Тем не менее после своего воцарения в 1605 году Лжедмитрий I — Григорий Отрепьев — повел себя с Романовыми не как слуга, но как хозяин. Изменилась и судьба Михаила Романова, вплоть до этого времени продолжавшего жить в юрьев-польской глуши. Теперь у него появилась возможность поверить в силу своих детских молитв и снова увидеть родителей. Все выжившие Романовы были возвращены в Москву и щедро пожалованы самозванцем, для которого, как для «сына» Ивана Грозного и «брата» Федора Ивановича, они, в известной мере, считались «родственниками». Филарет был возведен в сан ростовского и ярославского митрополита, а его брат Иван Никитич получил чин боярина. Правда, позднее братья Романовы не почтили своего благодетеля и выступили на стороне его противников. Показательно также, что известие о поставлении Филарета на митрополию «при Ростриге» в «Новом летописце» отсутствует.
С воцарением Василия Шуйского появились планы избрания Филарета московским патриархом. Об этом известно из переговоров бояр с польскими послами. «Нареченный» патриарх Филарет, еще не успевший занять патриарший престол, был отправлен в Углич для перенесения в Москву мощей царевича Дмитрия. Формально это было в его церковной юрисдикции, так как Углич относился к ростовской и ярославской епархии. Однако в то время как митрополит Филарет выполнял свое ответственное поручение (главной целью которого было предотвращение появления новых самозванцев с именем «царевича Дмитрия»), в Москве произошли какие-то беспорядки, в которых был замешан один из его родственников — Петр Никитич Шереметев. Этого оказалось достаточно для мнительного царя Василия Шуйского, чтобы переменить уже почти состоявшееся решение о выборе патриарха и отдать предпочтение казанскому митрополиту Гермогену, избранному на патриарший престол 3 июля 1606 года. Филарету ничего не оставалось, как ехать на свою митрополию. Надо думать, ехал он с чувством затаенной обиды на Василия Шуйского, продолжавшего держать его в отдалении от Москвы.
В начале 1607 года митрополит Филарет наконец-то воссоединился со своей семьей на более или менее продолжительное время. Известие об этом сохранилось в «Кратком Ростовском летописце»: «В лета 7115 (1607) году февраля в 1 день приеха в Ростов митрополит Филарет с сыном своим Михайлом Федоровичем»[27]. Упоминание имени мальчика Михаила Романова с отчеством выдает позднее происхождение источника. Однако известию летописца можно доверять. В царствование Василия Шуйского имя Михаила Романова впервые появляется и в официальных документах: его в чине стольника записали в боярский список 1606/07 года[28]. В таком юном возрасте стольники обычно находились на службе вместе с отцами. Старшая сестра Михаила Татьяна Федоровна к тому времени уже вышла замуж за князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского.
Десятилетний мальчик должен был заново узнавать своих родителей, с которыми его разлучили в том возрасте, когда у ребенка не могло еще сложиться каких-то прочных воспоминаний. Несомненно, его новая жизнь в кругу семьи отличалась от жизни обычного боярского отрока, поскольку отец Михаила, митрополит Филарет, был скован церемониалом и этикетом, соответствовавшими его сану.
Исследователи давно пытались отыскать следы пребывания семьи Романовых в Ростове. Однако все постройки того времени были снесены или получили новый вид в результате грандиозного строительства в Ростовском кремле во второй половине XVII века. В источниках осталось упоминание о «старом» епископском дворе, «иерарших палатах», также перестроенных и образовавших юго-восточную часть ограды архиерейского дома[29]. Это — единственное место, достоверно связанное с пребыванием Михаила Романова.