Новый поворот в биографии митрополита Филарета произошел в октябре 1608 года, когда Ростов был захвачен отрядом тушинского войска самозванца Лжедмитрия II. Город и церкви были разграблены, а митрополит Филарет увезен «неволею» в Тушино под Москву, где снова был наречен патриархом — теперь уже врагами царя Василия Шуйского. Известие об этом также осталось в ростовских летописях: «В лета 7117-м (1608) году октября в 14 день литовские люди Ростов высекли и выжгли, а митрополита Филарета взяли в полон, а соборную церковь пограбили… а владычны хоромы и с людми сожгли»[30]. Приезд митрополита Филарета в Тушинский стан нельзя назвать добровольным, хотя его последующая служба Лжедмитрию II показывает, что он строил какие-то политические планы и по-прежнему оставался не чуждым событиям в мирской жизни. В Тушине было полно людей, преследовавших свои интересы. Кто-то вынужден был выбирать меньшее «из двух зол» между царем Василием Шуйским и самозванцем, кто-то искал повышения в чинах и богатства. Филарет понемногу собрал в Тушине «партию» из своих родственников и сподвижников с совершенно новой для того времени «программой», в которой не было места самозванцам. Программа эта стала явной после бегства Лжедмитрия II из Тушина в Калугу в январе 1610 года. Именно тогда митрополит Филарет впервые уже по своей воле выступил на политическую авансцену.
Речь идет о договоре, заключенном тушинскими послами 4 февраля 1610 года с королем Речи Посполитой Сигизмундом III, осаждавшим Смоленск. Главным пунктом этого договора должно было стать избрание, при известных условиях, польского королевича Владислава на русский престол. В выработке статей договора, по общему мнению, митрополит Филарет принимал самое непосредственное участие. Дальнейший путь «переговорщиков» лежал из Тушинского стана под Смоленск. Они должны были помочь войску гетмана Станислава Жолкевского в агитации в пользу королевича Владислава. Можно представить, что слово митрополита Филарета значило больше, чем сабли польской шляхты. Однако в мае 1610 года Филарет, находившийся уже на пути в Смоленск, был перехвачен у Иосифо-Волоколамского монастыря отрядом, верным царю Василию Шуйскому.
Последовавшее вскоре низложение царя Василия Шуйского поставило митрополита Филарета в сложную ситуацию. Одним из возможных претендентов на осиротевший трон стали называть уже его сына Михаила. Последний был почти сверстником королевича Владислава, хотя и не дотягивал еще до пятнадцатилетнего возраста, с которого начинали отсчет взрослой жизни. Сведения о кандидатуре Михаила Романова восходят к запискам польского гетмана Станислава Жолкевского, приписавшего главную роль в агитации в его пользу патриарху Гермогену. Но факты говорят о другом: патриарх Гермоген, как и митрополит Филарет, поддержал кандидатуру польского королевича Владислава. Договор о его призвании на престол был заключен 17 августа 1610 года. В Речи Посполитой хорошо понимали значение боярина князя Василия Васильевича Голицына, также фигурировавшего в политическом пасьянсе после свержения царя Василия Шуйского в качестве одного из кандидатов на трон. Поэтому там должны были считать большой дипломатической удачей приезд боярина вместе с митрополитом Филаретом во главе посольства к королю под Смоленск. Посольство отправилось из Москвы 11 сентября 1610 года и ставило своей целью договориться о приглашении королевича Владислава на русский престол при непременном принятии им православия.
Остается невыясненным, где в этот момент находился Михаил Федорович Романов. Можно предположить, что как только митрополит Филарет снова оказался в Москве, он озаботился тем, чтобы вызвать к себе семью. Филарет лучше всего мог оградить сына от той опасности, которая грозила ему в результате включения в список предполагаемых кандидатов в русские цари. 12 июля 1610 года Михаилу Романову исполнялось четырнадцать лет, и это мог быть еще один повод для встречи всей семьи. Позднее, когда Михаил Федорович уже был царем, поляки подчеркивали на дипломатических переговорах тот факт, что он, как и другие стольники, целовал крест на верность королевичу Владиславу. Факт этот не отрицали и в Москве, хотя и трактовали его иначе, обвиняя во всем самого короля Сигизмунда III, учинившего кровопролитие, и отказываясь обсуждать дела минувшие. Из этого, между прочим, следует, что по крайней мере с июля-августа 1610 года Михаил Романов и его мать находились в Москве. Там пережили они известие о задержании патриарха Филарета и других московских послов под Смоленском. Там пережили они тяжелые месяцы владычества в столице польского гарнизона, осаду Москвы войсками земских ополчений и разразившийся в столице чудовищный голод.