Великий князь Василий III Иванович не слишком жаловал род Захарьиных. Уже дети Якова Захарьича, Петр Злоба и Василий, были пожалованы в Боярскую думу только в чине окольничих — в отличие от их предков, сразу начинавших службу с боярского чина. Его внуки умирают один за другим, и об их потомстве родословцы молчат. Из детей Юрия Захарьича и его жены Ирины Ивановны Тучковой-Морозовой — Михаила, Ивана, Романа и Григория — влиянием при дворе московского великого князя пользовался лишь старший, Михаил Юрьевич Захарьин, получивший боярский чин в 1520/21 году. Он был в числе самых доверенных бояр Василия III, служил воеводой в походах под Смоленск и Казань, назначался послом в Литву и Казанское ханство, был дворецким. А. А. Зимин, изучая биографические сведения о Михаиле Юрьевиче Захарьине, предположил, что он «исполнял роль „ока государева“ при титулованных военачальниках» и «подвизался преимущественно на дипломатическом поприще»[9]. О близости к великому государю много говорит его роль второго дружки в церемониале свадьбы Василия III с его второй женой Еленой Глинской в 1526 году. Никоновская летопись, создававшаяся в 1520–1530-х годах, сохранила очень благоприятный для Захарьиных рассказ о роли Михаила Юрьевича в последние дни жизни Василия III. Он вместе с докторами пытался облегчить страдания умирающего великого князя, помогал ему принять постриг и причаститься. Михаил Юрьевич Захарьин был в ряду самых доверенных бояр, с которыми великий князь советовался «о своем сыну о князе Иване и о своем великом княжении и о своей духовной грамоте, понеже сын его еще млад, токмо трех лет на четвертый и како устроитися царству после его». По сообщению летописи, Михаил Юрьевич присутствовал при последних минутах великого князя Василия III и был в числе двух-трех бояр, кому была адресована просьба Василия III позаботиться о его малолетнем сыне Иване Васильевиче. Некоторые детали этого рассказа, например сообщение о распоряжении Василия III боярину Михаилу Юрьевичу отнести золотой крест младшему сыну великого князя по его преставлении, заставляют думать, что летопись правилась если не самим боярином, то явно с его слов. О Михаиле Юрьевиче Захарьине, как об одном из главных советников Василия III, писал и имперский посол в России Сигизмунд Герберштейн. Михаил Юрьевич Захарьин ненадолго пережил Василия III и умер около октября 1539 года. Царь Михаил Федорович Романов не мог не вспоминать в синодиках этого своего предка, с которым у них был общий святой ангел.
Со смертью боярина Михаила Юрьевича пришло время для следующего колена рода Захарьиных. Карьера же его братьев явно не сложилась в обстоятельствах разразившегося политического кризиса в малолетство великого князя Ивана IV Васильевича. Отрицательным образом могло сказаться бегство в Литву около 1534 года их двоюродного брата, известного военачальника Ивана Васильевича Ляцкого. Иван Юрьевич, видимо, умер молодым, а Роман Юрьевич Захарьин, пару раз при жизни старшего брата назначавшийся на воеводство, вовсе исчез из разрядных книг и даже не носил боярского чина. Умер Роман Юрьевич 16 февраля 1543 года, не дожив до триумфа своей дочери, породнившейся с царствующим домом. Он был погребен в московском Новоспасском монастыре, с которым Романовых будут связывать особые отношения и позднее, когда его правнук — Михаил Федорович — станет царем. Младший из братьев Григорий Юрьевич достиг боярского чина только в 1546/47 году.
Сыновья Михаила Юрьевича, Иван Большой и Василий, тоже стали боярами около 1546/47 года. Лишь Василий имел потомство, но судьба его сыновей печальна: двое из них погибли в набег Девлет-Гирея на Москву 24 мая 1571 года, а третий был казнен в 1575 году.
С. Б. Веселовский обратил внимание на то, что «Бархатная книга» «не показывает совершенно рода Кошкиных, начиная с Захария, не желая, очевидно, увековечивать в памяти потомства происхождение царствовавшего дома Романовых от боярского рода Кошкиных»[10].
Как это уже бывало в роду Андрея Кобылы, чины и влияние перешли от старших членов рода к детям младшего брата, которые по имени своего деда получили фамилию Юрьевы — это Даниил Романович, Долмат Романович (умер бездетным в 1545 году) и Никита Романович. Кроме мужского потомства, у Романа Юрьевича и его супруги Юлиании Федоровны были еще две дочери: Анна и Анастасия.