Часть самолетов оснащалась американскими радиополукомпасами MN-26C. Тип основной радиостанции менялся постоянно. Сперва это была РСБ-1, затем РСБ-3, РСБ-Збис, РСР-1, РСР-2. В дополнение прямо в частях ставили УКВ-станцию РСИ-3 (при этом появлялась дополнительная радиомачта — сверху на левом борту).
Еще в середине войны самолет в придачу к штатному убирающемуся лыжному шасси приспособили к использованию взлетных лыж НИИ ГВФ. В эти галошеобразные лыжи самолет закатывался по специальным мосткам тягачом или своим ходом. Для установки в хвостовую лыжу самолет приподнимали домкратом. После взлета лыжи, ничем не крепившиеся к колесному шасси, просто сваливались.
Хотя к концу войны Ли-2 стал самым массовым самолетом дальней авиации (на них летали 19 полков), в качестве бомбардировщика их стали вытеснять Ил-4 и В-25. Основной функцией для них стали транспортные перевозки и десантные операции. Для этих целей подготовили специальную модификацию Ли-2, частично использовавшую узлы довоенного ПС-84К. Она получила усиленный пол и грузовой люк на левом борту, крышка которого откидывалась вверх. В отличие от ПС-84К десант размещался по бортам на фанерных откидных лавках.
Этот самолет нес вооружение по стандарту бомбардировщика. Он явно стал основой для модификации Ли-2Т, массово строившейся уже в послевоенное время. От испытывавшейся в 1944 г. машины Ли-2Т отличался в основном отсутствием вооружения.
На Ли-2Т тепло- и звукоизоляция располагалась только в кабине экипажа, отопление не монтировалось вообще. Грузовой отсек расширили за счет передних багажников (как на ПС-84И). Экипаж состоял из четырех человек — двух пилотов, радиста и бортмеханика, как до войны, но без стюардессы, которая при отсутствии пассажиров оказалась без надобности.
22 апреля 1945 г. появилось постановление Государственного Комитета Обороны о внедрении Ли-2Т в производство. Испытания опытного образца, изготовленного в Ташкенте, проходили в НИИ ВВС в сентябре-октябре 1945 г. Серию сначала строили на заводе № 84, но в небольшом количестве, поскольку осенью 45-го там возобновили выпуск Ли-2 в варианте на 19 пассажирских мест, а с конца 1946 г. эту машину начал осваивать прекративший выпуск Ил-4 завод № 126 в Комсомольске-на-Амуре. Ли-2Т поставлялись и в ВВС, и в гражданскую авиацию.
Вообще на послевоенную эволюцию Ли-2 очень большое влияние оказало знакомство с поставлявшимися к нам в годы войны С-47. По сравнению с довоенным DC-3, ставшим прототипом ПС-84, он получил немало усовершенствований. Флюгируемые воздушные винты, удобные распашные грузовые двери, через которые можно было протащить даже «виллис», отличное оборудование, точные и надежные приборы и еще много всего другого.
Эксплуатируя американскую технику, наши экипажи резонно задавались вопросами: «Почему советский винт ВИШ-21 имеет гарантию на 50 часов, а более сложный «Гидроматик» — на 750? Почему радиооборудование на С-47 включает радиовысотомер, три радиостанции, автоматический радиокомпас и комплект слепой посадки и при этом вшестеро легче, чем бедное и маломощное отечественное?» И тому подобное.
Отсюда сразу вытекало — а почему бы не внедрить все это на Ли-2? Вот постепенно и внедряли.