полную поэзии и драматического напряжения атмосферу действия.
Брдечке принадлежат и шуточная картина "Как мудрый Аристотель стал еще мудрее" (1970) и философская миниатюра "Лицо" (1973), в которой графические трансформации, сопровождаемые выразительными натурными шумами (детский плач, женский смех, стук пишущей машинки, звонок будильника и т. д.), воссоздают на экране ключевые моменты человеческой жизни — от рождения героя фильма до его смерти. Он ставит традиционную волшебную сказку "Смоличек", о мальчике и олене с золотыми рогами (по мотивам сказки Божены Немцовой); "О чем я не сказал принцу" (1976), экранизацию рассказа Оскара Уайльда "Счастливый принц"; подчеркнуто иронический фильм "Любовь" (1978), о дружбе человека и паука, — размышления об изменчивости человеческих чувств.